More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3847 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  100 
 
 
214 aa  424  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.410653  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1633  MotA/TolQ/ExbB proton channel  95.33 
 
 
238 aa  384  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0433342  normal  0.463741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4177  MotA/TolQ/ExbB proton channel  78.39 
 
 
211 aa  300  8.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0667192  normal  0.294706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  74.62 
 
 
211 aa  298  4e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  74.62 
 
 
211 aa  298  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1898  MotA/TolQ/ExbB proton channel  75.38 
 
 
224 aa  294  6e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000558815 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1509  MotA/TolQ/ExbB proton channel  75.38 
 
 
211 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75134  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1474  MotA/TolQ/ExbB proton channel  75.38 
 
 
224 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3816  MotA/TolQ/ExbB proton channel  74.87 
 
 
224 aa  291  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.114421  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1612  MotA/TolQ/ExbB proton channel  76.88 
 
 
210 aa  287  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.19801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14740  MotA/TolQ/ExbB proton channel  76.41 
 
 
200 aa  281  5.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0542744  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  61.54 
 
 
208 aa  244  6e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  60 
 
 
209 aa  241  7.999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.19 
 
 
253 aa  218  6e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  54.69 
 
 
214 aa  212  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.12 
 
 
206 aa  211  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  57.67 
 
 
201 aa  209  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  48.95 
 
 
204 aa  205  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.08 
 
 
208 aa  202  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.06 
 
 
210 aa  196  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1029  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.11 
 
 
203 aa  190  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000146441  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.22 
 
 
218 aa  186  3e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3217  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.32 
 
 
202 aa  180  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.581955  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1731  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.42 
 
 
207 aa  174  6e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2092  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.83 
 
 
204 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0117508  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3210  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.21 
 
 
201 aa  170  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000028591  normal  0.177382 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0537  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.15 
 
 
206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000013307  unclonable  0.0000000588107 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0387  biopolymer transport protein  44.44 
 
 
220 aa  159  3e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0351  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.44 
 
 
220 aa  159  3e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.51 
 
 
231 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225479  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1396  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.97 
 
 
220 aa  150  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.739677  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2553  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.95 
 
 
192 aa  149  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00158299 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2528  biopolymer transport EXBB-like transmembrane protein  43.52 
 
 
206 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0033963  normal  0.0481325 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00590  biopolymer transport protein  42.86 
 
 
220 aa  145  5e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421222  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2399  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.49 
 
 
206 aa  144  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0433367  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.69 
 
 
210 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0594941  decreased coverage  0.0034613 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2483  putative biopolymer transport exbB-like transmembrane protein  42.86 
 
 
213 aa  141  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0658113  normal  0.425168 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2805  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.97 
 
 
206 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00166663  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  42.6 
 
 
206 aa  137  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.6 
 
 
206 aa  137  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2643  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.44 
 
 
210 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3153  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.32 
 
 
221 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1556  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.23 
 
 
212 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.25632  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2303  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.23 
 
 
212 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.466313  normal  0.0952346 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4891  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.45 
 
 
216 aa  129  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1925  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.85 
 
 
207 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2566  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.02 
 
 
208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11709  decreased coverage  0.00204386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2947  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.36 
 
 
212 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1505  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  42.25 
 
 
206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130364  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1521  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.26 
 
 
238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.565129  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1060  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.4 
 
 
244 aa  108  7.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.962837 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1318  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.4 
 
 
214 aa  107  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1464  hypothetical protein  34.57 
 
 
229 aa  105  5e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4648  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.42 
 
 
218 aa  103  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  44.96 
 
 
470 aa  101  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0746  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
339 aa  101  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  38.2 
 
 
474 aa  100  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0561  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.95 
 
 
199 aa  100  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.305166 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2391  biopolymer transport protein  36.07 
 
 
234 aa  97.8  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.91 
 
 
576 aa  96.3  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.93 
 
 
216 aa  92.8  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0286  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.07 
 
 
212 aa  91.3  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3563  ATPase  29.84 
 
 
220 aa  89.7  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.363023  normal  0.586206 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1976  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.71 
 
 
234 aa  89.4  4e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.254375  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06640  putative biopolymer transport protein  29.44 
 
 
228 aa  89  5e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.304214  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4455  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.44 
 
 
226 aa  88.6  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1721  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.27 
 
 
241 aa  87.4  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0001524  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0149  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.16 
 
 
251 aa  87  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000197157  hitchhiker  0.00713803 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1438  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.4 
 
 
232 aa  87  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.5 
 
 
478 aa  86.3  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0242  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.83 
 
 
218 aa  85.5  5e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.246943  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4310  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.44 
 
 
224 aa  85.5  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.43 
 
 
252 aa  85.1  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.225424  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.43 
 
 
252 aa  85.1  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4446  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.44 
 
 
224 aa  85.5  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4465  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.44 
 
 
224 aa  85.5  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.163965  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6028  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.71 
 
 
227 aa  85.1  7e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.735155  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3131  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.72 
 
 
274 aa  85.1  7e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  37.04 
 
 
453 aa  84.7  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0262  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.88 
 
 
243 aa  84.7  9e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0861801  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  39.19 
 
 
455 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.84 
 
 
217 aa  84  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2890  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.22 
 
 
257 aa  83.6  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000981257 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0268  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.95 
 
 
252 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1238  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.63 
 
 
263 aa  83.2  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.426551  normal  0.407525 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  38.26 
 
 
455 aa  84  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  37.9 
 
 
453 aa  83.2  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0916  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.26 
 
 
200 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.931657  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1169  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.05 
 
 
236 aa  83.2  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.435369  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.39 
 
 
449 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.15 
 
 
457 aa  82.4  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1228  putative adventurous gliding motility protein R  31.46 
 
 
217 aa  82.4  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258731  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.53 
 
 
255 aa  82  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.58 
 
 
233 aa  82  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0525667  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.64 
 
 
469 aa  81.6  0.000000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0536  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.77 
 
 
209 aa  80.9  0.00000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0443  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.89 
 
 
209 aa  81.3  0.00000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.475045  hitchhiker  0.0000283851 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  38.46 
 
 
453 aa  80.9  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  33.85 
 
 
457 aa  80.1  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  40 
 
 
465 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>