98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0340 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0340  protein of unknown function DUF513, hemX  100 
 
 		 458 aa  915    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00148  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.18 
 
 		 390 aa  281  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0438  protein of unknown function DUF513, hemX  30.56 
 
 		 416 aa  192  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0386  protein of unknown function DUF513, hemX  31.11 
 
 		 403 aa  186  8e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.276274  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00316  uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.01 
 
 		 393 aa  179  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002104  HemX-like protein  30.45 
 
 		 403 aa  176  7e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2400  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  36.08 
 
 		 399 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.92491  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0218  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase HemX  35.98 
 
 		 404 aa  172  9e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.763199  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0316  protein of unknown function DUF513, hemX  32.12 
 
 		 380 aa  171  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3640  uroporphyrin-III C-methyltransferase HemX  28.84 
 
 		 380 aa  169  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0176  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  32.27 
 
 		 374 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0102462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4135  protein of unknown function DUF513, HemX  29.66 
 
 		 383 aa  166  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3256  hemX protein  28.61 
 
 		 396 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.30464 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3589  protein of unknown function DUF513, hemX  32.31 
 
 		 399 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4023  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  29.29 
 
 		 391 aa  154  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000192392  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4176  protein of unknown function DUF513 hemX  29.29 
 
 		 393 aa  153  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.743979  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4262  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  29.41 
 
 		 421 aa  153  5e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4204  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  29.41 
 
 		 397 aa  153  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0774615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4318  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  29.41 
 
 		 397 aa  153  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0179476  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3903  protein of unknown function DUF513 hemX  34.33 
 
 		 393 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4315  hemX protein  34.83 
 
 		 414 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3640  protein of unknown function DUF513, hemX  34.46 
 
 		 413 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.776641  normal  0.794889 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03678  predicted uroporphyrinogen III methylase  29.41 
 
 		 401 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.256191  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03627  hypothetical protein  29.41 
 
 		 401 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4168  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  29.41 
 
 		 397 aa  152  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.524316  normal  0.397242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4018  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  31.53 
 
 		 374 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.623611  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0534  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  31.53 
 
 		 374 aa  151  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4096  protein of unknown function DUF513 hemX  33.91 
 
 		 393 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.922963 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0072  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.27 
 
 		 472 aa  152  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0196  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  31.53 
 
 		 374 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000200378  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3980  protein of unknown function DUF513 hemX  33.91 
 
 		 393 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0386  protein of unknown function DUF513, hemX  34.08 
 
 		 409 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0384  protein of unknown function DUF513, hemX  34.08 
 
 		 413 aa  151  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.410491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5241  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  29.41 
 
 		 405 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0481  protein of unknown function DUF513 hemX  31.62 
 
 		 383 aa  150  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4002  hypothetical protein  33.91 
 
 		 393 aa  150  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.143928  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0226  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  30.14 
 
 		 374 aa  149  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3989  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  29.13 
 
 		 395 aa  148  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145743  normal  0.155418 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0177  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  29.22 
 
 		 377 aa  146  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0140625  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0371  protein of unknown function DUF513 hemX  31.33 
 
 		 397 aa  146  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4173  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  31.44 
 
 		 374 aa  143  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0524748  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3982  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  31.7 
 
 		 374 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0294425  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4218  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  28.97 
 
 		 389 aa  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4325  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  28.97 
 
 		 389 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.802933 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4266  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  28.97 
 
 		 389 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.954268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4164  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  28.97 
 
 		 389 aa  136  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000187856  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4149  putative uroporphyrinogen III C-methyltransferase  28.97 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3665  YjgF-like protein  29.57 
 
 		 494 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0485  protein of unknown function DUF513, hemX  28.83 
 
 		 369 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0046  uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.5 
 
 		 399 aa  106  9e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.120112  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47580  HemX-like protein  31.06 
 
 		 337 aa  97.1  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3107  protein of unknown function DUF513, hemX  29.41 
 
 		 536 aa  91.7  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.52248  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0027  protein of unknown function DUF513, HemX  25.6 
 
 		 424 aa  89.4  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0504  hypothetical protein  24.05 
 
 		 582 aa  86.7  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3593  protein of unknown function DUF513 hemX  26.79 
 
 		 435 aa  85.9  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3061  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  23.59 
 
 		 672 aa  80.5  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1027  protein of unknown function DUF513, hemX  25.48 
 
 		 552 aa  80.5  0.00000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.425311  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0701  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.47 
 
 		 689 aa  80.1  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0213  protein of unknown function DUF513 hemX  29.17 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.199068  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0188  uroporphyrin-III C-methyltransferase, putative  29.17 
 
 		 375 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0210  protein of unknown function DUF513, hemX  29.17 
 
 		 366 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.582748  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2662  hypothetical protein  23.93 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0130  uroporphyrin-III C-methyltransferase, putative  28.74 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0060  hypothetical protein  27.51 
 
 		 391 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2793  hypothetical protein  23.46 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0033  protein of unknown function DUF513, hemX  24.06 
 
 		 363 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0258  protein of unknown function DUF513 hemX  28.33 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0282  protein of unknown function DUF513, hemX  30.93 
 
 		 376 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2688  hypothetical protein  26.51 
 
 		 349 aa  72.4  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3672  hypothetical protein  29.95 
 
 		 348 aa  68.6  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1070  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.27 
 
 		 672 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1439  protein of unknown function DUF513 hemX  24.05 
 
 		 492 aa  61.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2668  protein of unknown function DUF513, hemX  23.53 
 
 		 403 aa  61.2  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000148689 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2356  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  23.71 
 
 		 695 aa  61.6  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.134951  normal  0.286784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3410  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.27 
 
 		 672 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2748  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.04 
 
 		 693 aa  61.2  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2205  putaitve hemX protein  23.87 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000920193  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69430  hypothetical protein  28.86 
 
 		 376 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2570  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  24 
 
 		 702 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.866591 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6004  hypothetical protein  29.67 
 
 		 375 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.176119  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2165  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  24 
 
 		 665 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.255779 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2176  uroporphyrin-III C-methyltransferase  23.42 
 
 		 320 aa  57  0.0000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2178  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.23 
 
 		 686 aa  55.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.280216  hitchhiker  0.000563849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5485  hypothetical protein  26.42 
 
 		 380 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2428  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.1 
 
 		 656 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.475486  normal  0.299485 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2566  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.07 
 
 		 343 aa  51.6  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.260784 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2892  protein of unknown function DUF513, hemX  23.5 
 
 		 358 aa  50.4  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.321706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2379  protein of unknown function DUF513 hemX  23.5 
 
 		 358 aa  49.3  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0870  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.27 
 
 		 656 aa  47.8  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.787739 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2333  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  23.27 
 
 		 655 aa  47  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.623737 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2467  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  23.27 
 
 		 655 aa  47  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1812  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  22.83 
 
 		 656 aa  47  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.681171  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2424  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  22.83 
 
 		 656 aa  47  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5751  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.63 
 
 		 656 aa  46.6  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1997  protein of unknown function DUF513, hemX  23.5 
 
 		 360 aa  46.6  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  hitchhiker  0.00087964 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1038  protein of unknown function DUF513, hemX  22.84 
 
 		 357 aa  45.8  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.715062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0873  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.74 
 
 		 659 aa  44.7  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2230  protein of unknown function DUF513 hemX  23.21 
 
 		 380 aa  44.3  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  hitchhiker  0.00638141 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>