283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0544 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_0544  50S ribosomal protein L28  100 
 
 		 72 aa  147  4e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.708685  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1606  50S ribosomal protein L28  83.33 
 
 		 72 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.307691 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0601  50S ribosomal protein L28  81.94 
 
 		 72 aa  128  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.201453  normal  0.0263054 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0582  50S ribosomal protein L28  80.56 
 
 		 72 aa  127  8.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0629  50S ribosomal protein L28  80.56 
 
 		 72 aa  124  4.0000000000000003e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.865933  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1743  50S ribosomal protein L28  76.39 
 
 		 72 aa  123  7e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0707  50S ribosomal protein L28  77.78 
 
 		 72 aa  122  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.433692  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2640  ribosomal protein L28  58.21 
 
 		 78 aa  86.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2314  ribosomal protein L28  56.34 
 
 		 78 aa  86.7  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.959649  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0325  ribosomal protein L28  53.52 
 
 		 78 aa  84.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4559  ribosomal protein L28  55.07 
 
 		 78 aa  84.7  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.382747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2641  50S ribosomal protein L28P  53.73 
 
 		 78 aa  84.7  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3565  50S ribosomal protein L28  56.34 
 
 		 78 aa  83.6  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0150151  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1710  50S ribosomal protein L28  52.24 
 
 		 78 aa  82  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1757  50S ribosomal protein L28  52.11 
 
 		 77 aa  82  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.991694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2971  50S ribosomal protein L28  53.73 
 
 		 78 aa  82.4  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458218  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1989  50S ribosomal protein L28  52.24 
 
 		 78 aa  82  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0589  50S ribosomal protein L28  52.11 
 
 		 78 aa  81.6  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.74438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3679  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  81.6  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185253  normal  0.0401063 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0048  ribosomal protein L28  52.24 
 
 		 78 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.635259  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5537  50S ribosomal protein L28  53.52 
 
 		 77 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0793752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3951  50S ribosomal protein L28  53.52 
 
 		 78 aa  80.5  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0753  50S ribosomal protein L28  48.53 
 
 		 77 aa  80.1  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.542713 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1282  50S ribosomal protein L28  50.7 
 
 		 77 aa  79.3  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.397873  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0145  50S ribosomal protein L28  52.11 
 
 		 78 aa  79.3  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00227555  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3428  50S ribosomal protein L28  49.3 
 
 		 77 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0550772  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5365  50S ribosomal protein L28  49.3 
 
 		 77 aa  79.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5192  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244386  normal  0.27276 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5282  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3384  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 77 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.237994 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5333  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220339 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0546  50S ribosomal protein L28  53.52 
 
 		 78 aa  79.3  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2722  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 77 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.238973  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0817  50S ribosomal protein L28  49.3 
 
 		 77 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.761124 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0481  50S ribosomal protein L28  53.52 
 
 		 78 aa  79.3  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00055  ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  78.2  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000288614  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48050  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  78.6  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2589  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  78.6  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.155889 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2021  ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  78.6  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3214  50S ribosomal protein L28  47.62 
 
 		 77 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3827  50S ribosomal protein L28  50.72 
 
 		 78 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.199336  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0055  ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  78.6  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.378886  normal  0.0544728 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2445  50S ribosomal protein L28  49.3 
 
 		 77 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2323  50S ribosomal protein L28  47.76 
 
 		 77 aa  77.8  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837544 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0327  ribosomal protein L28  49.28 
 
 		 106 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0383291  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2713  50S ribosomal protein L28  47.76 
 
 		 77 aa  77.8  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1995  ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  77.8  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0089  ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 77 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.376703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0224  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 77 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4374  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.335186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6092  50S ribosomal protein L28  52.11 
 
 		 78 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001820  LSU ribosomal protein L28p  53.97 
 
 		 78 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000491703  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70190  50S ribosomal protein L28  52.11 
 
 		 78 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00654  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3959  50S ribosomal protein L28  52.11 
 
 		 78 aa  77.4  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0699911  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0160  50S ribosomal protein L28  52.11 
 
 		 78 aa  77.4  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.233197  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0191  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  77  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000089275  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2599  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  77  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1117  50S ribosomal protein L28  47.06 
 
 		 77 aa  77  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4008  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  77  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.236332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3927  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  77  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0253871  hitchhiker  0.00124431 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3945  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  77  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00834113  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3836  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  77  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000849102  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4054  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  77  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.26226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4115  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  77  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0258863  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0068  ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138765  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0793  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.11426 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4138  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1021  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241673  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3846  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.05688e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4247  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0056  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000196759  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2231  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0074  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000990162  hitchhiker  0.000000134659 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0978  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5834  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.685508 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4841  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000224524  hitchhiker  0.0000339357 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0389  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000230782  hitchhiker  0.0000579861 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2527  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0403  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109188  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0463  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000843852  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0780  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3972  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000229702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3480  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000307468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0062  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2647  50S ribosomal protein L28  49.21 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.753369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0983  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149835  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4154  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466012  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0584  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.652214 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1891  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5007  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000024574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0377  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160044  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3596  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0360  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0375632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2549  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2502  50S ribosomal protein L28  47.89 
 
 		 77 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.553249  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2100  50S ribosomal protein L28  49.21 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.295795  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3769  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.326629  normal  0.774565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0188  50S ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 78 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190685 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0328  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 78 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000391989  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>