More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4540 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4540  alpha/beta fold family hydrolase  100 
 
 
270 aa  560  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1350  alpha/beta hydrolase fold  98.15 
 
 
270 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4047  alpha/beta hydrolase fold  95.19 
 
 
270 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3834  alpha/beta hydrolase fold  92.96 
 
 
270 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441877 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1429  Alpha/beta hydrolase fold  71.76 
 
 
267 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.495278  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4089  hydrolase, alpha/beta fold family  66.79 
 
 
262 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.05653  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  61.51 
 
 
265 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1900  putative hydrolase  56.78 
 
 
275 aa  298  7e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.118605  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22460  alpha/beta family hydrolase  56.41 
 
 
275 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.241397  hitchhiker  0.0000000538784 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3377  alpha/beta hydrolase fold  32.45 
 
 
273 aa  142  6e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2225  alpha/beta hydrolase fold  33.21 
 
 
273 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3531  hydrolase or acyltransferase-like protein  34.36 
 
 
425 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.17214 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2652  alpha/beta hydrolase fold protein  33.21 
 
 
268 aa  130  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.191504  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1900  alpha/beta hydrolase fold  34.31 
 
 
271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3438  3-oxoadipate enol-lactonase  33.85 
 
 
277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3645  alpha/beta fold family hydrolase  32.83 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0431011  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  33.85 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1857  3-oxoadipate enol-lactonase  33.73 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.115671  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2085  alpha/beta hydrolase fold  32.83 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.622652  normal  0.427031 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3232  3-oxoadipate enol-lactonase  33.59 
 
 
277 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0595  putative lactone hydrolase  32.2 
 
 
265 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1259  3-oxoadipate enol-lactonase  28.14 
 
 
261 aa  124  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  30.4 
 
 
271 aa  123  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2408  Alpha/beta hydrolase fold  32.31 
 
 
282 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.734786  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1578  3-oxoadipate enol-lactonase  31.75 
 
 
261 aa  122  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000336054  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2054  alpha/beta hydrolase fold protein  32.17 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.198896 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2258  alpha/beta hydrolase fold  33.07 
 
 
277 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40096  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0084  3-oxoadipate enol-lactonase  31.62 
 
 
282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2121  alpha/beta hydrolase fold  33.6 
 
 
256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00152914  normal  0.180644 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0115  alpha/beta hydrolase fold protein  28.52 
 
 
267 aa  118  9e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1168  alpha/beta hydrolase fold protein  31.07 
 
 
271 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.375352  normal  0.0130652 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2674  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase family protein  32.43 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0569  alpha/beta hydrolase fold protein  30.15 
 
 
270 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5320  3-oxoadipate enol-lactonase  32.09 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3242  alpha/beta hydrolase fold protein  31.03 
 
 
268 aa  117  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.988138  normal  0.0849253 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2974  3-oxoadipate enol-lactonase  29.13 
 
 
260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108542  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3016  3-oxoadipate enol-lactonase  29.13 
 
 
260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.352868  normal  0.357434 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1996  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
254 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.507588  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0152  alpha/beta hydrolase fold  30.15 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3372  alpha/beta hydrolase fold  28.3 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.771296 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4696  alpha/beta hydrolase fold  29.41 
 
 
270 aa  113  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0321  alpha/beta hydrolase fold protein  31.13 
 
 
264 aa  113  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4315  3-oxoadipate enol-lactonase  30.18 
 
 
263 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.781035  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0479  alpha/beta hydrolase fold  32.24 
 
 
262 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0646  3-oxoadipate enol-lactonase (pcaD)  30.55 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.063322 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4676  3-oxoadipate enol-lactonase  32.23 
 
 
259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.256206  normal  0.172762 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2473  hypothetical protein  27.27 
 
 
286 aa  112  5e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5285  3-oxoadipate enol-lactonase  28.84 
 
 
261 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221975  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2609  3-oxoadipate enol-lactonase  30.45 
 
 
271 aa  112  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2798  alpha/beta hydrolase fold protein  27.48 
 
 
270 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0978  3-oxoadipate enol-lactonase  31.01 
 
 
262 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2283  3-oxoadipate enol-lactonase  32.3 
 
 
263 aa  112  7.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.256005  normal  0.256435 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5014  alpha/beta fold family hydrolase  28.78 
 
 
270 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4996  hydrolase, alpha/beta fold family  28.78 
 
 
270 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.556402  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0115  3-oxoadipate enol-lactonase  28.46 
 
 
282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1589  alpha/beta hydrolase fold  29.29 
 
 
297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000678244  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4460  3-oxoadipate enol-lactonase  30.04 
 
 
263 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.312255 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3527  alpha/beta hydrolase fold  29.17 
 
 
257 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.425595  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0159  alpha/beta hydrolase fold protein  30.27 
 
 
279 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  30.08 
 
 
299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06270  putative hydrolase  30.45 
 
 
265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.674294  normal  0.191203 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  28.52 
 
 
284 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3321  alpha/beta hydrolase fold protein  31.23 
 
 
254 aa  109  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2207  alpha/beta hydrolase  30.08 
 
 
260 aa  108  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.649454  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0341  alpha/beta hydrolase fold  30.35 
 
 
265 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4587  hydrolase; menaquinone biosynthesis related protein; prolyl aminopeptidase  28.04 
 
 
270 aa  107  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1192  alpha/beta superfamily hydrolase  29.89 
 
 
287 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1692  3-oxoadipate enol-lactonase  29.73 
 
 
269 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4434  3-oxoadipate enol-lactonase  29.67 
 
 
263 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.600688  normal  0.0168889 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0572  alpha/beta hydrolase fold  30.3 
 
 
266 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3161  3-oxoadipate enol-lactonase  27.72 
 
 
261 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5020  3-oxoadipate enol-lactonase  27.72 
 
 
261 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4227  alpha/beta hydrolase fold protein  30.34 
 
 
266 aa  107  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0780  alpha/beta hydrolase fold  28 
 
 
276 aa  107  3e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0600224  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4967  hydrolase, alpha/beta fold family  28.04 
 
 
270 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1078  alpha/beta hydrolase fold  30.23 
 
 
260 aa  106  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.045467  normal  0.0264161 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7140  alpha/beta hydrolase fold protein  27.06 
 
 
425 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2912  alpha/beta hydrolase fold  29.82 
 
 
295 aa  106  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4474  3-oxoadipate enol-lactonase  28.09 
 
 
261 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5110  3-oxoadipate enol-lactonase  28.09 
 
 
261 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5749  3-oxoadipate enol-lactonase  28.09 
 
 
261 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.74876  normal  0.111233 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2505  alpha/beta family hydrolase  29.28 
 
 
279 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3126  Alpha/beta hydrolase  28.09 
 
 
261 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3157  alpha/beta fold family hydrolase  29.04 
 
 
266 aa  105  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3601  alpha/beta fold family hydrolase  27.8 
 
 
257 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3768  hydrolase, alpha/beta fold family  27.8 
 
 
257 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000504294 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1486  3-oxoadipate enol-lactonase  26.97 
 
 
261 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1556  3-oxoadipate enol-lactonase  26.97 
 
 
261 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0059  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  26.97 
 
 
261 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.440063  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3887  alpha/beta fold family hydrolase  27.8 
 
 
257 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3475  3-oxoadipate enol-lactonase  31.95 
 
 
258 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.651032  normal  0.517943 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0057  3-oxoadipate enol-lactonase  26.97 
 
 
261 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0184524  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0070  3-oxoadipate enol-lactonase  26.97 
 
 
261 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.678293  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1203  3-oxoadipate enol-lactonase  26.97 
 
 
261 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1020  3-oxoadipate enol-lactonase  29.06 
 
 
263 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.062909 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3853  3-oxoadipate enol-lactonase  28.57 
 
 
396 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126877  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4749  alpha/beta fold family hydrolase  27.68 
 
 
270 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5110  alpha/beta fold family hydrolase  27.68 
 
 
270 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.98697  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0253  hydrolase, alpha/beta fold family  27.82 
 
 
270 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000360358  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0317  beta-ketoadipate enol-lactone hydrolase  30.94 
 
 
263 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>