176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4077 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2621  hypothetical protein  85.71 
 
 		 588 aa  1064    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.264727  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4077  hypothetical protein  100 
 
 		 588 aa  1214    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0270196  unclonable  0.00000124343 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3227  type VI secretion protein  85.03 
 
 		 588 aa  1051    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2124  hypothetical protein  85.03 
 
 		 588 aa  1053    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3730  hypothetical protein  47.55 
 
 		 590 aa  577  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0028  hypothetical protein  49.08 
 
 		 589 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.167709  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0048  hypothetical protein  47.77 
 
 		 587 aa  552  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2526  type VI secretion protein  47.28 
 
 		 588 aa  535  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2804  type VI secretion protein, VC_A0110 family  45.42 
 
 		 588 aa  528  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3252  type VI secretion protein, VC_A0110 family  45.08 
 
 		 588 aa  526  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1199  hypothetical protein  46.35 
 
 		 588 aa  526  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.241231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0389  type VI secretion protein  44.06 
 
 		 606 aa  523  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1073  type VI secretion protein, VC_A0110 family  44.75 
 
 		 588 aa  525  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.889843  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0316  hypothetical protein  44.06 
 
 		 606 aa  523  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0237  hypothetical protein  38.84 
 
 		 616 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1227  hypothetical protein  38.57 
 
 		 617 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.366123 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0243  hypothetical protein  38.68 
 
 		 616 aa  424  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.956418 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0235  hypothetical protein  38.68 
 
 		 616 aa  424  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1108  type VI secretion protein, family  38.09 
 
 		 617 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000438  protein ImpG/VasA  38.34 
 
 		 582 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877491  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05860  hypothetical protein  37.84 
 
 		 582 aa  410  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5586  hypothetical protein  36.96 
 
 		 595 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0095  hypothetical protein  36.57 
 
 		 596 aa  381  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2546  hypothetical protein  36.41 
 
 		 595 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0583684  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1121  putative type VI secretion protein VasA  36.83 
 
 		 583 aa  370  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0138508  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3612  hypothetical protein  37.56 
 
 		 595 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.332362  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0431  hypothetical protein  36.13 
 
 		 577 aa  318  2e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3313  hypothetical protein  35.6 
 
 		 576 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43000  hypothetical protein  35.2 
 
 		 526 aa  312  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.333671 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5427  hypothetical protein  34.66 
 
 		 517 aa  300  6e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3097  hypothetical protein  32.14 
 
 		 606 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2625  hypothetical protein  32.14 
 
 		 606 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4956  hypothetical protein  32.79 
 
 		 610 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0740  hypothetical protein  32.03 
 
 		 580 aa  283  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0608  hypothetical protein  32.03 
 
 		 580 aa  283  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.301701  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0719  hypothetical protein  32.03 
 
 		 580 aa  283  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133879  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2029  hypothetical protein  32.03 
 
 		 580 aa  283  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1677  hypothetical protein  32.03 
 
 		 580 aa  283  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0538  hypothetical protein  31.69 
 
 		 580 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0635  hypothetical protein  31.63 
 
 		 606 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0758526 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2127  hypothetical protein  31.69 
 
 		 580 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2271  hypothetical protein  33.06 
 
 		 611 aa  279  9e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2507  type VI secretion protein  32.63 
 
 		 606 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0116993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2767  type VI secretion protein  31.98 
 
 		 606 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00399932  normal  0.648894 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3657  type VI secretion protein  31.36 
 
 		 604 aa  276  6e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.360075  normal  0.494654 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0866  hypothetical protein  30.64 
 
 		 580 aa  266  8e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.500942  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5273  hypothetical protein  30.2 
 
 		 608 aa  260  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1211  type VI secretion protein, VC_A0110 family  32.67 
 
 		 590 aa  260  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2818  hypothetical protein  30.28 
 
 		 585 aa  258  2e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0198  type VI secretion protein, VC_A0110 family  30.91 
 
 		 623 aa  258  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2956  hypothetical protein  32.44 
 
 		 623 aa  258  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0407  hypothetical protein  32.44 
 
 		 623 aa  257  5e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1604  hypothetical protein  32.44 
 
 		 623 aa  257  5e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1787  hypothetical protein  32.44 
 
 		 623 aa  257  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.973782  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2831  hypothetical protein  32.28 
 
 		 623 aa  257  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.843813  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0457  hypothetical protein  32.44 
 
 		 623 aa  257  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2489  hypothetical protein  29.55 
 
 		 587 aa  256  7e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3039  type VI secretion protein, VC_A0110 family  32.56 
 
 		 590 aa  256  8e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1584  hypothetical protein  31.81 
 
 		 623 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.468978  normal  0.21502 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1196  hypothetical protein  32.13 
 
 		 623 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0800  hypothetical protein  29.55 
 
 		 587 aa  254  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0262  hypothetical protein  31.81 
 
 		 623 aa  254  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2993  hypothetical protein  29.55 
 
 		 587 aa  254  4.0000000000000004e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000448613 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2587  type VI secretion protein  29.38 
 
 		 587 aa  253  5.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02049  EvpF  30.18 
 
 		 611 aa  249  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0842725  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0406  type VI secretion protein  30.92 
 
 		 611 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0449  type VI secretion protein  30.69 
 
 		 611 aa  246  8e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.869573 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2635  hypothetical protein  30.69 
 
 		 611 aa  246  8e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.881877  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0471  hypothetical protein  30.69 
 
 		 611 aa  246  8e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.056714  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0385  hypothetical protein  30.76 
 
 		 611 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1800  hypothetical protein  29.64 
 
 		 584 aa  246  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.765675  normal  0.114304 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4917  type VI secretion protein, VC_A0110 family  29.8 
 
 		 612 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.263892  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3563  hypothetical protein  30.85 
 
 		 611 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01961  hypothetical protein  31.15 
 
 		 616 aa  244  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0957236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2926  type VI secretion protein  30.88 
 
 		 611 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0946  type VI secretion protein, VC_A0110 family  30.16 
 
 		 629 aa  240  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2329  hypothetical protein  30.81 
 
 		 619 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0250142  normal  0.0432073 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00261  SciC protein  30 
 
 		 625 aa  236  1.0000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.527979  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0160  hypothetical protein  30.28 
 
 		 619 aa  233  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01070  hypothetical protein  30.13 
 
 		 619 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.970936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0339  hypothetical protein  29.36 
 
 		 629 aa  232  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3245  type VI secretion protein  29.55 
 
 		 589 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1904  hypothetical protein  29.36 
 
 		 629 aa  230  5e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0915  hypothetical protein  29.36 
 
 		 629 aa  230  5e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.621358  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1202  hypothetical protein  29.36 
 
 		 629 aa  230  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2177  hypothetical protein  29.36 
 
 		 629 aa  230  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.455723  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4431  hypothetical protein  29.13 
 
 		 630 aa  230  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.853044 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0248  hypothetical protein  29.2 
 
 		 629 aa  230  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195866  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1700  SciC protein  29.2 
 
 		 629 aa  229  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3011  hypothetical protein  29.37 
 
 		 628 aa  229  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.548541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1621  hypothetical protein  28.3 
 
 		 626 aa  228  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0136  hypothetical protein  28.21 
 
 		 626 aa  228  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.640708  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0150  hypothetical protein  28.3 
 
 		 626 aa  228  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0172  hypothetical protein  28.37 
 
 		 626 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0527  type VI secretion protein, VC_A0110 family  28.76 
 
 		 630 aa  226  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3640  hypothetical protein  29.97 
 
 		 612 aa  225  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.36511  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3631  hypothetical protein  29.97 
 
 		 612 aa  225  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3656  hypothetical protein  29.97 
 
 		 612 aa  225  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2173  hypothetical protein  29.12 
 
 		 610 aa  224  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0216331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0056  hypothetical protein  29.97 
 
 		 612 aa  224  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>