More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_00877 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_00877  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 
217 aa  432  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.23146  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  75.36 
 
 
340 aa  317  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03609  transcriptional regulator LacI family  56.98 
 
 
350 aa  181  7e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.34339  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1024  LacI family transcription regulator  46.34 
 
 
342 aa  161  8.000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  41.35 
 
 
337 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  40.2 
 
 
340 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  40.2 
 
 
340 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  42.86 
 
 
337 aa  132  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  40.88 
 
 
335 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  41.24 
 
 
334 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  39.9 
 
 
340 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  39.9 
 
 
340 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0366  transcriptional regulator, LacI family  42.35 
 
 
344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  36.95 
 
 
340 aa  126  3e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  40.21 
 
 
338 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  41.75 
 
 
333 aa  123  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  39.29 
 
 
338 aa  122  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  39.79 
 
 
339 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.32 
 
 
332 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  39.13 
 
 
344 aa  119  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2534  transcriptional regulator, LacI family  41.05 
 
 
663 aa  119  3e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.16 
 
 
335 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  40.49 
 
 
328 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5609  transcriptional regulator, LacI family  42 
 
 
335 aa  118  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.918493 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  38.74 
 
 
332 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  37.76 
 
 
334 aa  118  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  35.2 
 
 
339 aa  118  7.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.37 
 
 
341 aa  117  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  37.82 
 
 
338 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  38.81 
 
 
340 aa  116  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  40 
 
 
342 aa  116  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  35.43 
 
 
386 aa  114  8.999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3985  transcriptional regulator, LacI family  39.66 
 
 
338 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.610149  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  37.98 
 
 
355 aa  113  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  36.22 
 
 
343 aa  112  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 
340 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  38 
 
 
345 aa  112  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  39.43 
 
 
347 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  39.29 
 
 
346 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  39.29 
 
 
346 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 
359 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  38.19 
 
 
348 aa  111  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.86 
 
 
347 aa  111  9e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  36.5 
 
 
339 aa  111  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  42.94 
 
 
346 aa  110  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  36.98 
 
 
337 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  36.54 
 
 
346 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2790  LacI family transcription regulator  38.6 
 
 
348 aa  109  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  37.56 
 
 
338 aa  109  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  38.59 
 
 
362 aa  109  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  33.85 
 
 
333 aa  108  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.47 
 
 
339 aa  108  5e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0454  LacI family transcription regulator  41.38 
 
 
339 aa  108  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  38.1 
 
 
339 aa  108  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  37.14 
 
 
331 aa  108  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.55 
 
 
337 aa  108  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.849116  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  39.33 
 
 
333 aa  108  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  37.44 
 
 
353 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  33.7 
 
 
340 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  40 
 
 
333 aa  107  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3001  transcriptional regulator, LacI family  35.2 
 
 
343 aa  107  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  39.69 
 
 
343 aa  107  1e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.96 
 
 
325 aa  107  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0777  LacI transcriptional regulator  37.08 
 
 
337 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  34.57 
 
 
336 aa  106  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  38.14 
 
 
340 aa  107  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  35.26 
 
 
333 aa  107  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  35.42 
 
 
357 aa  106  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.5 
 
 
337 aa  106  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  37.06 
 
 
337 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  30.54 
 
 
333 aa  106  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  34.9 
 
 
328 aa  106  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0309  transcriptional regulator, LacI family  36 
 
 
346 aa  106  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  37.91 
 
 
340 aa  105  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1825  transcriptional regulator, LacI family  43.43 
 
 
346 aa  105  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.319362  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2557  LacI family transcriptional regulator  36.22 
 
 
341 aa  105  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000811694  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0081  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
533 aa  105  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0322745  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  36.79 
 
 
339 aa  105  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  40.68 
 
 
347 aa  105  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  38.14 
 
 
340 aa  105  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  34.67 
 
 
346 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  38.92 
 
 
357 aa  105  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 
344 aa  105  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0794  transcriptional regulator, LacI family  39.09 
 
 
332 aa  105  5e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0126496 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  38.66 
 
 
336 aa  105  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  37.95 
 
 
348 aa  105  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  35.38 
 
 
349 aa  105  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  36.11 
 
 
332 aa  105  6e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  36.97 
 
 
376 aa  105  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5347  transcriptional regulator, LacI family  34.5 
 
 
335 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.993623  normal  0.389225 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3140  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 
344 aa  104  8e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.636128 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0549  Alanine racemase  38.24 
 
 
340 aa  104  9e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.48 
 
 
346 aa  104  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  39.23 
 
 
342 aa  104  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  40.64 
 
 
382 aa  104  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  33.86 
 
 
339 aa  103  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2376  LacI family transcription regulator  28.04 
 
 
339 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0719999  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3319  transcriptional regulator, LacI family  40.24 
 
 
337 aa  103  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.419074  normal  0.0675752 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  40 
 
 
351 aa  103  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31 
 
 
340 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>