128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4769 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4769  hypothetical protein  100 
 
 		 159 aa  323  6e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.40399  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4644  hypothetical protein  100 
 
 		 159 aa  323  6e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.54947  normal  0.0402437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4782  hypothetical protein  98.74 
 
 		 159 aa  320  5e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0652  hypothetical protein  94.97 
 
 		 159 aa  312  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00256756  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4925  hypothetical protein  84.28 
 
 		 159 aa  285  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4301  hypothetical protein  83.54 
 
 		 158 aa  281  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000509766  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4666  hypothetical protein  82.91 
 
 		 158 aa  278  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1157  hypothetical protein  80.25 
 
 		 167 aa  266  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0111181  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12750  hypothetical protein  80.25 
 
 		 167 aa  265  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.019537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3730  hypothetical protein  77.99 
 
 		 159 aa  257  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1362  hypothetical protein  64.33 
 
 		 157 aa  216  8.999999999999998e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0533358  hitchhiker  0.000590839 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2790  hypothetical protein  64.97 
 
 		 157 aa  210  5.999999999999999e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3175  hypothetical protein  64.33 
 
 		 157 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3319  hypothetical protein  64.33 
 
 		 157 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.821326 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1195  protein of unknown function DUF88  64.33 
 
 		 157 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3176  hypothetical protein  64.33 
 
 		 157 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1148  hypothetical protein  63.06 
 
 		 157 aa  208  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.882158  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3490  hypothetical protein  63.06 
 
 		 157 aa  207  5e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3258  hypothetical protein  60.51 
 
 		 157 aa  207  5e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0129193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1080  hypothetical protein  63.06 
 
 		 170 aa  207  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0758  hypothetical protein  60.51 
 
 		 158 aa  206  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3118  hypothetical protein  62.42 
 
 		 157 aa  206  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.26612 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1154  hypothetical protein  61.78 
 
 		 157 aa  206  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.215618  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1173  hypothetical protein  62.18 
 
 		 157 aa  204  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.751958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1080  hypothetical protein  61.54 
 
 		 184 aa  204  5e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0372  hypothetical protein  61.54 
 
 		 184 aa  203  9e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000170684  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1261  hypothetical protein  60.9 
 
 		 159 aa  201  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0151498 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00589  hypothetical protein  60.51 
 
 		 156 aa  199  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1710  hypothetical protein  59.09 
 
 		 158 aa  190  6e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1288  hypothetical protein  59.24 
 
 		 157 aa  189  9e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000264072  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0134  hypothetical protein  56.69 
 
 		 157 aa  189  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1407  hypothetical protein  57.32 
 
 		 157 aa  182  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0893  hypothetical protein  55.7 
 
 		 158 aa  180  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.977519 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05689  hypothetical protein  54.49 
 
 		 162 aa  178  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000074  hypothetical protein  53.85 
 
 		 162 aa  175  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1028  hypothetical protein  50.96 
 
 		 157 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.873196  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0796  protein of unknown function DUF88  36 
 
 		 165 aa  103  7e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3179  protein of unknown function DUF88  36.73 
 
 		 165 aa  103  7e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.488088  normal  0.175977 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0673  protein of unknown function DUF88  34 
 
 		 165 aa  100  6e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.696503  normal  0.0525429 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2746  protein of unknown function DUF88  33.77 
 
 		 165 aa  100  8e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0482662  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0224  protein of unknown function DUF88  34.44 
 
 		 165 aa  90.5  9e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.121246  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1143  hypothetical protein  35.1 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1654  protein of unknown function DUF88  33.55 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0466931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0671  hypothetical protein  33.12 
 
 		 192 aa  80.1  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420654  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4859  hypothetical protein  33.55 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0181079  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2722  hypothetical protein  33.55 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.353362  normal  0.105632 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0096  protein of unknown function DUF88  32.45 
 
 		 201 aa  77.4  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.263134 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4033  protein of unknown function DUF88  33.11 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.424874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1805  hypothetical protein  32.45 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000048787 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3991  protein of unknown function DUF88  33.11 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0945  hypothetical protein  32.52 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.279417 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3333  protein of unknown function DUF88  31.79 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.258648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2805  hypothetical protein  28.05 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1835  hypothetical protein  30.52 
 
 		 194 aa  67.4  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2110  hypothetical protein  28.93 
 
 		 173 aa  66.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.850864  normal  0.350459 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1667  hypothetical protein  31.48 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.225518  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2568  hypothetical protein  32.1 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000124155  unclonable  0.0000000364355 
 
 
 
NC_009049  Rsph17029_0300  hypothetical protein  31.48 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.793071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2579  hypothetical protein  31.48 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00308857 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0433  protein of unknown function DUF88  32.43 
 
 		 294 aa  65.5  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0165  protein of unknown function DUF88  28.19 
 
 		 343 aa  64.7  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.334163 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4322  hypothetical protein  27.67 
 
 		 173 aa  63.9  0.0000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.31115  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4322  hypothetical protein  28.03 
 
 		 171 aa  63.5  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.833366  normal  0.664553 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1891  hypothetical protein  29.56 
 
 		 186 aa  62.8  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.248989  normal  0.794198 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2865  hypothetical protein  30.67 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.414585  normal  0.0571664 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2447  hypothetical protein  29.56 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.728429 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1000  protein of unknown function DUF88  30.43 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00612385 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4688  protein of unknown function DUF88  27.67 
 
 		 172 aa  62.4  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.706781  normal  0.898673 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3645  protein of unknown function DUF88  27.39 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3193  hypothetical protein  29.56 
 
 		 218 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.198196  normal  0.951691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3517  protein of unknown function DUF88  29.56 
 
 		 218 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650346 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0489  protein of unknown function DUF88  31.54 
 
 		 287 aa  60.5  0.000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0035  protein of unknown function DUF88  30.43 
 
 		 219 aa  60.5  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.153842  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2257  hypothetical protein  32.9 
 
 		 206 aa  60.5  0.000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1924  hypothetical protein  32.9 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.467688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1859  hypothetical protein  28.93 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00561567  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3389  protein of unknown function DUF88  29.56 
 
 		 217 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2633  hypothetical protein  32.47 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0521932  normal  0.18275 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1403  hypothetical protein  29.01 
 
 		 183 aa  59.7  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.175354 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1873  protein of unknown function DUF88  27.22 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.769697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2966  protein of unknown function DUF88  32.26 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.180481  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1847  protein of unknown function DUF88  27.22 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5380  protein of unknown function DUF88  29.37 
 
 		 356 aa  58.9  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.458157 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2645  hypothetical protein  30.82 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0422082  hitchhiker  0.00814137 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1440  hypothetical protein  28.93 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2606  hypothetical protein  31.61 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0253982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0944  hypothetical protein  28.93 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0294476  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0675  hypothetical protein  28.93 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.179061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0191  protein of unknown function DUF88  29.81 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.656329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0033  hypothetical protein  29.19 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0895202 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2466  hypothetical protein  27.7 
 
 		 228 aa  57.8  0.00000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4689  hypothetical protein  31.61 
 
 		 217 aa  57.8  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.501693  normal  0.101496 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1144  protein of unknown function DUF88  28.93 
 
 		 193 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2008  protein of unknown function DUF88  31.08 
 
 		 304 aa  57.4  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0888225  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0991  protein of unknown function DUF88  28.93 
 
 		 195 aa  57.4  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.727303  normal  0.631943 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0511  hypothetical protein  28.57 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1723  hypothetical protein  27.67 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.761661  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1893  hypothetical protein  27.04 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  hitchhiker  0.00176101 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3836  hypothetical protein  30.63 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2303  protein of unknown function DUF88  28.77 
 
 		 168 aa  54.3  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>