188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4868 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4868  nicotinate phosphoribosyltransferase  100 
 
 
402 aa  828    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4921  nicotinate phosphoribosyltransferase  79.4 
 
 
407 aa  663    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0595  nicotinate phosphoribosyltransferase  79.65 
 
 
407 aa  666    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.12402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0548  nicotinate phosphoribosyltransferase  81.2 
 
 
407 aa  680    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.220672  normal  0.267523 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64960  nicotinate phosphoribosyltransferase  78.2 
 
 
399 aa  664    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.500667  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4660  nicotinate phosphoribosyltransferase  95.51 
 
 
401 aa  766    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00615533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1411  nicotinate phosphoribosyltransferase  76.83 
 
 
399 aa  652    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.997998 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2245  nicotinate phosphoribosyltransferase  75.38 
 
 
399 aa  645    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4746  nicotinate phosphoribosyltransferase  99.25 
 
 
401 aa  820    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000123757 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4924  nicotinate phosphoribosyltransferase  98 
 
 
401 aa  810    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.588245  hitchhiker  0.000000000198844 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5645  nicotinate phosphoribosyltransferase  77.69 
 
 
399 aa  660    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56900  nicotinate phosphoribosyltransferase  76.07 
 
 
398 aa  627  1e-179  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4945  nicotinate phosphoribosyltransferase  75.82 
 
 
398 aa  627  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1786  nicotinate phosphoribosyltransferase  55.01 
 
 
401 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00758127  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1639  nicotinate phosphoribosyltransferase  53.16 
 
 
401 aa  430  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0109745  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2058  nicotinate phosphoribosyltransferase  52.96 
 
 
401 aa  415  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52163  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1668  nicotinate phosphoribosyltransferase  52.96 
 
 
401 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000219699  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3306  nicotinate phosphoribosyltransferase  52.48 
 
 
402 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0926787  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00935  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.9 
 
 
400 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00018823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2712  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.9 
 
 
400 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000536664  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2665  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.9 
 
 
416 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296295  normal  0.0229075 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2387  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.9 
 
 
400 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0828745  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00942  hypothetical protein  51.9 
 
 
400 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000138975  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1039  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.9 
 
 
400 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00414982  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1031  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.9 
 
 
400 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00456308  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2189  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.65 
 
 
400 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.084522  normal  0.514532 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1092  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.65 
 
 
400 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000112466  normal  0.614516 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1106  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.26 
 
 
400 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.634691 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1732  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.63 
 
 
401 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00128231  normal  0.731039 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2067  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.25 
 
 
406 aa  405  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.398487  hitchhiker  0.00430299 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1368  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.5 
 
 
398 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00031505  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1014  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.14 
 
 
400 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000238457  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1118  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.01 
 
 
400 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0150287  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1041  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.01 
 
 
400 aa  405  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000300411 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2492  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.5 
 
 
398 aa  404  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.398443  normal  0.0193027 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1073  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.14 
 
 
400 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104663 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1450  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.76 
 
 
400 aa  402  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4740  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.74 
 
 
406 aa  401  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35755  normal  0.607195 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1772  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.62 
 
 
406 aa  398  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.182399  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3080  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.75 
 
 
395 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257894  normal  0.114116 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1620  nicotinate phosphoribosyltransferase  50 
 
 
399 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0808  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.49 
 
 
399 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000395003  normal  0.217385 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1059  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.51 
 
 
399 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000644735  normal  0.317841 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1052  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.49 
 
 
412 aa  395  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000386017  normal  0.414868 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2449  nicotinate phosphoribosyltransferase  51.53 
 
 
399 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000692172  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0621  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.51 
 
 
399 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000681686  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2932  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.24 
 
 
398 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000292258  normal  0.907447 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1100  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.51 
 
 
399 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000027143  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1981  nicotinate phosphoribosyltransferase  50 
 
 
416 aa  393  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000489265  normal  0.809116 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2647  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.26 
 
 
406 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0524303  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2557  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.26 
 
 
401 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000810876  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2284  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.13 
 
 
392 aa  391  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0887476  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4213  nicotinate phosphoribosyltransferase  50.26 
 
 
399 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000018976  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1697  nicotinate phosphoribosyltransferase  50 
 
 
399 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2203  nicotinate phosphoribosyltransferase  50 
 
 
399 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000037467  normal  0.397068 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0510  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.74 
 
 
399 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0109492  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2931  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.74 
 
 
424 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000120174  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0976  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.49 
 
 
399 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000451173  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0980  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.49 
 
 
399 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000687395  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2501  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.74 
 
 
399 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000365732  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2781  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.49 
 
 
399 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116025  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2812  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.74 
 
 
399 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000325875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2873  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.74 
 
 
399 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0365801  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1824  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.49 
 
 
399 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00156311  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6283  nicotinate phosphoribosyltransferase  48.85 
 
 
395 aa  378  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000174127  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0385  nicotinate phosphoribosyltransferase  48.48 
 
 
394 aa  375  1e-103  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1730  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.75 
 
 
406 aa  377  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.404013  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0442  nicotinate phosphoribosyltransferase  48.23 
 
 
394 aa  373  1e-102  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1031  nicotinate phosphoribosyltransferase  46.68 
 
 
404 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120152  normal  0.855005 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3719  nicotinate phosphoribosyltransferase  48.1 
 
 
397 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00517667  normal  0.0126108 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0559  nicotinate phosphoribosyltransferase  46.97 
 
 
393 aa  367  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.618565  normal  0.0393004 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1089  nicotinate phosphoribosyltransferase  47.06 
 
 
416 aa  364  1e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1293  nicotinate phosphoribosyltransferase  46.81 
 
 
413 aa  361  1e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5606  nicotinate phosphoribosyltransferase  49.61 
 
 
399 aa  360  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.643272 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0581  nicotinate phosphoribosyltransferase  46.37 
 
 
407 aa  358  8e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.190832  normal  0.770292 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0961  nicotinate phosphoribosyltransferase  46.17 
 
 
389 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0896  nicotinate phosphoribosyltransferase  46.17 
 
 
389 aa  354  1e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.477693  normal  0.0227421 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0976  nicotinate phosphoribosyltransferase  47.09 
 
 
398 aa  345  8.999999999999999e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.147591  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0167  nicotinate phosphoribosyltransferase  44.9 
 
 
406 aa  338  9.999999999999999e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000697  nicotinate phosphoribosyltransferase  41.3 
 
 
436 aa  315  6e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0220829  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06575  nicotinate phosphoribosyltransferase  41.4 
 
 
436 aa  313  2.9999999999999996e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1944  nicotinate phosphoribosyltransferase  42.46 
 
 
399 aa  307  2.0000000000000002e-82  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0041  nicotinate phosphoribosyltransferase  41.36 
 
 
435 aa  306  5.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0388  nicotinate phosphoribosyltransferase  40.25 
 
 
400 aa  305  7e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0941  nicotinate phosphoribosyltransferase  42.41 
 
 
390 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0338  nicotinate phosphoribosyltransferase  40.68 
 
 
390 aa  264  2e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2095  nicotinate phosphoribosyltransferase  40.53 
 
 
389 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0425605 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2472  nicotinate phosphoribosyltransferase  38.02 
 
 
391 aa  239  5e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0321  nicotinate phosphoribosyltransferase  35.14 
 
 
405 aa  233  6e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3022  nicotinate phosphoribosyltransferase  36.53 
 
 
401 aa  225  1e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00216966  normal  0.447003 
 
 
-
 
NC_002950  PG0057  nicotinate phosphoribosyltransferase  36.74 
 
 
394 aa  210  4e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3432  nicotinate phosphoribosyltransferase  34.84 
 
 
429 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.743424  normal  0.533019 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0250  nicotinate phosphoribosyltransferase  33.98 
 
 
434 aa  200  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.221329  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4452  nicotinate phosphoribosyltransferase  33.74 
 
 
434 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.47988 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0109  nicotinate phosphoribosyltransferase  34.63 
 
 
447 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0248268  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0112  nicotinate phosphoribosyltransferase  34.63 
 
 
434 aa  196  7e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4138  nicotinate phosphoribosyltransferase  33.25 
 
 
434 aa  196  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.775581  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0125  nicotinate phosphoribosyltransferase  34.46 
 
 
434 aa  196  9e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.937129  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0852  nicotinate phosphoribosyltransferase  35.17 
 
 
435 aa  193  4e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.625001  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0035  nicotinate phosphoribosyltransferase  33.49 
 
 
430 aa  189  8e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>