144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5113 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5113  hypothetical protein  100 
 
 		 422 aa  858    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0419  hypothetical protein  62.44 
 
 		 421 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3668  hypothetical protein  41.61 
 
 		 408 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.12244  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0032  SMC domain protein  32.79 
 
 		 440 aa  227  3e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.841332  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1600  ATPase  31.99 
 
 		 427 aa  192  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0426773  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0378  SMC domain protein  31.14 
 
 		 430 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0626  SMC domain protein  29.95 
 
 		 439 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0004  ATP binding protein  31.83 
 
 		 454 aa  170  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0201  hypothetical protein  28.72 
 
 		 442 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0853474 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1462  SMC domain protein  27.95 
 
 		 423 aa  154  4e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1849  SMC domain protein  26.76 
 
 		 422 aa  147  3e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2489  SMC domain-containing protein  28.63 
 
 		 452 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000889729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3137  ATPas  31.49 
 
 		 449 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.828607 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3725  ATPase  27.88 
 
 		 455 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4119  SMC domain protein  26.67 
 
 		 482 aa  133  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3357  SMC domain-containing protein  26.56 
 
 		 437 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.123972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3030  SMC domain-containing protein  30.06 
 
 		 406 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.726851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0257  ATPase  29.18 
 
 		 403 aa  124  4e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.116042  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0742  antigen PgaA  26.22 
 
 		 445 aa  117  3e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2940  hypothetical protein  27.64 
 
 		 410 aa  112  8.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2697  AAA ATPase  35.58 
 
 		 410 aa  103  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.308966  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2683  hypothetical protein  41.32 
 
 		 478 aa  98.6  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1964  hypothetical protein  36.43 
 
 		 203 aa  97.8  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5503  AAA ATPase  25.89 
 
 		 464 aa  95.5  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0328038  hitchhiker  0.00036536 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4173  AAA ATPase  25.13 
 
 		 415 aa  89  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5461  AAA ATPase  38.53 
 
 		 769 aa  84.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.323053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3443  SMC domain-containing protein  35.48 
 
 		 709 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0416993  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6340  SMC domain protein  28.43 
 
 		 420 aa  81.3  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.815029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4982  hypothetical protein  34.81 
 
 		 464 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.577043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0641  AAA ATPase  23.84 
 
 		 418 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.157065 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0023  AAA ATPase  30.48 
 
 		 736 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0928  SMC domain protein  35.19 
 
 		 577 aa  73.6  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.384804  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0397  ATPase  34.91 
 
 		 360 aa  72  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010374  M446_7060  hypothetical protein  34.91 
 
 		 445 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0743  hypothetical protein, putative phage gene  23.36 
 
 		 414 aa  66.6  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1398  hypothetical protein  45.33 
 
 		 610 aa  64.3  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2903  ATP-binding protein involved in virulence-like protein  35.48 
 
 		 453 aa  63.5  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.473037 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1791  hypothetical protein  36 
 
 		 369 aa  60.8  0.00000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0224  ATPase  24.72 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0363611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0493  hypothetical protein  28.03 
 
 		 532 aa  57  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068743  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3922  hypothetical protein  33.33 
 
 		 440 aa  56.6  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.658608 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0120  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.97 
 
 		 429 aa  55.1  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2343  SMC domain protein  46 
 
 		 912 aa  55.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.14 
 
 		 362 aa  55.1  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0455  hypothetical protein  36 
 
 		 452 aa  54.7  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0216639  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2437  SMC domain protein  51.16 
 
 		 924 aa  54.3  0.000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2789  SMC domain protein  48.84 
 
 		 926 aa  53.9  0.000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2531  hypothetical protein  27.59 
 
 		 608 aa  53.1  0.000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.41472  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1495  SMC domain protein  51.16 
 
 		 895 aa  52.8  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1362  DNA replication and repair protein RecF  21.81 
 
 		 339 aa  52.8  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3136  hypothetical protein  28.48 
 
 		 648 aa  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.829641  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3008  hypothetical protein  34.21 
 
 		 582 aa  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.568683  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0748  SMC domain-containing protein  45.45 
 
 		 935 aa  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.874201  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0371  chromosome segregation protein  50 
 
 		 890 aa  50.4  0.00006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2898  chromosome segregation protein  45 
 
 		 891 aa  48.9  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  36.84 
 
 		 361 aa  49.7  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.14 
 
 		 370 aa  49.7  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  44.19 
 
 		 359 aa  48.5  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  42.55 
 
 		 353 aa  48.9  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1569  ATPase-like protein  22.45 
 
 		 354 aa  48.5  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.768338  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0360  chromosome segregation protein  47.5 
 
 		 1074 aa  47.8  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.67 
 
 		 365 aa  47.4  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  45 
 
 		 650 aa  47  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  37.66 
 
 		 357 aa  47  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  38.36 
 
 		 368 aa  47  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1135  hypothetical protein  27.93 
 
 		 447 aa  47  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.879789  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  47.5 
 
 		 379 aa  46.6  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10415  DNA repair protein Rad18, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G05440)  31.67 
 
 		 1146 aa  46.2  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0107863  hitchhiker  0.00000500177 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  28.57 
 
 		 377 aa  46.2  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2009  hypothetical protein  38 
 
 		 922 aa  45.8  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  52.5 
 
 		 387 aa  46.2  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1751  hypothetical protein  32.61 
 
 		 513 aa  46.2  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.648429 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1501  SMC-like protein  50 
 
 		 888 aa  45.8  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0883  hypothetical protein  39.29 
 
 		 79 aa  46.2  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.473054  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  45 
 
 		 415 aa  46.2  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  47.5 
 
 		 371 aa  46.2  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0737  hypothetical protein  23.88 
 
 		 509 aa  46.2  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.013183 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  31.91 
 
 		 361 aa  45.8  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  50 
 
 		 390 aa  45.8  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  44.44 
 
 		 364 aa  45.8  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  44.44 
 
 		 364 aa  45.8  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  45.8  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.39 
 
 		 363 aa  46.2  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  45.8  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.84 
 
 		 357 aa  45.8  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  27.69 
 
 		 371 aa  45.1  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  37.84 
 
 		 357 aa  45.8  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_31021  Protein involved in recombination repair  30 
 
 		 1063 aa  45.4  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.109982 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0762  SMC domain-containing protein  33.33 
 
 		 858 aa  45.8  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0108669  decreased coverage  0.00239369 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  45.8  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  45.8  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  51.16 
 
 		 361 aa  45.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  45.8  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2301  SMC domain protein  29.33 
 
 		 987 aa  45.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  37.84 
 
 		 357 aa  45.8  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>