57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4856 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4856  TPR domain protein  100 
 
 		 250 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4396  TPR repeat-containing protein  83.2 
 
 		 244 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0643  hypothetical protein  65.12 
 
 		 229 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0843  TPR repeat-containing protein  59.38 
 
 		 233 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4866  putative lipoprotein  43.15 
 
 		 253 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.193759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55850  putative pilus assembly protein  42.08 
 
 		 245 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1662  tetratricopeptide TPR_2  32.57 
 
 		 342 aa  88.2  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.061862  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2326  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.86 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2699  lipoprotein, putative  32.49 
 
 		 279 aa  69.7  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2321  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.49 
 
 		 279 aa  69.7  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4450  Tetratricopeptide domain protein  29 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1502  TPR repeat-containing protein  31.79 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000236519 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1526  TPR repeat-containing protein  31.79 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.40396  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1046  tetratricopeptide TPR_2  31.79 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959559  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1637  hypothetical protein  30.67 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.735654  normal  0.200173 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3659  flp pilus assembly protein  29.82 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4253  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.22 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.78139  normal  0.265077 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4363  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.22 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2157  hypothetical protein  28.12 
 
 		 253 aa  65.1  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.609376  normal  0.0292686 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2067  TPR repeat-containing protein  31.17 
 
 		 343 aa  62  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.457723  normal  0.512607 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1408  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1658  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.34 
 
 		 284 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.483631 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1727  TPR repeat-containing protein  32.58 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000433623 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1448  TPR repeat-containing protein  31.34 
 
 		 280 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.34489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5414  TPR repeat-containing protein  30.23 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432771  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4666  TPR-repeat pilus assembly protein TadD  31.87 
 
 		 275 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.988456  decreased coverage  0.000651584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2793  putative lipoprotein transmembrane  32.93 
 
 		 284 aa  53.5  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.184399  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1794  TPR domain-containing protein  33.95 
 
 		 311 aa  52.8  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00170146  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1773  TPR domain-containing protein  33.95 
 
 		 311 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0358765  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0122  TPR domain-containing protein  33.95 
 
 		 311 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000708393  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1773  TPR domain-containing protein  33.95 
 
 		 311 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0201195  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1043  TPR domain-containing protein  33.95 
 
 		 311 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1285  TPR domain-containing protein  33.95 
 
 		 311 aa  52.8  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0393543  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1948  TPR domain-containing protein  33.95 
 
 		 311 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000693981  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2537  TPR domain-containing protein  32.57 
 
 		 295 aa  51.6  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  25.95 
 
 		 3145 aa  48.5  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 542 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3330  TPR repeat-containing protein  37.5 
 
 		 1038 aa  47.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02589  lipoprotein transmembrane  29.17 
 
 		 305 aa  47.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.600145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0075  TPR repeat-containing protein  27.42 
 
 		 237 aa  46.2  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657959  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3721  sulfotransferase  32.29 
 
 		 637 aa  46.2  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1106  TPR repeat-containing protein  32.39 
 
 		 605 aa  44.3  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000356395  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1518  TPR domain-containing protein  32.43 
 
 		 258 aa  44.7  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0603  lipoprotein NlpI  29.52 
 
 		 327 aa  44.3  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.297207  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47492  predicted protein  29.91 
 
 		 640 aa  43.9  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00475484  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  40.74 
 
 		 632 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  31.58 
 
 		 718 aa  43.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6918  TPR repeat-containing protein  33.02 
 
 		 847 aa  42.7  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378966  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2701  FecR protein  32.84 
 
 		 1237 aa  42.4  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0375839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0901  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.88 
 
 		 283 aa  42.4  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  39.22 
 
 		 405 aa  42  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0058  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 		 1198 aa  42.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.872531  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1158  TPR repeat-containing protein  36 
 
 		 315 aa  42.4  0.008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.804036  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1114  TPR domain-containing protein  31.33 
 
 		 299 aa  42.4  0.008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0729535  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  30.86 
 
 		 864 aa  42  0.009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0673  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.72 
 
 		 283 aa  42  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2854  glycosyl transferase family 2  30.58 
 
 		 1252 aa  42  0.01  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.956112  normal  0.0955707 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>