269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4900 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4900  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  100 
 
 
354 aa  730    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.705042  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4776  putative iron-sulfur cluster binding protein  99.15 
 
 
354 aa  725    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.274975  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4952  iron-sulfur cluster binding protein  97.18 
 
 
354 aa  713    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.279227  normal  0.302526 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4691  iron-sulfur cluster binding protein  91.48 
 
 
354 aa  668    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0629  putative iron-sulfur cluster binding protein  81.2 
 
 
357 aa  598  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.619472 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0566  4Fe-4S cluster binding  80.52 
 
 
362 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0517  4Fe-4S cluster binding  79.83 
 
 
359 aa  597  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.246101  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4948  iron-sulfur cluster-binding protein  80.92 
 
 
362 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65400  putative iron-sulfur cluster-binding protein  79.37 
 
 
361 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5679  iron-sulfur cluster binding protein  79.66 
 
 
361 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07480  iron-sulfur cluster binding protein  76.42 
 
 
354 aa  568  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2775  putative iron-sulfur cluster binding protein  63.87 
 
 
362 aa  483  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.886764  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1271  4Fe-4S cluster binding  61.6 
 
 
374 aa  456  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0672  putative iron-sulfur cluster binding protein  63.79 
 
 
355 aa  454  1.0000000000000001e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.75883  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3244  putative iron-sulfur cluster binding protein  56.94 
 
 
386 aa  449  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1302  iron-sulfur cluster binding protein, putative  61.6 
 
 
373 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1317  putative iron-sulfur cluster binding protein  58.12 
 
 
357 aa  443  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.468365  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0340  4Fe-4S cluster binding protein  61.27 
 
 
368 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.246127  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3972  putative iron-sulfur cluster binding protein  56.61 
 
 
397 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0891  4Fe-4S cluster binding protein  61.7 
 
 
363 aa  432  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0619732  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00099  iron-sulfur cluster-binding protein  56.81 
 
 
375 aa  428  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002253  iron-sulfur cluster-binding protein  57.68 
 
 
375 aa  430  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000253209  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00414  iron-sulfur cluster binding protein, putative  58.41 
 
 
355 aa  426  1e-118  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.210433  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1379  4Fe-4S cluster binding  55.4 
 
 
355 aa  424  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00643  putative 4Fe-4S binding protein  56.73 
 
 
380 aa  423  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4624  putative iron-sulfur cluster binding protein  56.81 
 
 
384 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000999766  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4753  putative iron-sulfur cluster binding protein  56.81 
 
 
384 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00412785  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3728  iron-sulfur cluster binding protein  57.6 
 
 
379 aa  421  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4634  putative iron-sulfur cluster binding protein  56.81 
 
 
384 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000341327  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3925  iron-sulfur cluster binding protein  56.61 
 
 
379 aa  419  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00310532  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04033  predicted Fe-S electron transport protein  56.23 
 
 
379 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000233876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3827  iron-sulfur cluster binding protein  56.23 
 
 
379 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000294328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0319  iron-sulfur cluster-binding protein  52.53 
 
 
398 aa  417  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.251377  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03995  hypothetical protein  56.23 
 
 
379 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000106432  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4774  putative iron-sulfur cluster binding protein  56.81 
 
 
384 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0366705  normal  0.043554 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1520  4Fe-4S ferredoxin protein  58.05 
 
 
438 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0107493  normal  0.24299 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4723  iron-sulfur cluster binding protein  56.23 
 
 
379 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000626886  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2758  iron-sulfur cluster binding protein  57.31 
 
 
356 aa  415  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.620502  normal  0.744246 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4409  iron-sulfur cluster binding protein  56.23 
 
 
379 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  7.448649999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4717  putative iron-sulfur cluster binding protein  56.81 
 
 
384 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000105537  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4697  iron-sulfur cluster binding protein  56.23 
 
 
379 aa  414  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000309577  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0425  putative iron-sulfur cluster binding protein  56.52 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000030316  hitchhiker  0.000000852685 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3847  iron-sulfur cluster binding protein  56.23 
 
 
379 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000133072  hitchhiker  0.00000262117 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2753  iron-sulfur cluster-binding protein  55.26 
 
 
369 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000006724  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5682  iron-sulfur cluster binding protein  55.94 
 
 
379 aa  411  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000046188  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4637  iron-sulfur cluster binding protein  56.23 
 
 
379 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000171021  normal  0.0426509 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0349  putative iron-sulfur cluster binding protein  56.81 
 
 
379 aa  409  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000159146  unclonable  0.00000283659 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0486  iron-sulfur cluster binding protein  56.32 
 
 
379 aa  410  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000360257  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0529  iron-sulfur cluster binding protein  55.94 
 
 
379 aa  411  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.465139  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2673  tRNA pseudouridine synthase B  54.73 
 
 
369 aa  411  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0567  putative iron-sulfur cluster binding protein  59.48 
 
 
351 aa  410  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000095746 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2530  4Fe-4S cluster binding  55.43 
 
 
385 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0985  putative iron-sulfur cluster binding protein  55.22 
 
 
361 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.188512  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0490  iron-sulfur cluster binding protein  60.47 
 
 
380 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3461  iron-sulfur cluster binding protein  56.45 
 
 
362 aa  403  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.265251  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0900  iron-sulfur cluster binding protein  57.18 
 
 
360 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3639  putative iron-sulfur cluster binding protein  55.75 
 
 
400 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.894476  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0669  putative iron-sulfur cluster binding protein  53.95 
 
 
395 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3571  iron-sulfur cluster binding protein  55.75 
 
 
400 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2782  putative ferredoxin, 4Fe-4S binding protein  52.59 
 
 
372 aa  399  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3193  putative iron-sulfur cluster binding protein  55.24 
 
 
393 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.190045  hitchhiker  0.0000321766 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0771  putative iron-sulfur cluster binding protein  53.95 
 
 
391 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.885868  normal  0.0280629 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3762  putative iron-sulfur cluster binding protein  55.46 
 
 
400 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3861  iron-sulfur cluster-binding protein  54.39 
 
 
393 aa  395  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1785  iron-sulfur cluster binding protein  58.28 
 
 
366 aa  395  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.280211  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0524  4Fe-4S cluster binding protein  54.92 
 
 
377 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.257966  hitchhiker  0.00311756 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2979  putative iron-sulfur cluster binding protein  54.7 
 
 
387 aa  395  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0745  putative iron-sulfur cluster binding protein  53.48 
 
 
393 aa  395  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0556677 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0782  putative iron-sulfur cluster binding protein  54.89 
 
 
400 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00189399  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0705  iron-sulfur cluster-binding protein  50.53 
 
 
411 aa  394  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00169799  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2480  iron-sulfur cluster binding protein  51.98 
 
 
411 aa  391  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198365  normal  0.0353934 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0733  4Fe-4S cluster binding  54.55 
 
 
415 aa  391  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2817  iron-sulfur cluster binding protein  54.08 
 
 
385 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.309396  normal  0.804371 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2991  iron-sulfur cluster binding protein  52.94 
 
 
398 aa  391  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0787505 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2561  putative iron-sulfur cluster binding protein  52.24 
 
 
382 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3660  iron-sulfur cluster-binding protein  50.53 
 
 
411 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000246681  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2502  putative iron-sulfur cluster binding protein  52.79 
 
 
409 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.884061  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0367  iron-sulfur cluster binding protein, putative  52.79 
 
 
409 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0582  4Fe-4S cluster binding  54.25 
 
 
393 aa  391  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1066  iron-sulfur cluster-binding protein  52.79 
 
 
409 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.457692  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5893  4Fe-4S cluster binding protein  51.45 
 
 
382 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.551773 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0116  putative iron-sulfur cluster binding protein  52.79 
 
 
409 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3194  putative iron-sulfur cluster binding protein  52.38 
 
 
407 aa  388  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0909  putative iron-sulfur cluster-binding protein  52.79 
 
 
409 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2585  iron-sulfur cluster binding protein  51.98 
 
 
382 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384358  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0912  putative iron-sulfur cluster-binding protein  52.79 
 
 
409 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.835017  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3301  4Fe-4S cluster binding  53.56 
 
 
372 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194025  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1950  4Fe-4S cluster binding  52.69 
 
 
411 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.926521  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2625  iron-sulfur cluster-binding protein  53.48 
 
 
385 aa  388  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.913512 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0667  putative iron-sulfur cluster binding protein  52.79 
 
 
409 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3526  putative iron-sulfur cluster binding protein  53.24 
 
 
398 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0724  iron-sulfur cluster binding protein, putative  51.99 
 
 
409 aa  385  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602669  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3197  4Fe-4S cluster binding  53.76 
 
 
370 aa  387  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0830  putative iron-sulfur cluster binding protein  52.99 
 
 
428 aa  387  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2541  putative iron-sulfur 4Fe-4S ferredoxin protein  54.29 
 
 
360 aa  384  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0735  iron-sulfur cluster binding protein  52.33 
 
 
404 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.416115  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1030  iron-sulfur cluster binding protein  53.56 
 
 
373 aa  384  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0665154  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3214  iron-sulfur cluster binding protein  50.79 
 
 
412 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2411  iron-sulfur cluster binding protein  52.45 
 
 
383 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.400236  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0748  4Fe-4S cluster binding  49.48 
 
 
418 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>