More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0546 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01599  putative Voltage-gated ClC-type chloride channel clcA  62.52 
 
 
538 aa  647    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0546  Cl- channel, voltage gated  100 
 
 
559 aa  1132    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4624  voltage-gated chloride channel  43.56 
 
 
574 aa  404  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1201  chloride channel core  40.69 
 
 
575 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000459194 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2978  Cl- channel, voltage-gated family protein  39.39 
 
 
574 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1121  Cl- channel, voltage-gated family protein  41.44 
 
 
574 aa  354  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2817  Cl- channel, voltage gated  38.74 
 
 
574 aa  351  2e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.174433  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0983  chloride channel core  39.64 
 
 
573 aa  350  5e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.20295  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3151  Chloride channel core  40.9 
 
 
574 aa  346  5e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1239  chloride channel core  40.9 
 
 
574 aa  346  6e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1161  chloride channel core  40.9 
 
 
574 aa  346  6e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.541504  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1206  chloride channel core  40.9 
 
 
574 aa  346  6e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1302  chloride channel  40.32 
 
 
574 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2973  Cl- channel, voltage-gated family protein  40.67 
 
 
574 aa  333  6e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000658505 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3069  Cl- channel, voltage-gated family protein  40.67 
 
 
574 aa  333  6e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.724246  hitchhiker  0.00000035598 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2891  Cl- channel, voltage-gated family protein  40.67 
 
 
574 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0598145  hitchhiker  0.0000020473 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1015  Cl- channel, voltage-gated family protein  40.51 
 
 
569 aa  323  6e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.411818  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1093  Cl-channel, voltage-gated family protein  40.11 
 
 
569 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00228292  decreased coverage  0.00554461 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0841  chloride channel  39.75 
 
 
571 aa  300  5e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.690246 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0832  chloride channel  33.96 
 
 
585 aa  268  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3300  Cl- channel, voltage gated  33.1 
 
 
585 aa  257  4e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0616826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0690  Cl- channel, voltage-gated family protein  31.94 
 
 
591 aa  254  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.441434  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0433  Cl- channel, voltage-gated family protein  31.83 
 
 
575 aa  253  6e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.346865  normal  0.0128311 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0358  Cl- channel, voltage gated  34.25 
 
 
575 aa  233  6e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2144  Cl- channel voltage-gated family protein  31.61 
 
 
604 aa  226  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1327  chloride channel core  30.71 
 
 
579 aa  189  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.775399  normal  0.325244 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3470  Cl- channel, voltage gated  26.87 
 
 
613 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2363  chloride channel family protein, putative  25.37 
 
 
614 aa  152  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.325858  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2794  chloride channel protein EriC  25.73 
 
 
608 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000831422  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2543  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  29.91 
 
 
591 aa  137  7.000000000000001e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.232119  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4507  Cl- channel, voltage-gated family protein  26.94 
 
 
594 aa  135  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3482  Cl- channel, voltage-gated family protein  23.6 
 
 
582 aa  130  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1107  Chloride channel core  28.57 
 
 
470 aa  128  3e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A25  chloride channel protein EriC  27.23 
 
 
510 aa  128  3e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0041  Cl- channel, voltage-gated family protein  26.99 
 
 
587 aa  128  3e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1884  voltage gated chloride channel family protein  26.35 
 
 
519 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2173  voltage-gated chloride channel family protein  26.35 
 
 
519 aa  127  5e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2291  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.6 
 
 
628 aa  126  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.369864  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0695  chloride channel protein  29.5 
 
 
466 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.750689  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2160  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.6 
 
 
579 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0956  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.6 
 
 
579 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.872651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0223  chloride channel protein  27.56 
 
 
473 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.230311  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0241  chloride channel protein  27.56 
 
 
473 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0165964  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2101  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.6 
 
 
579 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.516415  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0240  chloride channel protein  27.56 
 
 
473 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5033  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  25.12 
 
 
598 aa  124  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1830  chloride channel protein EriC  31.15 
 
 
512 aa  124  4e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.116382  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2293  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.6 
 
 
636 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3102  chloride channel protein  30.77 
 
 
471 aa  124  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.965417  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0224  chloride channel protein  27.33 
 
 
473 aa  124  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.154288  normal  0.638237 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0226  chloride channel protein  27.33 
 
 
473 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1448  Chloride channel core  24.89 
 
 
627 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.132053  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4402  Cl- channel, voltage-gated family protein  29.2 
 
 
598 aa  122  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0824696  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1750  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  27.45 
 
 
589 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0310  CBS  28.48 
 
 
615 aa  121  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2501  Cl- channel, voltage gated  30.39 
 
 
626 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.169723  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6342  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  27.21 
 
 
589 aa  120  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867968  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1737  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  27.21 
 
 
589 aa  120  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1658  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.23 
 
 
593 aa  120  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1658  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.23 
 
 
593 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0681  Chloride channel core  28.12 
 
 
538 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1662  voltage-gated chloride channel family protein  28.09 
 
 
523 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1102  Cl- channel voltage-gated family protein  28.12 
 
 
584 aa  118  3e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1400  chloride channel protein  27.87 
 
 
523 aa  118  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.340394  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1522  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  27.49 
 
 
589 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.457794 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1352  Cl- channel, voltage gated  27.48 
 
 
577 aa  117  7.999999999999999e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1447  Cl- channel voltage-gated family protein  28.74 
 
 
598 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000054528  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3914  Chloride channel core  28.02 
 
 
464 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1258  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  24.81 
 
 
577 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725584  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3801  Chloride channel core  28.02 
 
 
464 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.101597 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2944  Cl- channel, voltage-gated family protein  29.22 
 
 
526 aa  115  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0120087  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0782  chloride channel protein  27.04 
 
 
479 aa  114  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.12239 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0762  chloride channel core  29.32 
 
 
518 aa  114  4.0000000000000004e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000775923  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1975  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  24.71 
 
 
591 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224056  normal  0.0566649 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0757  Chloride channel core  25.71 
 
 
528 aa  114  5e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.937422  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0525  Cl- channel voltage-gated family protein  26.85 
 
 
579 aa  113  8.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1400  chloride channel, putative  24.53 
 
 
631 aa  113  9e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01992  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  28.08 
 
 
461 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0455  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  26.75 
 
 
560 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0552  Cl- channel, voltage-gated family protein  28.67 
 
 
437 aa  111  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6434  Chloride channel core  29.3 
 
 
600 aa  110  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.741309 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0367  Chloride channel core  26.18 
 
 
595 aa  110  5e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2950  Cl- channel, voltage gated  26.26 
 
 
613 aa  110  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.952562  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2049  Chloride channel core  26.08 
 
 
596 aa  110  6e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.993111  normal  0.527331 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2188  Chloride channel core  24.49 
 
 
563 aa  108  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000751746  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1863  Cl- channel, voltage gated  27.67 
 
 
569 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3591  Chloride channel core  28.34 
 
 
875 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0274826 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0386  chloride channel protein EriC  27.73 
 
 
457 aa  108  3e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000543407 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1147  chloride channel protein EriC  29.15 
 
 
487 aa  107  4e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.433892  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5349  chloride channel core  23 
 
 
605 aa  107  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.791997 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2366  Cl- channel voltage-gated family protein  26.81 
 
 
416 aa  107  6e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0189  chloride channel, core  29.66 
 
 
445 aa  107  6e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2054  Cl- channel, voltage-gated family protein  27.76 
 
 
565 aa  107  7e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.345027 
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5334  Cl- channel voltage-gated family protein  24.95 
 
 
863 aa  106  9e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.817477  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4427  Cl- channel, voltage-gated family protein  27.74 
 
 
439 aa  106  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.292219 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4200  Cl- channel, voltage gated  27.74 
 
 
439 aa  106  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.419413  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4266  Cl- channel, voltage-gated family protein  27.74 
 
 
439 aa  106  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.89307  normal  0.948351 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2283  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  24.82 
 
 
591 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2810  chloride channel protein  26.97 
 
 
472 aa  105  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1107  voltage-gated chloride channel family protein  26.86 
 
 
510 aa  105  3e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>