More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4066 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4066  gamma-carboxygeranoyl-CoA hydratase  100 
 
 
271 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000891346 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1775  gamma-carboxygeranoyl-CoA hydratase  99.26 
 
 
271 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.337379  hitchhiker  0.0077103 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3664  gamma-carboxygeranoyl-CoA hydratase  98.15 
 
 
271 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00705793  hitchhiker  0.000000000357336 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1810  gamma-carboxygeranoyl-CoA hydratase  93.73 
 
 
271 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.404881  normal  0.217331 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3658  gamma-carboxygeranoyl-CoA hydratase  78.6 
 
 
271 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.551488  normal  0.0572625 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2468  gamma-carboxygeranoyl-CoA hydratase  77.24 
 
 
291 aa  431  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.680829  normal  0.0128185 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2031  gamma-carboxygeranoyl-CoA hydratase  77.86 
 
 
266 aa  421  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  0.397516 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2737  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  75.37 
 
 
282 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49530  gamma-carboxygeranoyl-CoA hydratase  71.37 
 
 
264 aa  365  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0107065  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3276  gamma-carboxygeranoyl-CoA hydratase  66.92 
 
 
265 aa  361  8e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38470  gamma-carboxygeranoyl-CoA hydratase  66.92 
 
 
265 aa  361  8e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1456  enoyl-CoA hydratase/isomerase  50 
 
 
279 aa  256  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.735786  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3225  enoyl-CoA hydratase/isomerase  49.8 
 
 
279 aa  251  7e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.525269  normal  0.0125073 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05478  enoyl-CoA hydratase/isomerase  49.6 
 
 
281 aa  249  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2927  enoyl-CoA hydratase/isomerase  48.8 
 
 
273 aa  249  4e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2247  enoyl-CoA hydratase/isomerase  49.8 
 
 
272 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2799  enoyl-CoA hydratase/isomerase  49.2 
 
 
292 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02414  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  48.8 
 
 
266 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2729  enoyl-CoA hydratase/isomerase  47.69 
 
 
270 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2572  enoyl-CoA hydratase/isomerase  50.4 
 
 
266 aa  240  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2830  enoyl-CoA hydratase/isomerase  47.66 
 
 
290 aa  236  3e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1528  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  47.67 
 
 
293 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.837237  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1360  enoyl-CoA hydratase/isomerase  49.38 
 
 
276 aa  236  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.687458 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2975  enoyl-CoA hydratase/isomerase  48.59 
 
 
289 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.517707 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2848  enoyl-CoA hydratase/isomerase  47.27 
 
 
290 aa  235  7e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3291  enoyl-CoA hydratase/isomerase  50.8 
 
 
263 aa  234  8e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1895  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  48.4 
 
 
288 aa  234  9e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1717  enoyl-CoA hydratase/isomerase  48 
 
 
288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2396  methylglutaconyl-CoA hydratase  48 
 
 
286 aa  233  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.866183 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2324  methylglutaconyl-CoA hydratase  48 
 
 
281 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000379  methylglutaconyl-CoA hydratase  46.64 
 
 
260 aa  231  8.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1670  methylglutaconyl-CoA hydratase  47.6 
 
 
286 aa  230  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001541  methylglutaconyl-CoA hydratase  46.03 
 
 
279 aa  228  9e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0949  enoyl-CoA hydratase  45.95 
 
 
261 aa  222  6e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.362092  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1601  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  45.88 
 
 
262 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0652  enoyl-CoA hydratase  45.95 
 
 
261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.572722  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0804  enoyl-CoA hydratase  45.95 
 
 
261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1957  enoyl-CoA hydratase  45.95 
 
 
261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0540  enoyl-CoA hydratase  45.95 
 
 
261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0469  enoyl-CoA hydratase  45.95 
 
 
261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2054  enoyl-CoA hydratase  45.95 
 
 
261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577425  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1606  enoyl-CoA hydratase  45.95 
 
 
261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2117  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.8 
 
 
262 aa  219  3e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.346332 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0267  enoyl-CoA hydratase  44.44 
 
 
264 aa  216  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3358  methylglutaconyl-CoA hydratase  45.8 
 
 
263 aa  216  5e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2124  enoyl-CoA hydratase/isomerase  45.82 
 
 
269 aa  215  7e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2066  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.9 
 
 
273 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0341  enoyl-CoA hydratase  43.27 
 
 
268 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0310  enoyl-CoA hydratase  40.61 
 
 
268 aa  210  2e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.305659  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0118  enoyl-CoA hydratase  42.53 
 
 
264 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3831  enoyl-CoA hydratase  42.25 
 
 
258 aa  209  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4159  enoyl-CoA hydratase  43.85 
 
 
259 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.965459  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1942  methylglutaconyl-CoA hydratase  45.31 
 
 
275 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0126  enoyl-CoA hydratase  42.53 
 
 
264 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1791  hypothetical protein  44.27 
 
 
276 aa  205  6e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4688  enoyl-CoA hydratase  43.15 
 
 
261 aa  205  7e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.484689  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0473  enoyl-CoA hydratase  43.41 
 
 
260 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7690  Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  43.48 
 
 
266 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0962  enoyl-CoA hydratase  42.91 
 
 
261 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.663833 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1889  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.6 
 
 
261 aa  203  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3560  enoyl-CoA hydratase  41.94 
 
 
261 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.68244  normal  0.681353 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3761  enoyl-CoA hydratase  41.27 
 
 
260 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.688141  normal  0.940889 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1792  hypothetical protein  43.13 
 
 
276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0750  enoyl-CoA hydratase  45.74 
 
 
263 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.610305  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1802  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  45.12 
 
 
262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.80898  normal  0.0526792 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3042  enoyl-CoA hydratase  42.04 
 
 
260 aa  199  3e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.421055  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4127  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.22 
 
 
266 aa  199  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.128801  normal  0.190874 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1346  enoyl-CoA hydratase  44.08 
 
 
288 aa  199  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0577541  normal  0.0344191 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4721  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.45 
 
 
262 aa  199  3.9999999999999996e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5972  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.87 
 
 
261 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1319  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.91 
 
 
266 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396257 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4421  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.91 
 
 
266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0383  enoyl-CoA hydratase  43.41 
 
 
259 aa  195  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0361289  hitchhiker  0.00761881 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3958  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.53 
 
 
266 aa  194  9e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31062  normal  0.506676 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5776  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.67 
 
 
266 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1464  enoyl-CoA hydratase  43.46 
 
 
262 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.366926  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3840  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.67 
 
 
266 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.954911  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1196  enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.98 
 
 
261 aa  190  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4528  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.67 
 
 
266 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0222933  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5267  enoyl-CoA hydratase  40.93 
 
 
265 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3468  enoyl-CoA hydratase  43.24 
 
 
261 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.364811  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0963  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  40 
 
 
256 aa  188  8e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1071  methylglutaconyl-CoA hydratase  40 
 
 
256 aa  188  8e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0113  enoyl-CoA hydratase  42.08 
 
 
262 aa  188  9e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.831408  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1856  enoyl-CoA hydratase/isomerase  44.4 
 
 
263 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.128086  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0425  enoyl-CoA hydratase  41.7 
 
 
261 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00100  enoyl-CoA hydratase  46.69 
 
 
265 aa  187  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0191435  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0090  enoyl-CoA hydratase  43.63 
 
 
261 aa  186  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1507  enoyl-CoA hydratase  45.77 
 
 
261 aa  185  7e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.20368  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5034  enoyl-CoA hydratase  40.93 
 
 
261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3129  enoyl-CoA hydratase  40.93 
 
 
261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114745  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5238  enoyl-CoA hydratase  40.93 
 
 
261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450674  normal  0.97533 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3642  enoyl-CoA hydratase  41.06 
 
 
260 aa  182  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184477  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1515  enoyl-CoA hydratase/isomerase  46.77 
 
 
262 aa  182  6e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.320841  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1150  enoyl-CoA hydratase  41.86 
 
 
260 aa  182  7e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.283717 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0223  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.61 
 
 
265 aa  179  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0853  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.27 
 
 
258 aa  177  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.490651  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2941  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.23 
 
 
264 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0701777  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0889  putative enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.62 
 
 
275 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.65979 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4586  enoyl-CoA hydratase  41.31 
 
 
261 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.612429 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>