More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4881 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4881  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  100 
 
 		 337 aa  687    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4937  extracellular solute-binding protein  98.52 
 
 		 337 aa  678    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000349724 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4761  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 337 aa  687    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0315146  normal  0.468263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4671  extracellular solute-binding protein  92.88 
 
 		 337 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164274  normal  0.522234 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0531  extracellular solute-binding protein  77.99 
 
 		 336 aa  501  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5394  ferric iron-binding periplasmic protein HitA  57.96 
 
 		 335 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62000  ferric iron-binding periplasmic protein HitA  58.26 
 
 		 335 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617589  normal  0.0992069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3950  ABC Fe3+ transporter, periplasmic ligand binding protein  40.65 
 
 		 344 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0258476  normal  0.044916 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5340  extracellular solute-binding protein  39.04 
 
 		 358 aa  259  5.0000000000000005e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.927258 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4828  extracellular solute-binding protein family 1  38.76 
 
 		 347 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024874  normal  0.037775 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1592  extracellular solute-binding protein  38.51 
 
 		 354 aa  251  2e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.641275  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1835  ABC Fe+3 transporter, periplasmic ligand binding protein  39.16 
 
 		 343 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.236208  normal  0.444011 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6136  ABC transporter substrate binding protein (iron)  37.05 
 
 		 329 aa  236  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.327012  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4112  extracellular solute-binding protein family 1  38.44 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.512643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0607  extracellular solute-binding protein  38.11 
 
 		 351 aa  233  4.0000000000000004e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2022  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 333 aa  231  1e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0434097  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3783  extracellular solute-binding protein family 1  37.39 
 
 		 340 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0736  extracellular solute-binding protein family 1  37.46 
 
 		 352 aa  228  8e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1463  extracellular solute-binding protein  35.01 
 
 		 339 aa  226  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2028  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.159304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1982  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53663  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1962  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.139482  normal  0.859404 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1359  extracellular solute-binding protein family 1  35.84 
 
 		 338 aa  225  9e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1350  iron(III) ABC transporter, permease protein, periplasmic iron(III)-binding protein  34.72 
 
 		 339 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.379147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2710  iron(III)-binding periplasmic protein  34.72 
 
 		 339 aa  224  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.452654  normal  0.0367844 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2858  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 		 341 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.329145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3650  extracellular solute-binding protein family 1  35.26 
 
 		 343 aa  222  9e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0546711  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1722  extracellular solute-binding protein  34.21 
 
 		 379 aa  221  1.9999999999999999e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000849376  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2521  extracellular solute-binding protein family 1  35.6 
 
 		 338 aa  220  3e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5750  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 		 341 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.177697  normal  0.666773 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2919  extracellular solute-binding protein family 1  35.83 
 
 		 338 aa  219  5e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7421  extracellular solute-binding protein family 1  36.73 
 
 		 348 aa  218  8.999999999999998e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.306518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2416  extracellular solute-binding protein family 1  37.91 
 
 		 349 aa  217  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000133122  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2837  extracellular solute-binding protein  37.54 
 
 		 337 aa  216  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.383478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2430  extracellular solute-binding protein family 1  35.35 
 
 		 338 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.334988  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1175  extracellular solute-binding protein  34.64 
 
 		 372 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.282862  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2534  extracellular solute-binding protein  34.65 
 
 		 338 aa  211  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1431  extracellular solute-binding protein  34.3 
 
 		 355 aa  210  3e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.452816  hitchhiker  0.000555172 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3363  extracellular solute-binding protein  33.23 
 
 		 342 aa  210  3e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.950181 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8130  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  32.35 
 
 		 340 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.201233 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1664  extracellular solute-binding protein family 1  32.47 
 
 		 366 aa  201  9.999999999999999e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000133453  normal  0.0424658 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2015  extracellular solute-binding protein family 1  33.66 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000268441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06280  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  33.33 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.124476  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3093  extracellular solute-binding protein  30.98 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.383646  normal  0.418833 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2720  extracellular solute-binding protein family 1  31.62 
 
 		 353 aa  187  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.015536  normal  0.702037 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6601  extracellular solute-binding protein family 1  33.85 
 
 		 356 aa  187  3e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.252568 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2070  extracellular solute-binding protein family 1  32.81 
 
 		 345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.620132  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3754  extracellular solute-binding protein  31.21 
 
 		 355 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.684526  normal  0.0834035 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1188  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.244132  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1409  iron transport system substrate-binding protein  30.54 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1469  extracellular solute-binding protein family 1  30.1 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1443  extracellular solute-binding protein family 1  30.1 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2574  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 339 aa  136  6.0000000000000005e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232421 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1547  ABC iron transporter, periplasmic binding protein  27.04 
 
 		 374 aa  135  9e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.231784  normal  0.33336 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0162  ABC-type iron(III) transport system,substrate-binding protein  29.94 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5430  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0277542 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 381 aa  133  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1876  extracellular solute-binding protein family 1  28.96 
 
 		 423 aa  133  5e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0990  ABC transporter, iron binding protein  26.79 
 
 		 349 aa  132  6.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.599077 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1728  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 374 aa  132  7.999999999999999e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.224389  normal  0.563347 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 382 aa  132  9e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0869  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 372 aa  130  3e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.107686  hitchhiker  0.000000984124 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5103  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.836408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5256  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5196  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.5 
 
 		 333 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47300  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  28.46 
 
 		 334 aa  129  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3844  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  hitchhiker  0.0000000311792 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3377  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.977933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1578  putative iron ABC transporter, substrate binding protein  30.86 
 
 		 334 aa  125  7e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.49279  normal  0.0225547 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68900  putative binding protein component of ABC iron transporter  26.64 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.940616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5021  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 		 333 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2175  transport system substrate-binding protein  28.44 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.377327 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1596  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.924744  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3508  extracellular solute-binding protein family 1  28.39 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00278562  normal  0.288833 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0314  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  25.64 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0742  extracellular solute-binding protein family 1  28.16 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2277  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 		 397 aa  123  4e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5962  putative iron ABC transporter binding protein subunit  26.28 
 
 		 332 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1557  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 336 aa  123  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.456805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2913  ABC Fe+3 siderophore transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.07 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1462  extracellular solute-binding protein family 1  27.53 
 
 		 392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0244  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1108  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.048242 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20451  hypothetical protein  30.16 
 
 		 342 aa  119  7e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.41005 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1526  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.33 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13311  putative iron ABC transporter, substrate binding protein  28.74 
 
 		 340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.327656  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0549  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0429047  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2002  putative iron ABC transporter, substrate binding protein  27.88 
 
 		 332 aa  116  3.9999999999999997e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0124  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 336 aa  116  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0732  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.23005  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1056  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 		 337 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.835874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0118  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1470  extracellular solute-binding protein family 1  25.88 
 
 		 350 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.848361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00162  putative ABC-type transport system, periplasmic component  26.3 
 
 		 344 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.403818  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1444  extracellular solute-binding protein family 1  25.88 
 
 		 350 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0967  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 		 353 aa  113  4.0000000000000004e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.760602 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0128  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 347 aa  112  6e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0515184  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1261  putative iron ABC transporter, substrate binding protein  28.94 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0189  putative iron-binding protein  25.22 
 
 		 346 aa  112  7.000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.120226  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0170  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0949537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>