179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_t05 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_t05  tRNA-Tyr  100 
 
 		 81 bp  161  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000929423  unclonable  0.000000191468 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0017  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  161  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0316061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0086  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  161  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000985673  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0014  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  161  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000673515  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0008  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 84 bp  79.8  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323474  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0010  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 84 bp  79.8  0.00000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  86.42 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0010  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.112796 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0013  tRNA-Tyr  93.62 
 
 		 84 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000444451  normal  0.406861 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0014  tRNA-Tyr  93.62 
 
 		 84 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.673141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  86.59 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t23  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.676233  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4565  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795414  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0034  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1215  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0016  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0163881 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0007  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.737709 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0058  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0056  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.467889  normal  0.980265 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0054  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0051  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000166133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0060  tRNA-Tyr  87.84 
 
 		 83 bp  60  0.00000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  85.37 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0016  tRNA-Tyr  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.291032 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0036  tRNA-Tyr  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.391408 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0017  tRNA-Tyr  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.411262  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  85.37 
 
 		 88 bp  60  0.00000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  85.37 
 
 		 82 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  85.37 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  85.37 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14005  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 84 bp  60  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.844659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  85.37 
 
 		 87 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0078  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.354946  normal  0.251639 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0077  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.359872  normal  0.250777 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0011  tRNA-Tyr  83.95 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>