More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4514 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4514  patatin  100 
 
 
751 aa  1511    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1816  patatin  72.89 
 
 
728 aa  1085    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1791  hypothetical protein  72.55 
 
 
728 aa  1047    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1471  patatin  81.36 
 
 
733 aa  1191    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.553855  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3803  patatin  92.17 
 
 
727 aa  1341    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.799265  hitchhiker  0.00000293733 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4020  patatin  96.43 
 
 
728 aa  1398    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0160946 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20870  hypothetical protein  73 
 
 
728 aa  1048    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.817283  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1397  patatin  98.21 
 
 
728 aa  1440    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1473  Patatin  40.08 
 
 
745 aa  485  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0887  patatin  35.29 
 
 
741 aa  441  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5258  patatin  39.13 
 
 
777 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5919  hypothetical protein  39.38 
 
 
750 aa  438  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.502789  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0503  patatin  36.24 
 
 
748 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0423  patatin  32.84 
 
 
738 aa  376  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0391  patatin  35.37 
 
 
790 aa  379  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0374937 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0379  hypothetical protein  33.79 
 
 
734 aa  376  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101428  normal  0.24493 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0323  patatin  33.2 
 
 
735 aa  365  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000755516  normal  0.0106628 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3413  patatin  32.08 
 
 
738 aa  365  2e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.016604  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0428  hypothetical protein  31.81 
 
 
736 aa  360  7e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3909  patatin  30.7 
 
 
738 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000966561  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3929  patatin  30.55 
 
 
737 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000709115  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3852  Patatin  30.55 
 
 
738 aa  358  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00970151  unclonable  0.00000000000304178 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0435  patatin  31.48 
 
 
751 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00139608  decreased coverage  0.00000000672418 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4050  patatin  30.47 
 
 
738 aa  357  5e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.129924  normal  0.182704 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0430  patatin  31.85 
 
 
739 aa  357  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.2569  normal  0.405948 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0846  Outer membrane protein  33.02 
 
 
930 aa  356  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.558607  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2193  patatin-like phospholipase  33.02 
 
 
920 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.193867  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3595  patatin  31.76 
 
 
738 aa  355  1e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0117026  normal  0.37392 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0432  patatin  31.76 
 
 
738 aa  355  2e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00104069  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0430  patatin-like phospholipase  33.98 
 
 
753 aa  353  5e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.622197  normal  0.410505 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0605  patatin  33.98 
 
 
767 aa  353  8.999999999999999e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.37871  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3427  patatin  32.39 
 
 
737 aa  350  6e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000209875  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3628  patatin-like phospholipase family protein  30.66 
 
 
735 aa  350  7e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1781  OMP85 family outer membrane protein  32.89 
 
 
852 aa  349  1e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1589  OMP85 family outer membrane protein  33.15 
 
 
728 aa  348  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0818  OMP85 family outer membrane protein  33.15 
 
 
933 aa  348  3e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.840835  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0034  OMP85 family outer membrane protein  33.15 
 
 
945 aa  348  3e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.987848  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3379  patatin  32.36 
 
 
737 aa  343  7e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3773  patatin  31.52 
 
 
754 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3684  patatin  32.61 
 
 
813 aa  335  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0989446  normal  0.481087 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0939  patatin family phospholipase  32.69 
 
 
714 aa  334  4e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1334  patatin-like protein of phospholipase family protein  32.76 
 
 
745 aa  327  6e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425162  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0755  patatin  32.07 
 
 
804 aa  326  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  hitchhiker  0.00235893 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4884  patatin  31.8 
 
 
798 aa  323  8e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000395852 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4367  patatin  31.56 
 
 
796 aa  321  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753572  normal  0.0149161 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03442  hypothetical protein  30.89 
 
 
771 aa  319  1e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5351  patatin  31.43 
 
 
803 aa  317  5e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.346462  normal  0.119871 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4937  patatin  31.43 
 
 
803 aa  317  5e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  unclonable  0.0000295709 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3431  patatin  31.3 
 
 
803 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.805545  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002569  hypothetical protein  30.83 
 
 
776 aa  313  5.999999999999999e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.765659  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0465  patatin  31.96 
 
 
729 aa  300  9e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0838  Patatin  34.21 
 
 
667 aa  299  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.507854 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4068  patatin  27.77 
 
 
733 aa  293  7e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.288798 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0132  hypothetical protein  30.53 
 
 
764 aa  292  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.948806  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3685  Patatin  27.34 
 
 
720 aa  228  2e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000342926  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0727  patatin  33.26 
 
 
760 aa  227  6e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2052  Patatin  33.41 
 
 
740 aa  226  1e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.185363  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01780  putative patatin-like phospholipase  33.89 
 
 
740 aa  224  6e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2996  Patatin  38.78 
 
 
746 aa  214  3.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000124103  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0461  Patatin  37.67 
 
 
707 aa  206  2e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0402  surface antigen (D15)  40.27 
 
 
950 aa  195  3e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.858509  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2033  patatin  39.93 
 
 
923 aa  189  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0624212  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2385  Patatin  37.8 
 
 
894 aa  182  2e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0290  hypothetical protein  33.01 
 
 
981 aa  182  2e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2040  surface antigen (D15)  33.43 
 
 
909 aa  178  4e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.813925 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1840  Patatin  37.5 
 
 
900 aa  173  9e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10170  Patatin  36.56 
 
 
260 aa  173  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.794259  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2124  patatin  38.11 
 
 
311 aa  171  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0232025  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2141  patatin  37.07 
 
 
316 aa  171  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000481175  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0362  hypothetical protein  38.01 
 
 
875 aa  170  8e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0207415  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1983  patatin-like phospholipase  36.96 
 
 
358 aa  170  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00013559  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1271  Patatin  32.8 
 
 
775 aa  170  9e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190834  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0035  Patatin  37.37 
 
 
330 aa  169  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.488757  hitchhiker  0.0000189708 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1351  Patatin  35.96 
 
 
256 aa  168  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.019632  normal  0.0919184 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2488  patatin family phospholipase  36.27 
 
 
347 aa  167  5e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00508161  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2396  patatin  35.39 
 
 
333 aa  167  9e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.950411  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1378  patatin  39.34 
 
 
358 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000417303  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2542  patatin family phospholipase  35.95 
 
 
347 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0832269  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1601  patatin-like phospholipase  35.95 
 
 
306 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00000189293  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1467  patatin  37.12 
 
 
311 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2629  patatin-like phospholipase  35.95 
 
 
474 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000046656  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1562  Patatin  35.06 
 
 
320 aa  166  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0111383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1467  Patatin  35.06 
 
 
320 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2496  Patatin  38.01 
 
 
317 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000766649  normal  0.0142834 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2104  patatin-like phospholipase  35.95 
 
 
347 aa  165  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000214716  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1219  patatin  36.84 
 
 
349 aa  164  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000227608  normal  0.293429 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0302  patatin  35.83 
 
 
302 aa  164  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1641  putative exported phospholipase  37.33 
 
 
315 aa  164  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000163376  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4028  phospholipase, patatin family  36.82 
 
 
263 aa  164  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0568187  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0765  phospholipase, putative  35.11 
 
 
272 aa  164  8.000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.557245  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3973  phospholipase, putative  36.82 
 
 
263 aa  163  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.533695  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3686  patatin-like phospholipase  36.82 
 
 
263 aa  163  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.239904  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4039  phospholipase, patatin family  36.82 
 
 
263 aa  163  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000244848  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1959  patatin  36.49 
 
 
302 aa  163  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00223857  normal  0.276293 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3839  phospholipase  36.82 
 
 
263 aa  162  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.756458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3669  patatin-like phospholipase  36.46 
 
 
263 aa  162  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0414578  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1864  patatin  38.49 
 
 
293 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00450091  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5366  patatin  36.14 
 
 
308 aa  162  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00588033  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4137  phospholipase  36.82 
 
 
263 aa  162  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.866358  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0361  patatin  36.79 
 
 
323 aa  162  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>