More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5488 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5330  major facilitator family transporter  82.05 
 
 
429 aa  706    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0357971  hitchhiker  0.00453891 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5488  major facilitator family transporter  100 
 
 
445 aa  880    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5042  major facilitator transporter  97.9 
 
 
429 aa  834    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.12402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5379  major facilitator transporter  82.05 
 
 
429 aa  705    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.40701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5616  general substrate transporter  82.64 
 
 
432 aa  720    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.68439  normal  0.433178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0144  major facilitator transporter  81.59 
 
 
429 aa  707    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5238  major facilitator transporter  82.05 
 
 
429 aa  706    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.18052  normal  0.198846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70920  major facilitator transporter  78.55 
 
 
438 aa  682    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.23886  normal  0.150917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6155  MFS family transporter  78.32 
 
 
438 aa  679    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000158885  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50610  General substrate transporter  71.9 
 
 
436 aa  608  1e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.243642  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4664  major facilitator transporter  69.66 
 
 
435 aa  590  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202429  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3627  major facilitator transporter  70.71 
 
 
436 aa  586  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.943352  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3950  major facilitator protein family permease  69.76 
 
 
436 aa  579  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0690  major facilitator transporter  67.72 
 
 
435 aa  565  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00769628  hitchhiker  0.00253041 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0572  major facilitator transporter  68.11 
 
 
433 aa  562  1.0000000000000001e-159  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4557  major facilitator superfamily MFS_1  68.2 
 
 
433 aa  556  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0871  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  68.45 
 
 
433 aa  555  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.464364 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2072  major facilitator family transporter  65.96 
 
 
466 aa  552  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.264718  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0800  major facilitator transporter  65.08 
 
 
466 aa  550  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00491576  normal  0.0752982 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3597  major facilitator transporter  65.08 
 
 
462 aa  550  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3469  major facilitator transporter  64.85 
 
 
459 aa  544  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00699451  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0579  major facilitator superfamily MFS_1  63.74 
 
 
437 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.422736  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0337  major facilitator transporter  67.39 
 
 
435 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4959  major facilitator transporter  67.39 
 
 
461 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00527291 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5310  major facilitator transporter  67.15 
 
 
458 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.197637 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3057  major facilitator transporter  67.15 
 
 
458 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0875  major facilitator family transporter  66.35 
 
 
430 aa  533  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2190  major facilitator family transporter  66.35 
 
 
430 aa  533  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1058  major facilitator superfamily transporter  64.56 
 
 
442 aa  532  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.861696  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1424  major facilitator family transporter  66.35 
 
 
430 aa  533  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0466  major facilitator family transporter  66.35 
 
 
430 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.596732  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3413  major facilitator transporter  66.91 
 
 
436 aa  534  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.25615  normal  0.590366 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0564  major facilitator family transporter  66.35 
 
 
430 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3856  major facilitator superfamily MFS_1  66.26 
 
 
445 aa  528  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1881  major facilitator family transporter  64.55 
 
 
465 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5198  major facilitator transporter  66.43 
 
 
436 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.721044  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4670  major facilitator transporter  66.67 
 
 
436 aa  531  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.637276 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3661  major facilitator superfamily MFS_1  66.02 
 
 
445 aa  521  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0540  major facilitator superfamily MFS_1  63.81 
 
 
445 aa  523  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1159  major facilitator transporter  60.94 
 
 
435 aa  520  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1184  major facilitator superfamily MFS_1  61.77 
 
 
447 aa  512  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1680  major facilitator family transporter  56.78 
 
 
476 aa  504  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.311406  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1624  major facilitator family transporter  56.78 
 
 
476 aa  504  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.412047  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1267  major facilitator transporter  56.65 
 
 
487 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6481  major facilitator transporter  61.18 
 
 
442 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0229436  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5753  MFS permease  59.19 
 
 
448 aa  499  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5728  major facilitator transporter  60.94 
 
 
442 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.815248  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5507  major facilitator transporter  60.24 
 
 
441 aa  486  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.352924 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00802  prop transport protein  61.98 
 
 
387 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0278837  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0311  major facilitator superfamily MFS_1  51.4 
 
 
437 aa  417  9.999999999999999e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4767  general substrate transporter  53.12 
 
 
450 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.138679 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0767  major facilitator superfamily MFS_1  52.53 
 
 
441 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.747489  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1612  major facilitator family transporter  52.43 
 
 
438 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170164  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3768  major facilitator transporter  51.38 
 
 
438 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.196168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3530  major facilitator transporter  49.76 
 
 
441 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0089  conserved hypothetical protein, probable MFS transporter  47 
 
 
429 aa  352  7e-96  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.964688  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0147  putative transporter, major facilitator superfamily  46.41 
 
 
436 aa  352  8.999999999999999e-96  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3778  major facilitator transporter  49.76 
 
 
441 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0248  major facilitator superfamily protein  45.5 
 
 
436 aa  347  3e-94  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0300  major facilitator superfamily protein  45.24 
 
 
436 aa  346  4e-94  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0277  major facilitator superfamily protein  45.13 
 
 
436 aa  346  5e-94  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4206  major facilitator family transporter  48.58 
 
 
441 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0539  major facilitator superfamily protein  44.71 
 
 
432 aa  325  7e-88  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.956103  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1647  major facilitator transporter  49.52 
 
 
441 aa  322  6e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1576  proline/betaine transporter, putative, authentic frameshift  41.71 
 
 
431 aa  317  3e-85  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2153  proline/betaine transporter  40.44 
 
 
443 aa  291  1e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0025  major facilitator family transporter  40.44 
 
 
438 aa  291  2e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1000  CjaB protein  37.14 
 
 
415 aa  275  2.0000000000000002e-72  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1063  transport protein CjaB  37.2 
 
 
415 aa  268  2e-70  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.148987  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0694  major facilitator family transporter CjaB  37.93 
 
 
407 aa  266  5e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2384  major facilitator superfamily MFS_1  36.59 
 
 
443 aa  242  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.210469  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0790  major facilitator transporter  29.85 
 
 
433 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5160  major facilitator superfamily MFS_1  33.83 
 
 
444 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2791  major facilitator superfamily MFS_1  35.93 
 
 
443 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0796  major facilitator transporter  30.34 
 
 
433 aa  231  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3304  General substrate transporter  31.8 
 
 
456 aa  224  3e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1733  major facilitator transporter  31.28 
 
 
435 aa  223  4e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.32022  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5767  major facilitator transporter  33.73 
 
 
438 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2186  major facilitator family transporter  35.15 
 
 
440 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2044  MFS transporter, metabolite:H+ symporter (MHS) family protein  35.15 
 
 
440 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0903  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  34.1 
 
 
443 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760701  normal  0.2203 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1693  major facilitator transporter  32.25 
 
 
444 aa  221  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0989  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  35.73 
 
 
439 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2818  general substrate transporter  31.31 
 
 
483 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.139895  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1522  major facilitator superfamily metabolite (proline/betaine)/H(+) symporter  34.13 
 
 
438 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00301403  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3403  major facilitator transporter  32.68 
 
 
461 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3018  major facilitator family transporter  31.14 
 
 
485 aa  217  4e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2222  major facilitator family transporter  31.14 
 
 
485 aa  216  4e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000297213 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3666  major facilitator transporter  33.25 
 
 
444 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.262449 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3056  major facilitator superfamily protein superfamily  31.14 
 
 
485 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.150401  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0930  major facilitator transporter  32.55 
 
 
448 aa  216  5.9999999999999996e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3055  major facilitator family transporter  30.9 
 
 
485 aa  216  9e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2063  major facilitator transporter  33.02 
 
 
444 aa  216  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.667333  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2767  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 
438 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.527075  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2807  major facilitator family transporter  30.9 
 
 
485 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2757  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  30.9 
 
 
485 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000489566  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2738  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  30.9 
 
 
485 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6582  major facilitator superfamily MFS_1  38.11 
 
 
433 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3518  major facilitator transporter  34.38 
 
 
447 aa  215  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3020  major facilitator family transporter  30.9 
 
 
485 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>