More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4183 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4183  ribosomal protein L31  100 
 
 
93 aa  192  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.280608  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3920  50S ribosomal protein L31 type B  92.47 
 
 
93 aa  179  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.348577  normal  0.176876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17700  50S ribosomal protein L31 type B  76.19 
 
 
87 aa  140  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000111738  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1540  50S ribosomal protein L31 type B  75 
 
 
87 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.267597  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002727  LSU ribosomal protein L31p  65.06 
 
 
86 aa  120  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0694209  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03250  50S ribosomal protein L31 type B  64.2 
 
 
86 aa  117  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0890  50S ribosomal protein L31 type B  61.73 
 
 
85 aa  117  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1916  50S ribosomal protein L31 type B  63.41 
 
 
93 aa  113  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000248892  hitchhiker  0.00086053 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2207  50S ribosomal protein L31 type B  63.41 
 
 
93 aa  113  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0240279  normal  0.0216072 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3210  50S ribosomal protein L31 type B  64.2 
 
 
86 aa  111  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000321359  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3069  50S ribosomal protein L31 type B  64.2 
 
 
86 aa  111  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.10259e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0507  50S ribosomal protein L31 type B  59.3 
 
 
92 aa  111  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000869204  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00255  50S ribosomal protein L31  60.24 
 
 
87 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3308  ribosomal protein L31  60.24 
 
 
88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.010761  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00259  hypothetical protein  60.24 
 
 
87 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3323  50S ribosomal protein L31 type B  60.24 
 
 
88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0324  50S ribosomal protein L31 type B  60.24 
 
 
87 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000277542  normal  0.105012 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0342  50S ribosomal protein L31 type B  60.24 
 
 
87 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000146982  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0307  50S ribosomal protein L31 type B  60.24 
 
 
88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.798322  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0350  50S ribosomal protein L31 type B  60.24 
 
 
87 aa  108  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.380768  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1330  50S ribosomal protein L31 type B  60.49 
 
 
87 aa  107  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0934  50S ribosomal protein L31 type B  60.49 
 
 
86 aa  106  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.626009  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0402  50S ribosomal protein L31 type B  54.65 
 
 
85 aa  104  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000944485  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1125  50S ribosomal protein L31 type B  56.47 
 
 
85 aa  103  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000113817  unclonable  0.00000000942965 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1068  50S ribosomal protein L31 type B  59.26 
 
 
82 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.788899  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0519  50S ribosomal protein L31 type B  58.02 
 
 
86 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000807514  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0572  50S ribosomal protein L31 type B  58.02 
 
 
86 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000109975  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0529  50S ribosomal protein L31 type B  58.02 
 
 
86 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00000296903  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0510  50S ribosomal protein L31 type B  58.02 
 
 
86 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000510204  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0513  50S ribosomal protein L31 type B  58.02 
 
 
86 aa  101  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000862456  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3049  ribosomal protein L31  58.02 
 
 
83 aa  100  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0096084  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3243  50S ribosomal protein L31 type B  58.02 
 
 
82 aa  99  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1878  50S ribosomal protein L31 type B  48.78 
 
 
85 aa  89.4  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793429 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0873  50S ribosomal protein L31 type B  50.63 
 
 
80 aa  88.2  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00543783  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11640  LSU ribosomal protein L31P  47.56 
 
 
85 aa  88.2  4e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0786  50S ribosomal protein L31 type B  50.63 
 
 
80 aa  87.8  4e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0489  50S ribosomal protein L31P  53.85 
 
 
80 aa  87.4  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2857  50S ribosomal protein L31 type B  48.24 
 
 
86 aa  87  8e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.14801  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2127  50S ribosomal protein L31 type B  46.34 
 
 
85 aa  86.7  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.029329  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1654  50S ribosomal protein L31P  57.75 
 
 
89 aa  86.3  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3254  50S ribosomal protein L31 type B  50.63 
 
 
80 aa  85.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2250  50S ribosomal protein L31 type B  50.63 
 
 
87 aa  84.3  5e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2291  50S ribosomal protein L31P  48.1 
 
 
80 aa  84  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000143826  normal  0.236339 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2751  50S ribosomal protein L31 type B  48.1 
 
 
84 aa  83.2  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.178212  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0947  50S ribosomal protein L31 type B  48.81 
 
 
87 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.589085  normal  0.576162 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1727  50S ribosomal protein L31 type B  48.1 
 
 
85 aa  82  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000829629  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2137  50S ribosomal protein L31P  48.75 
 
 
86 aa  81.3  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.171095  normal  0.975833 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1557  ribosomal protein L31  47.56 
 
 
82 aa  80.5  0.000000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0965465  decreased coverage  0.00916576 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2901  50S ribosomal protein L31 type B  43.68 
 
 
87 aa  80.5  0.000000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3289  ribosomal protein L31  46.34 
 
 
87 aa  80.1  0.000000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.399256  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2094  ribosomal protein L31  47.44 
 
 
81 aa  80.5  0.000000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00123067  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2194  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
84 aa  79.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0620281  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5458  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128579  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5423  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  9.27581e-63 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5180  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00675998  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5015  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.65969e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5031  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000768356  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5574  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000588465  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2156  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
84 aa  79.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.475244  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5509  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000143327  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3852  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000664047  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5454  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000123612  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5498  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000131175  unclonable  2.48072e-26 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0234  50S ribosomal protein L31 type B  43.59 
 
 
81 aa  78.2  0.00000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0913753  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4370  ribosomal protein L31  48.72 
 
 
85 aa  78.2  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.96955  normal  0.0154955 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1820  50S ribosomal protein L31 type B  46.43 
 
 
88 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0400323 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6358  ribosomal protein L31  46.67 
 
 
90 aa  78.2  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2367  50S ribosomal protein L31 type B  46.43 
 
 
88 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000177904  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5129  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  78.2  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000037521  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1703  50S ribosomal protein L31 type B  45.57 
 
 
81 aa  78.2  0.00000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000392946  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7574  ribosomal protein L31  49.37 
 
 
81 aa  78.2  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3270  ribosomal protein L31  45.57 
 
 
80 aa  77.8  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02360  50S ribosomal protein L31 type B  43.04 
 
 
80 aa  77.4  0.00000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1857  50S ribosomal protein L31 type B  44.05 
 
 
88 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.316845  normal  0.0801388 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6246  50S ribosomal protein L31 type B  44.05 
 
 
88 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235977  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1833  50S ribosomal protein L31 type B  44.05 
 
 
88 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.012708  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0536  50S ribosomal protein L31 type B  48.1 
 
 
86 aa  77  0.00000000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000345186  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0450  50S ribosomal protein L31 type B  42.05 
 
 
88 aa  76.6  0.00000000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000490006  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1440  50S ribosomal protein L31 type B  45.24 
 
 
87 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.219049  normal  0.0157009 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0787  50S ribosomal protein L31 type B  46.84 
 
 
80 aa  76.3  0.0000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1566  ribosomal protein L31  46.25 
 
 
82 aa  75.5  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.580363  normal  0.390967 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1182  50S ribosomal protein L31 type B  42.5 
 
 
87 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000836731  normal  0.323446 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1117  50S ribosomal protein L31 type B  45 
 
 
86 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0238519  normal  0.245393 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1025  50S ribosomal protein L31 type B  45 
 
 
86 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.010082  normal  0.336183 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0263  50S ribosomal protein L31 type B  44.3 
 
 
83 aa  75.5  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0758  hypothetical protein  42.31 
 
 
82 aa  75.1  0.0000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1744  50S ribosomal protein L31 type B  44.05 
 
 
87 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.372125  normal  0.163182 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5134  50S ribosomal protein L31 type B  43.68 
 
 
86 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.593671  normal  0.583963 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1771  50S ribosomal protein L31 type B  44.05 
 
 
87 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0637  50S ribosomal protein L31 type B  42.5 
 
 
115 aa  73.9  0.0000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2120  50S ribosomal protein L31 type B  45 
 
 
86 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125341  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2213  50S ribosomal protein L31 type B  44.05 
 
 
87 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.248946  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1539  50S ribosomal protein L31 type B  43.9 
 
 
83 aa  72.8  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1309  50S ribosomal protein L31 type B  41.25 
 
 
115 aa  72.8  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36470  LSU ribosomal protein L31P  46.34 
 
 
105 aa  72.8  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.608 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04220  LSU ribosomal protein L31P  44.3 
 
 
90 aa  72.4  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0233  50S ribosomal protein L31 type B  41.77 
 
 
81 aa  72  0.000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000024812  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0923  ribosomal protein L31  42.31 
 
 
85 aa  71.6  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.587387  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11228  50S ribosomal protein L31  41.57 
 
 
93 aa  71.6  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2380  50S ribosomal protein L31 type B  42.86 
 
 
87 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>