135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4115 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4115  lipoprotein SlyB, putative  100 
 
 
154 aa  298  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.404382  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3852  lipoprotein SlyB, putative  97.4 
 
 
154 aa  248  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1151  17 kDa surface antigen  88.31 
 
 
154 aa  244  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.965272  normal  0.0962172 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1167  17 kDa surface antigen  88.31 
 
 
154 aa  234  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1131  17 kDa surface antigen  88.31 
 
 
154 aa  233  7e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.40399  normal  0.0112028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4284  17 kDa surface antigen  88.31 
 
 
154 aa  233  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50740  hypothetical protein  83.77 
 
 
154 aa  231  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00688218 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4325  hypothetical protein  83.12 
 
 
154 aa  229  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1231  surface antigen protein  88.31 
 
 
154 aa  226  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302793  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19520  outer membrane lipoprotein  77.27 
 
 
154 aa  199  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.731601  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1440  17 kDa surface antigen  79.22 
 
 
153 aa  166  9e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.390363  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0470  17 kDa surface antigen  57.79 
 
 
150 aa  140  8e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000215158  normal  0.945637 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3449  17 kDa surface antigen  60.32 
 
 
157 aa  122  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.499306  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2792  putative outer membrane lipoprotein transmembrane  45.95 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00797712  normal  0.981386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0526  putative outer membrane lipoprotein, SlyB-like  47.1 
 
 
158 aa  107  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0527356  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3682  outer membrane lipoprotein  44.59 
 
 
157 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0863126  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3432  17 kDa surface antigen  45.16 
 
 
158 aa  104  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0751416  normal  0.0130273 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0116  17 kDa surface antigen  44.59 
 
 
157 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.72771  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0599  17 kDa surface antigen  44.59 
 
 
157 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.181181  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0568  17 kDa surface antigen  44.59 
 
 
157 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.533396  decreased coverage  0.000059328 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0501  17 kDa surface antigen  44.59 
 
 
157 aa  101  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.354763  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0525  17 kDa surface antigen  44.59 
 
 
157 aa  101  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2871  17 kDa surface antigen-like protein  44.3 
 
 
155 aa  99  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000441534  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2635  17 kDa surface antigen  43.79 
 
 
162 aa  94.4  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1898  outer membrane lipoprotein pcp  43.84 
 
 
155 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.470796  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1555  outer membrane lipoprotein pcp  43.84 
 
 
155 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.949838 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1729  outer membrane lipoprotein pcp  43.84 
 
 
155 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0331047  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1615  outer membrane lipoprotein pcp  43.84 
 
 
155 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.397211 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1542  outer membrane lipoprotein pcp  43.84 
 
 
155 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.318649  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2507  outer membrane lipoprotein  46.45 
 
 
157 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3507  outer membrane lipoprotein  46.45 
 
 
157 aa  88.2  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1157  outer membrane lipoprotein  46.45 
 
 
157 aa  88.2  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0428  outer membrane lipoprotein  46.45 
 
 
157 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1287  outer membrane lipoprotein  46.45 
 
 
157 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3471  outer membrane lipoprotein  46.45 
 
 
157 aa  88.2  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.31165  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3509  outer membrane lipoprotein  46.45 
 
 
157 aa  88.2  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3277  outer membrane lipoprotein  46.45 
 
 
157 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0208  surface antigen protein  49.35 
 
 
152 aa  87  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2785  17 kDa surface antigen  44.59 
 
 
157 aa  85.9  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245544  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01611  outer membrane lipoprotein  42.57 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1999  17 kDa surface antigen  42.57 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00005432  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1717  outer membrane lipoprotein SlyB  42.57 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.535204  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1851  outer membrane lipoprotein SlyB  42.57 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000135134  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2353  outer membrane lipoprotein SlyB  42.57 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00612536  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1988  17 kDa surface antigen  42.57 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.636223  hitchhiker  0.00129397 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01601  hypothetical protein  42.57 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1558  outer membrane lipoprotein SlyB  42.57 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1833  outer membrane lipoprotein SlyB  42.57 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.520508  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2627  17 kDa surface antigen  43.92 
 
 
155 aa  84  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.940371  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3037  17 kDa surface antigen  43.92 
 
 
155 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0037  17 kDa surface antigen  49.68 
 
 
156 aa  82.4  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1807  17 kDa surface antigen  41.45 
 
 
155 aa  82  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55882  hitchhiker  0.000926812 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2558  outer membrane lipoprotein Pcp  40.91 
 
 
155 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000494181  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1877  17 kDa surface antigen  40.91 
 
 
155 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000817006  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0170  outer membrane lipoprotein, putative  59.56 
 
 
154 aa  79.7  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0832777 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0915  17 kDa surface antigen  44.74 
 
 
156 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.852143  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1769  outer membrane lipoprotein Pcp  40.26 
 
 
155 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000141648  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2215  17 kDa surface antigen  41.03 
 
 
163 aa  78.6  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.443445  hitchhiker  0.000529238 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2665  17 kDa surface antigen  47.4 
 
 
155 aa  74.3  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000160562  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1838  17 kDa surface antigen  30.19 
 
 
164 aa  72  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000536943  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2381  17 kDa surface antigen  47.4 
 
 
155 aa  72.8  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00375113  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3070  17 kDa surface antigen  42.34 
 
 
155 aa  72  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.612829  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1690  17 kDa surface antigen  45.7 
 
 
155 aa  71.2  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26678  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003797  putative outer membrane lipoprotein Pcp  42.86 
 
 
159 aa  70.9  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1723  17 kDa surface antigen  44.08 
 
 
155 aa  69.3  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00134301  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1300  17 kDa surface antigen  40 
 
 
155 aa  65.9  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.843728  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0378  outer membrane lipoprotein PcP  43.92 
 
 
155 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1219  outer membrane lipoprotein PcP  43.92 
 
 
155 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2528  17 kDa surface antigen  30.82 
 
 
158 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000371225  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1310  17 kDa surface antigen  34.62 
 
 
159 aa  63.9  0.0000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.13567 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0445  17 kDa surface antigen  43.24 
 
 
155 aa  63.9  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0804  17 kDa surface antigen  40.74 
 
 
152 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4999  hypothetical protein  33.95 
 
 
168 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.232644 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2622  hypothetical protein  33.08 
 
 
156 aa  60.8  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1890  17 kDa surface antigen  31.11 
 
 
158 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.219648  hitchhiker  0.0000108744 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2468  17 kDa surface antigen  32.31 
 
 
156 aa  60.5  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000341658  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2695  17 kDa surface antigen  30.6 
 
 
160 aa  60.1  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000023242  normal  0.114925 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1150  Outer membrane lipoprotein-like  37.66 
 
 
303 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.527599  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1652  17 kDa surface antigen  32.31 
 
 
156 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000172178  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1727  17 kDa surface antigen  32.31 
 
 
156 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000263697  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1757  17 kDa surface antigen  32.31 
 
 
147 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000073012  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2052  hypothetical protein  29.01 
 
 
155 aa  58.2  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000276746  normal  0.361668 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3565  17 kDa surface antigen  32.39 
 
 
225 aa  57.4  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.221572 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2250  17 kDa surface antigen  33.59 
 
 
164 aa  56.6  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000454882  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2965  17 kDa surface antigen  40.65 
 
 
152 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.879461 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6233  putative outer membrane lipoprotein transmembrane  30.82 
 
 
157 aa  54.7  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0997303  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3223  17 kDa surface antigen  34.65 
 
 
272 aa  53.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.866673  normal  0.25243 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5234  17 kDa surface antigen  34.96 
 
 
215 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5625  17 kDa surface antigen  34.96 
 
 
215 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220709  normal  0.0159802 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4605  17 kDa surface antigen  34.68 
 
 
216 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109506  hitchhiker  0.000338876 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0228  hypothetical protein  37.04 
 
 
218 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.557986  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0957  SlyB protein  37.04 
 
 
218 aa  51.2  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1411  surface antigen family protein  37.04 
 
 
218 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.895937  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1607  surface antigen family protein  37.04 
 
 
218 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.962323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2531  surface antigen family protein  37.04 
 
 
218 aa  51.2  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0265  surface antigen family protein  37.04 
 
 
218 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2673  surface antigen family protein  37.04 
 
 
218 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.110868  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0066  outer membrane lipoprotein  34.68 
 
 
216 aa  50.8  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.647379  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0511  hypothetical protein  37.74 
 
 
208 aa  48.9  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1003  17 kDa surface antigen  37.61 
 
 
165 aa  48.9  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>