152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4003 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4003  outer-membrane lipoprotein carrier protein  100 
 
 
228 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0440839  hitchhiker  0.00291295 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1830  outer-membrane lipoprotein carrier protein  100 
 
 
207 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0153108 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3608  outer-membrane lipoprotein carrier protein  98.55 
 
 
207 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3407  outer-membrane lipoprotein carrier protein  93.36 
 
 
211 aa  394  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3585  outer-membrane lipoprotein carrier protein  78.74 
 
 
206 aa  329  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151832  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3178  outer-membrane lipoprotein carrier protein  75.36 
 
 
207 aa  320  8e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308735  normal  0.0497193 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3348  outer membrane lipoprotein carrier protein  74.88 
 
 
207 aa  318  6e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00496768  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28210  outer-membrane lipoprotein carrier protein  63.29 
 
 
207 aa  275  6e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.372853  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30310  outer-membrane lipoprotein carrier protein  64.42 
 
 
208 aa  271  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2594  outer-membrane lipoprotein carrier protein  64.42 
 
 
208 aa  271  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2387  outer-membrane lipoprotein carrier protein  62.98 
 
 
208 aa  268  7e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2435  outer-membrane lipoprotein carrier protein  43.75 
 
 
210 aa  180  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.699017  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1549  outer-membrane lipoprotein carrier protein  43.96 
 
 
216 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1571  outer membrane lipoprotein carrier  43.09 
 
 
233 aa  145  5e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.199657  normal  0.807566 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1753  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  42.31 
 
 
233 aa  145  5e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0975512  normal  0.0644178 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0893  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  39.53 
 
 
238 aa  137  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0787284 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1497  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  38.46 
 
 
202 aa  135  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.540106  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1296  Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  34.31 
 
 
208 aa  129  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.435605 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1765  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  34.62 
 
 
219 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.455724  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1729  hypothetical protein  36.84 
 
 
202 aa  124  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1729  hypothetical protein  36.84 
 
 
202 aa  123  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0178  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  36.26 
 
 
207 aa  122  6e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1125  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  31.07 
 
 
205 aa  118  6e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.437749 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0377  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, putative  33.79 
 
 
230 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0547  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  33.79 
 
 
230 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.117593  hitchhiker  0.000046415 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1281  outer-membrane lipoproteins carrier protein  30.81 
 
 
211 aa  117  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.866532  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1342  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  30.81 
 
 
211 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2340  outer-membrane lipoprotein carrier protein  32.39 
 
 
215 aa  116  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.197859 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3255  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  32.52 
 
 
215 aa  115  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00308863  hitchhiker  0.000000000848281 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1394  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  31.58 
 
 
208 aa  113  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0348  Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  32.66 
 
 
236 aa  113  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2151  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.5 
 
 
215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.100483  normal  0.437177 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0686  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.33 
 
 
214 aa  111  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.973881  normal  0.650962 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1783  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  32.69 
 
 
208 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.839422  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2555  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.5 
 
 
215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.442107  normal  0.931729 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0757  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  33.5 
 
 
212 aa  109  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000775377 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1669  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  35.14 
 
 
223 aa  108  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.632485  normal  0.483182 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2599  outer-membrane lipoprotein carrier protein  32.47 
 
 
212 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1694  periplasmic chaperone LolA  32.08 
 
 
208 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.972431  normal  0.23288 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1121  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  32.79 
 
 
203 aa  106  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.310503  normal  0.176319 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0636  outer-membrane lipoprotein carrier protein  29.95 
 
 
231 aa  104  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1711  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.72 
 
 
214 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.113541  normal  0.724755 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2003  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.67 
 
 
205 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0691  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.3 
 
 
227 aa  103  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.947793  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2719  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  32.28 
 
 
212 aa  100  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72131  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4079  outer-membrane lipoprotein carrier protein  29.39 
 
 
229 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3440  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.7 
 
 
244 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.544535 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1039  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.7 
 
 
244 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236245  normal  0.725621 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3381  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  32.28 
 
 
210 aa  101  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.23519 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1160  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  31.22 
 
 
227 aa  100  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5362  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  33.02 
 
 
211 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3425  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  30 
 
 
211 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.936296  normal  0.790188 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1760  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  31.8 
 
 
216 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.889402 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0848  outer-membrane lipoprotein carrier protein  29.2 
 
 
229 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255068  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0836  outer-membrane lipoprotein carrier protein  29.2 
 
 
229 aa  99.8  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.234955  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0937  outer-membrane lipoprotein carrier protein  28.95 
 
 
229 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.723645  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3210  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  34.39 
 
 
216 aa  98.2  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.378959  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1684  outer-membrane lipoprotein carrier protein  30.81 
 
 
203 aa  97.4  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.146126 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2422  outer-membrane lipoprotein carrier protein  29.33 
 
 
229 aa  97.8  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461482  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00895  outer-membrane lipoprotein carrier protein precursor  33 
 
 
204 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.169529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2752  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  33 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000100398  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0497  outer-membrane lipoprotein carrier protein  29.33 
 
 
229 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00902  hypothetical protein  33 
 
 
204 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214105  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0976  outer-membrane lipoprotein carrier protein  29.33 
 
 
229 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1053  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0514291  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0626  outer-membrane lipoprotein carrier protein  32.14 
 
 
198 aa  97.1  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0165352  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0996  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00638939  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0966  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.015889  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2437  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0718725  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2705  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0180788  normal  0.777132 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2229  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33 
 
 
203 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583755  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1842  outer-membrane lipoprotein carrier protein  30.69 
 
 
198 aa  96.3  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.153772  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1562  outer-membrane lipoprotein carrier protein  28.79 
 
 
236 aa  95.5  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1286  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  31.6 
 
 
210 aa  95.5  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699876  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1935  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.33 
 
 
212 aa  94.4  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.765114  normal  0.707119 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2595  outer-membrane lipoprotein carrier protein  30.81 
 
 
202 aa  94.7  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00615115  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1614  outer-membrane lipoprotein carrier protein  30.81 
 
 
202 aa  94.7  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.154829  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2684  outer-membrane lipoprotein carrier protein  30.81 
 
 
202 aa  94.7  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.272207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2121  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.56 
 
 
238 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0711049  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3076  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.56 
 
 
238 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.132409  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0791  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.56 
 
 
238 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.654977  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2623  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.56 
 
 
238 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.460756  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2989  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.56 
 
 
240 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3041  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.56 
 
 
238 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1989  outer-membrane lipoprotein carrier protein  33.56 
 
 
238 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1415  outer-membrane lipoprotein carrier protein  30.85 
 
 
204 aa  94.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.560758  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0765  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.17 
 
 
217 aa  92.8  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0575497  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0706  outer-membrane lipoprotein carrier protein  31.22 
 
 
214 aa  92.8  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01040  outer-membrane lipoprotein carrier protein  28.71 
 
 
216 aa  92.4  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.331194  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0966  outer-membrane lipoprotein carrier protein  31.53 
 
 
203 aa  92.4  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0187172  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0995  outer-membrane lipoprotein carrier protein  31.53 
 
 
203 aa  92.4  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06126  outer-membrane lipoprotein carrier protein  28.71 
 
 
216 aa  92.4  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.294227  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1060  outer-membrane lipoprotein carrier protein  31.53 
 
 
203 aa  92.4  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1075  outer-membrane lipoprotein carrier protein  31.53 
 
 
203 aa  92.4  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1026  outer-membrane lipoprotein carrier protein  31.53 
 
 
203 aa  92.4  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1720  outer-membrane lipoprotein carrier protein  29.8 
 
 
203 aa  92  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0814  outer-membrane lipoprotein carrier protein  28.5 
 
 
204 aa  91.7  9e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000179338  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2051  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  28.73 
 
 
206 aa  91.7  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00204466  hitchhiker  0.0003026 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1988  outer-membrane lipoprotein carrier protein  29.8 
 
 
203 aa  91.3  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.937867  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0795  outer-membrane lipoprotein carrier protein  31.22 
 
 
214 aa  90.5  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.111148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>