270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4555 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4555  DGPFAETKE family protein  100 
 
 		 114 aa  235  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1334  DGPFAETKE family protein  100 
 
 		 114 aa  235  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.277602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4062  DGPFAETKE family protein  96.49 
 
 		 114 aa  228  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3850  DGPFAETKE family protein  92.11 
 
 		 114 aa  216  7e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4327  DGPFAETKE  80.53 
 
 		 114 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.189764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1334  DGPFAETKE family protein  77.68 
 
 		 124 aa  179  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46830  hypothetical protein  56.03 
 
 		 116 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000423585 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3319  hypothetical protein  54.78 
 
 		 122 aa  129  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.419553  hitchhiker  0.0000411841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4035  DGPF domain-containing protein  54.31 
 
 		 116 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.110978  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2176  DGPFAETKE family protein  53.85 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.66649  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1112  YCII-related  53.04 
 
 		 118 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0499919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0961  DGPFAETKE family protein  49.57 
 
 		 116 aa  123  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0409  DGPFAETKE family protein  48.25 
 
 		 135 aa  117  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00347395  normal  0.0963285 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0959  DGPFAETKE family protein  43.48 
 
 		 119 aa  98.6  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6185  hypothetical protein  43.86 
 
 		 117 aa  98.6  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353039  normal  0.674023 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4454  DGPFAETKE domain-containing protein  41.59 
 
 		 122 aa  97.8  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0824  DGPFAETKE family protein  43.8 
 
 		 115 aa  95.9  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3416  YCII-related protein  52.33 
 
 		 119 aa  96.3  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.162675  hitchhiker  0.00509587 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1111  YCII-related  43.1 
 
 		 119 aa  94.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0493804 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0198  YCII-related protein  45.61 
 
 		 116 aa  92.4  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.569189  normal  0.0536776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1110  YCII-related  41.74 
 
 		 119 aa  88.2  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0508518 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2314  DGPFAETKE family protein  43.97 
 
 		 118 aa  86.7  9e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.268997 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0960  DGPFAETKE family protein  40.54 
 
 		 119 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3536  YCII-related protein  39.45 
 
 		 112 aa  85.9  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2170  YCII-related protein  42.98 
 
 		 113 aa  84.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.87091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3855  hypothetical protein  37.61 
 
 		 119 aa  85.1  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.936414 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2629  YCII-related protein  47.79 
 
 		 118 aa  84.7  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00535413  normal  0.414588 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0545  YCII-related protein  48.78 
 
 		 118 aa  82.8  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.150513  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2256  YCII-related protein  39.82 
 
 		 115 aa  83.2  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4218  DGPFAETKE family protein  40.68 
 
 		 118 aa  83.2  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.780161 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6406  DGPFAETKE family protein  38.39 
 
 		 123 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.177622  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4943  DGPFAETKE family protein  38.14 
 
 		 120 aa  82.4  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0955  DGPFAETKE family protein  42.61 
 
 		 114 aa  80.9  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.410711  normal  0.159018 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0814  YCII-related protein  36.94 
 
 		 125 aa  80.9  0.000000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.487046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6291  DGPFAETKE family protein  37.5 
 
 		 123 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2236  YCII-related protein  37.61 
 
 		 128 aa  79.7  0.00000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.352695  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4396  hypothetical protein  41.18 
 
 		 116 aa  79  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0759442  normal  0.0566576 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3474  YCII-related  39.29 
 
 		 123 aa  78.6  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116135  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3428  DGPFAETKE domain-containing protein  37.93 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3455  YCII-related protein  39.13 
 
 		 118 aa  78.2  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2336  YCII-related  39.47 
 
 		 118 aa  76.3  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000398459  hitchhiker  0.000316604 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3090  DGPFAETKE domain-containing protein  37.5 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.471864  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0472  YCII-related protein  42.48 
 
 		 115 aa  75.9  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.354888  normal  0.131281 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1521  YCII-related protein  34.55 
 
 		 118 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000673434 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3150  DGPFAETKE family protein  37.5 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.297543 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3110  DGPFAETKE family protein  37.5 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.484936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4928  DGPFAETKE family protein  37.5 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0813146 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8876  YCII-related protein  38.74 
 
 		 117 aa  74.7  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2507  YCII-related protein  38.18 
 
 		 114 aa  73.9  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.521642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4352  YCII-related protein  42.68 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00663803  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1555  YCII-related  43.37 
 
 		 118 aa  73.2  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00194658  normal  0.0318419 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4175  hypothetical protein  35.04 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4161  hypothetical protein  40.34 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.78704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2715  DGPFAETKE family protein  38.39 
 
 		 126 aa  72  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.651883  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1298  DGPFAETKE family protein  39.5 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.670188  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0226  YCII-related protein  40.59 
 
 		 113 aa  71.2  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4260  DGPF protein  38.66 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.286045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3323  YCII-related protein  33.91 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0170058  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5537  DGPFAETKE family protein  37.5 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3252  DGPFAETKE family protein  42.17 
 
 		 112 aa  70.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.899565  normal  0.150715 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4227  YCII-related protein  36.28 
 
 		 110 aa  70.9  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0725817 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3712  DGPFAETKE family protein  40.7 
 
 		 117 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.555531  normal  0.297001 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1474  DGPFAETKE domain-containing protein  36.84 
 
 		 128 aa  70.5  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.847936  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3925  hypothetical protein  42.17 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.123958 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0003  DGPFAETKE family protein  36.97 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.398282  hitchhiker  0.0000769661 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0260  hypothetical protein  43.21 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0931  DGPF domain-containing protein  43.21 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4361  DGPFAETKE family protein  37.61 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2285  hypothetical protein  35.71 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0910084 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0533  DGPF domain-containing protein  43.21 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0382  YCII-related protein  54.05 
 
 		 115 aa  68.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00477239  decreased coverage  0.00575194 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4552  hypothetical protein  40.7 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.40507  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3811  DGPFAETKE family protein  40.7 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.276008 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1441  DGPF domain-containing protein  43.21 
 
 		 120 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1638  DGPF domain-containing protein  43.21 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2635  DGPF domain-containing protein  43.21 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.230357  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2497  DGPF domain-containing protein  43.21 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.706224  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0293  DGPF domain-containing protein  43.21 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.493225  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3713  DGPFAETKE family protein  40.7 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.832455 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2831  DGPFAETKE family protein  40 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.618861  normal  0.707195 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2197  DGPFAETKE domain-containing protein  35.05 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.936751  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3549  YCII-related  39.76 
 
 		 112 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0021  hypothetical protein  39 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.512817 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5460  hypothetical protein  36.61 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.382977  normal  0.0527528 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0561  YCII-related protein  49.4 
 
 		 115 aa  68.2  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0502519 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6898  hypothetical protein  38.14 
 
 		 122 aa  67.8  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.788351  normal  0.0941617 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8315  YCII-related  43.53 
 
 		 140 aa  67  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.11198  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1747  YCII-related  38.66 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0231  hypothetical protein  41.77 
 
 		 117 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3086  YCII-related protein  38.27 
 
 		 104 aa  66.6  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.11532  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2496  DGPF domain-containing protein  34.19 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4100  DGPFAETKE family protein  36.14 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0261  hypothetical protein  37.62 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0929  DGPF domain-containing protein  34.19 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1442  DGPF domain-containing protein  37.62 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1639  DGPF domain-containing protein  37.62 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2634  DGPF domain-containing protein  34.19 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.821675  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0294  DGPF domain-containing protein  37.62 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.360873  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1303  DGPFAETKE family protein  35.42 
 
 		 138 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6888  hypothetical protein  34.48 
 
 		 138 aa  64.7  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235266  normal  0.0297541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>