More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4924 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4924  serine protease  100 
 
 
1805 aa  3617    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3695  proprotein convertase P  33.37 
 
 
2911 aa  384  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.523637 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3847  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  31.62 
 
 
862 aa  256  3e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0267301  normal  0.766221 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46350  serine peptidase  33.59 
 
 
659 aa  252  5e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.614048  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03583  Kexin like processing proteasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q874F7]  29.2 
 
 
819 aa  141  1e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3045  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.37 
 
 
703 aa  126  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.267521  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_14973  predicted protein  27.15 
 
 
871 aa  124  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.251561  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01120  Kex protein, putative  25.28 
 
 
917 aa  111  1e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0397465  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4242  hemolysin-type calcium-binding protein  27.76 
 
 
1544 aa  108  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1610  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.66 
 
 
707 aa  105  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1678  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.08 
 
 
705 aa  105  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00661  hypothetical protein  27.55 
 
 
1083 aa  104  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.464249 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2217  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.6 
 
 
705 aa  103  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1754  large exoprotein involved in heme utilization or adhesion  44.93 
 
 
1809 aa  102  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0481615 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1250  hypothetical protein  36.36 
 
 
541 aa  102  5e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2968  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25.79 
 
 
704 aa  102  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.877299  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3789  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.86 
 
 
588 aa  102  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.553704  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1000  Hemolysin-type calcium-binding region  36.36 
 
 
844 aa  102  9e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.862975  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4754  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  31.98 
 
 
3427 aa  100  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1685  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.4 
 
 
705 aa  101  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  26.68 
 
 
3209 aa  99  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0986  Hemolysin-type calcium binding domain protein  36.93 
 
 
4798 aa  98.6  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6773  hemolysin-type calcium binding domain-containing protein  38.04 
 
 
1925 aa  97.1  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395302  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4466  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.53 
 
 
631 aa  95.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0991  hypothetical protein  34.66 
 
 
679 aa  94.7  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0050  hemolysin-type calcium-binding region  26.46 
 
 
2296 aa  93.2  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.133604 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06446  hypothetical protein  35 
 
 
959 aa  91.7  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  31.05 
 
 
1534 aa  90.5  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06448  hemolysin A  40.58 
 
 
1112 aa  88.6  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0994  hypothetical protein  32.98 
 
 
585 aa  88.6  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0997  hypothetical protein  32.98 
 
 
582 aa  88.2  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001597  putative extracellular serine protease  25.68 
 
 
592 aa  87  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0874118  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0327  hemolysin-type calcium binding protein  37.2 
 
 
1814 aa  84  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0391395  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1648  hemolysin-type calcium binding protein  36.42 
 
 
940 aa  83.6  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1512  hemolysin-type calcium binding domain-containing protein  37.2 
 
 
2107 aa  83.6  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.821841  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0373  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  28.84 
 
 
479 aa  83.6  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.443347 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1905  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.06 
 
 
1963 aa  82.8  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.849124 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  31.97 
 
 
2667 aa  82.4  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2591  cadherin  29.21 
 
 
2145 aa  82  0.00000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.213456 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5002  hemolysin-type calcium-binding region  29.11 
 
 
1532 aa  81.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763111  normal  0.53255 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  35.82 
 
 
950 aa  81.6  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3216  hypothetical protein  34.67 
 
 
595 aa  82  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00990527  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0249  putative calcium binding hemolysin protein  38.41 
 
 
1499 aa  80.5  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.74922  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1592  hemolysin-type calcium binding domain-containing protein  35.8 
 
 
1789 aa  81.3  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  32.68 
 
 
2954 aa  81.3  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3871  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  29.47 
 
 
1164 aa  80.1  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.318671  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0514  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  33.33 
 
 
1279 aa  79.7  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1884  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  28.9 
 
 
588 aa  79.7  0.0000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0760067  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0104  putative hemolysin-type calcium-binding protein  34.57 
 
 
960 aa  79.3  0.0000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2027  aerolysin  26.51 
 
 
399 aa  79.3  0.0000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2550  putative outer membrane adhesin like protein  34.38 
 
 
3598 aa  78.2  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4102  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.58 
 
 
646 aa  78.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.246313 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3989  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.58 
 
 
646 aa  78.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05576  serine proteinase  24.58 
 
 
592 aa  77.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2140  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  23.38 
 
 
703 aa  77.8  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4716  hypothetical protein  38.66 
 
 
337 aa  77.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0787  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.44 
 
 
612 aa  78.2  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2298  hemolysin-type calcium binding protein  37.65 
 
 
1480 aa  77.8  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.880239  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3509  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  35.95 
 
 
202 aa  77.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3154  hemolysin-type calcium-binding region  35.95 
 
 
202 aa  77.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0996816 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1349  hemolysin-type calcium-binding region  43.2 
 
 
744 aa  77.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.156878  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1194  type I secretion target GGXGXDXXX repeat-containing protein  33.11 
 
 
928 aa  77.4  0.000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  34.74 
 
 
946 aa  76.6  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  33.67 
 
 
9867 aa  75.9  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4644  Allergen V5/Tpx-1 related  32.61 
 
 
833 aa  75.5  0.000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.738369  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4488  proprotein convertase P  24.26 
 
 
592 aa  75.1  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0805  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.66 
 
 
1236 aa  75.5  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2204  peptidase M23  36.02 
 
 
999 aa  74.7  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2634  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  29.46 
 
 
710 aa  74.3  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0507  serine protease  28.25 
 
 
606 aa  74.7  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.233077 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1662  hemolysin-type calcium-binding region  29.95 
 
 
260 aa  73.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  31.2 
 
 
1712 aa  73.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5278  peptidase domain-containing protein  31.66 
 
 
1112 aa  74.3  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2577  hemolysin-type calcium-binding region  32.16 
 
 
1383 aa  73.9  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0100249  normal  0.0162919 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2034  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  30.47 
 
 
1363 aa  73.9  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  0.277467 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  29.66 
 
 
2807 aa  73.6  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1367  hemolysin-type calcium-binding protein  30.17 
 
 
757 aa  73.6  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  30.13 
 
 
3954 aa  73.2  0.00000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1981  hemolysin-type calcium-binding region  33.83 
 
 
734 aa  73.2  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0591  FG-GAP  32.24 
 
 
813 aa  72.8  0.00000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.41506  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2196  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.81 
 
 
601 aa  72.8  0.00000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.327991 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1696  metallophosphoesterase  32.63 
 
 
2105 aa  72.4  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1186  type I secretion target GGXGXDXXX repeat-containing protein  29.24 
 
 
618 aa  71.6  0.0000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1888  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.78 
 
 
626 aa  72  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.67203  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  33.33 
 
 
4334 aa  72  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  30.36 
 
 
2775 aa  71.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  30.89 
 
 
1019 aa  70.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4009  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  26.91 
 
 
662 aa  71.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.594531 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0406  alkaline phosphatase  32.06 
 
 
2182 aa  71.2  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04561  extracellular protease  29.06 
 
 
560 aa  71.2  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.550722  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2593  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  28.05 
 
 
1197 aa  70.9  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0238559  normal  0.0624657 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4192  hemolysin-type calcium-binding region  28.36 
 
 
1287 aa  70.9  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1191  ApxIVA Var3  34.53 
 
 
428 aa  70.1  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.171556  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4226  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.88 
 
 
1454 aa  69.7  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.542738  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4582  Hemolysin-type calcium-binding region  32.99 
 
 
639 aa  69.7  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.518219 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1896  hypothetical protein  34.17 
 
 
574 aa  69.7  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1664  hemolysin-type calcium-binding region  33.33 
 
 
741 aa  69.7  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.273862  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1416  hypothetical protein  30.68 
 
 
1424 aa  69.7  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259976  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3374  hemolysin-type calcium-binding region  29.95 
 
 
491 aa  69.7  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.337821 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4004  hemolysin-type calcium-binding region  31.07 
 
 
424 aa  69.3  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>