More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1075 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1075  O-antigen ABC transporter, ATP-binding protein, putative  100 
 
 		 454 aa  934    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.164394  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3925  ABC transporter related  78.75 
 
 		 449 aa  750    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.466767 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2398  ABC transporter related  57.56 
 
 		 488 aa  546  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.113996  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4136  ABC transporter related  44.59 
 
 		 468 aa  353  4e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000582944 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3694  ABC transporter related  43.57 
 
 		 429 aa  342  1e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3643  ABC transporter related  43.65 
 
 		 443 aa  337  2.9999999999999997e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000162695  decreased coverage  0.0000834131 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0319  ABC transporter related  42.41 
 
 		 455 aa  337  2.9999999999999997e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.746089  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2170  putative ABC transporter  42.18 
 
 		 431 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1244  ATPase  44.22 
 
 		 432 aa  333  3e-90  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000485389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4089  ABC transporter related  44.22 
 
 		 870 aa  333  3e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.591422  normal  0.870036 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4003  ABC transporter related  48.37 
 
 		 457 aa  329  7e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.584674  normal  0.718876 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2313  ABC transporter related  43.77 
 
 		 450 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0239499 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3798  ABC O-antigen/lipopolysaccharide exporter, ATPase subunit  42.15 
 
 		 448 aa  325  9e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3460  ABC transporter ATP-binding protein  40.09 
 
 		 440 aa  323  4e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100585  normal  0.102308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4048  ABC transporter-like  45.78 
 
 		 438 aa  319  6e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.192199  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3159  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  40.79 
 
 		 469 aa  317  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0928  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  40.79 
 
 		 471 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1474  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  40.57 
 
 		 469 aa  316  6e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.509315  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1847  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  40.49 
 
 		 465 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0556444  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1985  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  40.49 
 
 		 465 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0805636  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2758  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  40.49 
 
 		 465 aa  310  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00103163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3136  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  40.58 
 
 		 465 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.28076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3099  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  40.58 
 
 		 465 aa  310  4e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.56935  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15970  ABC transporter, ATP binding component  42.06 
 
 		 447 aa  305  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4318  ABC transporter related  41.53 
 
 		 456 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.976448 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0717  ABC transporter related  41.59 
 
 		 464 aa  302  9e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3976  ABC polysaccharide/polyol phosphate export pump, ATPase subunit  56 
 
 		 435 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0028  ABC transporter related  39.28 
 
 		 472 aa  299  8e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1362  ABC transporter related  38.26 
 
 		 472 aa  297  3e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0452028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0886  ABC transporter related  40.94 
 
 		 493 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0651  ABC polysaccharide efflux pump, ATPase subunit  36.83 
 
 		 472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601465  normal  0.274396 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3813  ABC transporter related  38.46 
 
 		 711 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.396147  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0545  ABC transporter related  53.97 
 
 		 816 aa  283  6.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.4863 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03166  ABC transporter, ATP binding protein  40.09 
 
 		 437 aa  280  5e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3032  ABC transporter related  38.73 
 
 		 478 aa  278  1e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1228  ABC transporter, ATPase subunit  38.35 
 
 		 416 aa  273  6e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2515  ABC transporter related  44.03 
 
 		 424 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.780644 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3117  ABC transporter related  41.13 
 
 		 436 aa  268  1e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0918  ABC transporter  36.61 
 
 		 405 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.441705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0267  ABC transporter, ATP-binding protein  50 
 
 		 393 aa  258  2e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0258  teichoic acid ABC transporter, ATP-binding protein  50 
 
 		 393 aa  258  2e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.591721  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0371  putative ABC-2 type transport system ATP-binding protein  35.73 
 
 		 410 aa  256  5e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6240  ABC subunit of A-band LPS efflux transporter  36.91 
 
 		 421 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71940  ABC subunit of A-band LPS efflux transporter  36.66 
 
 		 421 aa  252  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2372  ABC transporter related protein  40.49 
 
 		 411 aa  250  4e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041258 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0564  ABC transporter related  36.21 
 
 		 406 aa  248  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2200  ABC transporter related  51.61 
 
 		 498 aa  248  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.206971  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1675  ABC transporter related  46.64 
 
 		 420 aa  248  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4204  ABC transporter related  37.06 
 
 		 424 aa  247  3e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.257703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1779  lipopolysaccharide ABC export system, ATP-binding protein  33.87 
 
 		 405 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0028065 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0255  teichoic acid translocation ATP-binding protein  44.37 
 
 		 390 aa  243  5e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5685  ABC transporter-like  32.96 
 
 		 416 aa  243  6e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0795174  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1387  ABC transporter related  39.65 
 
 		 402 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0264  ABC transporter, ATP-binding protein  49.19 
 
 		 390 aa  242  7.999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0767  ABC transporter related  33.89 
 
 		 406 aa  242  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.281524  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0625  carbohydrate ABC transporter, ATP-binding protein, putative  44.96 
 
 		 417 aa  242  1e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1406  ABC transporter related  47.13 
 
 		 254 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.383526  normal  0.305676 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2409  ABC transporter related protein  44.31 
 
 		 415 aa  241  2e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4590  ABC transporter related  35.2 
 
 		 416 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0858  ABC transporter related  34.19 
 
 		 407 aa  240  5e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.166623  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1505  ABC transporter, ATP-binding protein  47.06 
 
 		 422 aa  240  5e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334414  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1557  ABC transporter related  50.45 
 
 		 422 aa  239  9e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5476  ABC transporter related protein  35.63 
 
 		 413 aa  239  9e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2549  efflux ABC transporter, ATP-binding protein, putative  48.57 
 
 		 415 aa  239  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.935109  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2802  ABC transporter related protein  48.25 
 
 		 439 aa  238  2e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3133  ABC transporter related  33.57 
 
 		 423 aa  238  2e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3931  ABC transporter related  43.51 
 
 		 446 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.28105 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4940  ABC transporter related  45.39 
 
 		 429 aa  237  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.18828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1647  ABC transporter related  47.84 
 
 		 422 aa  236  7e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2770  ABC transporter related  45.67 
 
 		 418 aa  235  2.0000000000000002e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.906203 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3964  ABC transporter related  37.06 
 
 		 416 aa  234  2.0000000000000002e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2772  ABC transporter related  47.39 
 
 		 419 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.357847  normal  0.420365 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0053  ABC transporter related  46.09 
 
 		 244 aa  235  2.0000000000000002e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0594  ABC transporter related  46.92 
 
 		 260 aa  234  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2702  ABC transporter related  49.78 
 
 		 427 aa  234  3e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0066609 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1760  ABC transporter related  46.15 
 
 		 415 aa  234  3e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.959569 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1033  ABC transporter related  45.63 
 
 		 427 aa  234  3e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0494  ABC transporter  31.72 
 
 		 394 aa  234  3e-60  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.491328  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4203  ABC transporter related  44.79 
 
 		 429 aa  233  5e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0407  ABC transporter related  45.38 
 
 		 439 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.565594 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2571  ABC transporter related protein  41.18 
 
 		 419 aa  232  9e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00120547  normal  0.533864 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2895  ATPase  51.72 
 
 		 369 aa  232  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2358  ABC transporter related  47.68 
 
 		 421 aa  231  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3246  ABC transporter related  44.61 
 
 		 435 aa  230  3e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.224686  normal  0.539755 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1747  ABC transporter related  45.75 
 
 		 400 aa  230  5e-59  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2759  ABC transporter related  52.97 
 
 		 428 aa  229  7e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.237153  hitchhiker  0.00117132 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0939  ABC transporter related  45.88 
 
 		 254 aa  229  9e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00388911 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4465  ABC transporter related  44.76 
 
 		 649 aa  229  9e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5771  ABC transporter related  42.55 
 
 		 429 aa  228  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5891  ABC transporter related  42.05 
 
 		 418 aa  228  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.559875 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2267  O-antigen export system ATP-binding protein RfbB  43.44 
 
 		 246 aa  228  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2174  ABC transporter related  41.85 
 
 		 420 aa  227  3e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.108509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3088  ABC transporter related  44.77 
 
 		 428 aa  227  3e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.204093  normal  0.388179 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2026  ABC transporter related  51.23 
 
 		 420 aa  228  3e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.476742  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4904  ABC transporter-like protein protein  43.43 
 
 		 418 aa  227  3e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1731  ABC transporter-related protein  34.51 
 
 		 410 aa  227  4e-58  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0673  ABC transporter related  33.26 
 
 		 412 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00619068  hitchhiker  0.000755206 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1725  ABC transporter related  44.75 
 
 		 420 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.047923 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0851  ATPase  41.13 
 
 		 433 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3355  ABC transporter related  36.93 
 
 		 429 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>