12 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTOA0018 on replicon NC_004633
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004633  PSPTOA0018  type III effector HopO1-1  100 
 
 		 283 aa  591  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0402217  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4594  type III effector HopO1-2  82.54 
 
 		 298 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.976788  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4592  type III effector HopO1-3  60.19 
 
 		 168 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00199473  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3706  hypothetical protein  28.86 
 
 		 623 aa  63.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3017  PAAR repeat-containing protein  25.65 
 
 		 444 aa  55.8  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.501568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4595  hypothetical protein  44.23 
 
 		 129 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.139701  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2762  hypothetical protein  35.42 
 
 		 495 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.517827  normal  0.443449 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0501  type III effector HopU1  23.74 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02164  hypothetical protein  25.95 
 
 		 396 aa  47.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1074  hypothetical protein  24.14 
 
 		 491 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0272  hypothetical protein  25.52 
 
 		 537 aa  45.8  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02068  hypothetical protein  25.34 
 
 		 259 aa  45.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>