More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTOA0071 on replicon NC_004633
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004633  PSPTOA0071  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 142 aa  291  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0077  GntR family transcriptional regulator  80.28 
 
 		 142 aa  233  7e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.672026  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 232 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 229 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 236 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 257 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  51.39 
 
 		 257 aa  67  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  57.14 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  57.14 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 230 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 232 aa  63.5  0.0000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 260 aa  62  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  48.15 
 
 		 229 aa  61.2  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  48.15 
 
 		 229 aa  60.8  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 226 aa  60.8  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  54.72 
 
 		 233 aa  60.8  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2967  GntR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  33.04 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  50 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 248 aa  58.2  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  43.28 
 
 		 232 aa  58.2  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 222 aa  57.8  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 231 aa  57.8  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4803  transcriptional regulator, GntR family  48.39 
 
 		 225 aa  57.4  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 223 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 213 aa  57.4  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2945  transcriptional regulator, GntR family  44.93 
 
 		 233 aa  57.4  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000364354  hitchhiker  0.000119928 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  37.72 
 
 		 219 aa  57.4  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 229 aa  57  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  53.85 
 
 		 239 aa  57  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 220 aa  57  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 224 aa  57  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 229 aa  57  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 224 aa  57  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 230 aa  57  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  50 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  40.51 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  36.56 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1565  GntR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.440624 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  49.06 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 260 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 245 aa  55.5  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 247 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 222 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  41.79 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  53.85 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  33.73 
 
 		 228 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  53.85 
 
 		 228 aa  54.7  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 231 aa  54.3  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 217 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  42.59 
 
 		 226 aa  54.3  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 267 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  38.57 
 
 		 219 aa  54.3  0.0000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 222 aa  54.3  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 233 aa  54.3  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  45.9 
 
 		 226 aa  53.9  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  51.72 
 
 		 224 aa  54.3  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 206 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 222 aa  54.3  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 226 aa  54.3  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  36.56 
 
 		 219 aa  54.3  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3656  putative GntR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 209 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3550  putative GntR-family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 209 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.829972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3621  putative GntR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 209 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.355756  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3718  putative GntR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 209 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.510184  normal  0.423567 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 226 aa  53.9  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6280  transcriptional regulator GntR family  33.94 
 
 		 236 aa  53.9  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  45.59 
 
 		 222 aa  53.5  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 243 aa  53.9  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 235 aa  53.9  0.0000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 243 aa  53.9  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 227 aa  53.5  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 223 aa  53.9  0.0000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  33.73 
 
 		 228 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  42.68 
 
 		 229 aa  53.5  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>