89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3988 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3988  hypothetical protein  100 
 
 		 682 aa  1390    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.544109  hitchhiker  0.00814406 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3436  hypothetical protein  41.03 
 
 		 667 aa  484  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0529  hypothetical protein  29.14 
 
 		 609 aa  57.4  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.320462  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4377  ATPase domain-containing protein  27.86 
 
 		 594 aa  55.1  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3853  hypothetical protein  26.53 
 
 		 662 aa  54.7  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000936749  normal  0.0170599 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0301  histidine kinase  31.5 
 
 		 994 aa  54.3  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1455  hypothetical protein  32.54 
 
 		 860 aa  53.5  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.316955 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2338  ATP-binding region ATPase domain protein  26.21 
 
 		 638 aa  52.8  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.268084  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1182  hypothetical protein  28.1 
 
 		 671 aa  52.8  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0023926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0286  hypothetical protein  35.58 
 
 		 681 aa  52  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12322  heat shock protein 90  27.27 
 
 		 647 aa  51.6  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2474  heat shock protein 90  24.24 
 
 		 636 aa  50.8  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0369006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0826  heat shock protein 90  26.47 
 
 		 657 aa  50.1  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.257658 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0911  heat shock protein 90  26.47 
 
 		 627 aa  50.4  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1817  heat shock protein 90  25.56 
 
 		 651 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.290243  normal  0.0459301 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0495  ATP-binding region ATPase domain protein  31.09 
 
 		 598 aa  49.7  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2657  heat shock protein 90  24.62 
 
 		 636 aa  49.7  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0502417  hitchhiker  0.00031577 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3387  heat shock protein 90  25 
 
 		 643 aa  49.7  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2565  histidine kinase  25.69 
 
 		 796 aa  50.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_69965  Heat shock protein 90 homolog  25.52 
 
 		 709 aa  48.9  0.0003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0615348  normal  0.460781 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4676  heat shock protein 90  28.47 
 
 		 657 aa  48.5  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1428  heat shock protein 90  27.23 
 
 		 637 aa  48.1  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000680402  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4048  histidine kinase  28.46 
 
 		 773 aa  48.1  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219479  normal  0.803154 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2202  DNA mismatch repair ATPase-like protein  25.95 
 
 		 651 aa  48.1  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000849326  normal  0.525867 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3701  Heat shock protein Hsp90-like protein  24.46 
 
 		 640 aa  47  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.93558  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4168  heat shock protein 90  26.87 
 
 		 629 aa  47  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.160009  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2091  hypothetical protein  28.99 
 
 		 642 aa  47  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0452  heat shock protein 90  23.67 
 
 		 629 aa  47.4  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0856  heat shock protein 90  27.08 
 
 		 627 aa  46.6  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.585619 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1195  heat shock protein 90  27.41 
 
 		 628 aa  47  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4208  ATP-binding region ATPase domain protein  29.57 
 
 		 589 aa  46.2  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.136628  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2017  heat shock protein 90  25.41 
 
 		 637 aa  46.2  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.655724 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1703  DNA mismatch repair protein MutL  40.91 
 
 		 603 aa  45.8  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2441  histidine kinase  30.23 
 
 		 674 aa  46.2  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.459087  unclonable  0.00000000106284 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1062  hypothetical protein  28.18 
 
 		 644 aa  46.2  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.183826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2214  heat shock protein 90  25.71 
 
 		 642 aa  46.2  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000258546  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2655  histidine kinase  24.87 
 
 		 771 aa  46.2  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129531  normal  0.0835586 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54331  mutl-like protein 1  31.15 
 
 		 695 aa  46.2  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.719113  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0323  DNA mismatch repair protein MutL  40 
 
 		 652 aa  46.2  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4650  heat shock protein 90  25.56 
 
 		 651 aa  46.2  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.865896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_55215  heat shock protein Hsp90  27.21 
 
 		 780 aa  45.8  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4673  heat shock protein 90  24.39 
 
 		 631 aa  45.8  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25549  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1188  heat shock protein 90  26.95 
 
 		 626 aa  45.8  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0072  DNA mismatch repair protein  28.57 
 
 		 647 aa  45.8  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1643  hypothetical protein  30.56 
 
 		 361 aa  45.8  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0268  histidine kinase  26.67 
 
 		 738 aa  45.4  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0504  signal transduction protein, histidine kinase  30.08 
 
 		 997 aa  45.4  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.284164  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0243  heat shock protein 90  25 
 
 		 650 aa  45.8  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1800  heat shock protein Hsp90  26.32 
 
 		 646 aa  45.1  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2392  heat shock protein 90  23.98 
 
 		 646 aa  45.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.393625  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0943  heat shock protein 90  25 
 
 		 603 aa  45.1  0.004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3783  histidine kinase  27.22 
 
 		 946 aa  45.4  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.377863  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0584  DNA mismatch repair protein MutL  32.32 
 
 		 602 aa  45.1  0.004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.969564  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09831  heat shock protein 90  25.17 
 
 		 634 aa  45.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1771  heat shock protein 90  24.1 
 
 		 633 aa  45.4  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000171528  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0416  heat shock protein 90  24.1 
 
 		 633 aa  45.4  0.004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000647765  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2208  heat shock protein HtpG  25.41 
 
 		 635 aa  45.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.741152  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4376  HSP90 family molecular chaperone-like  24.81 
 
 		 838 aa  45.4  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5467  heat shock protein 90  29.86 
 
 		 610 aa  44.7  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.306325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0684  hypothetical protein  25.98 
 
 		 673 aa  45.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.093919  hitchhiker  0.000000000000985329 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4222  hypothetical protein  31.91 
 
 		 640 aa  44.7  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0484  heat shock protein 90  23.98 
 
 		 662 aa  44.7  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1589  hypothetical protein  27.43 
 
 		 698 aa  45.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.242692  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0695  HSP90 family protein  28.33 
 
 		 643 aa  44.7  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1155  heat shock protein 90  26 
 
 		 626 aa  44.7  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26010  TRAP1, Heat Shock Protein 90  23.88 
 
 		 700 aa  44.7  0.006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0886232  normal  0.373209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1028  heat shock protein 90  26 
 
 		 626 aa  44.7  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.162426  normal  0.169491 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20340  heat shock protein 90  23.85 
 
 		 644 aa  44.3  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3587  heat shock protein 90  26.12 
 
 		 629 aa  44.3  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0899  heat shock protein 90  25.18 
 
 		 634 aa  44.3  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.460903  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1489  histidine kinase  28.12 
 
 		 774 aa  44.7  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3489  heat shock protein 90  28.36 
 
 		 665 aa  44.3  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.179421 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2812  heat shock protein 90  29.1 
 
 		 637 aa  44.3  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5718  Molecular chaperone HSP90 family-like protein  27.64 
 
 		 872 aa  44.3  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.903577 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2614  heat shock protein 90  28.36 
 
 		 665 aa  44.3  0.008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_18793  predicted protein  25.56 
 
 		 750 aa  44.3  0.008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0848  heat shock protein 90  27.69 
 
 		 634 aa  44.3  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.846275  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5351  heat shock protein 90  25.19 
 
 		 630 aa  44.3  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.514382 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0864  DNA mismatch repair protein  42 
 
 		 645 aa  44.3  0.008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.23826  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5199  heat shock protein 90  25 
 
 		 610 aa  43.9  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.661804  normal  0.486638 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1494  DNA mismatch repair protein MutL  40.91 
 
 		 692 aa  43.9  0.009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1910  heat shock protein 90  25.22 
 
 		 650 aa  43.9  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.194345 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0960  heat shock protein 90  25.33 
 
 		 626 aa  43.9  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.515332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3976  DNA mismatch repair protein MutL  40.43 
 
 		 639 aa  43.9  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3949  histidine kinase  20.3 
 
 		 679 aa  43.9  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0466  heat shock protein 90  23.98 
 
 		 650 aa  43.9  0.01  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1548  heat shock protein 90  26.92 
 
 		 630 aa  43.9  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00180815  normal  0.134338 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0475  heat shock protein 90  23.98 
 
 		 650 aa  43.9  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0953677 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0260  heat shock protein 90  26.47 
 
 		 627 aa  43.9  0.01  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.694865  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>