138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3979 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3499  ISPpu14, transposase Orf1  100 
 
 		 106 aa  214  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3979  ISPpu14, transposase Orf1  100 
 
 		 106 aa  214  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.061856 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4437  ISPpu14, transposase Orf1  100 
 
 		 106 aa  214  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0039  transposase IS3/IS911 family protein  100 
 
 		 106 aa  214  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.251766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3966  ISPpu14, transposase Orf1  99.06 
 
 		 106 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0732889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4441  ISPpu14, transposase Orf1  93.4 
 
 		 106 aa  204  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000439178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5398  ISPpu14, transposase Orf1  93.4 
 
 		 106 aa  204  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180898  hitchhiker  0.00224199 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59560  putative transposase  88.64 
 
 		 88 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000451913  hitchhiker  4.3260500000000003e-19 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5581  hypothetical protein  40.78 
 
 		 110 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4023  transposase IS3/IS911 family protein  36.61 
 
 		 125 aa  85.1  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5175  transposase IS3/IS911 family protein  41.35 
 
 		 110 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6937  transposase IS3/IS911 family protein  38.05 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2255  transposase IS3/IS911 family protein  38.46 
 
 		 113 aa  74.3  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1192  transposase IS3/IS911 family protein  37.5 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1020  transposase IS3/IS911 family protein  37.5 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2521  transposase IS3/IS911 family protein  37.5 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.172695  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1403  transposase IS3/IS911 family protein  37.5 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1168  transposase IS3/IS911 family protein  29.57 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.375824  normal  0.242343 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2667  transposase IS3/IS911 family protein  29.57 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0835  transposase IS3/IS911 family protein  29.57 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.333335 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2977  transposase IS3/IS911 family protein  29.57 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2417a  hypothetical protein  35.78 
 
 		 128 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2099  normal  0.256118 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1867  hypothetical protein  35.78 
 
 		 128 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.859913  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4447  transposase IS3/IS911 family protein  32.43 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.151096  normal  0.0837239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4330  hypothetical protein  48.68 
 
 		 79 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2709  transposase IS3/IS911  33.91 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6372  transposase ISRme19  28.32 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0092485 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1173  transposase IS3/IS911  32.17 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87408  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3061  transposase IS3/IS911  32.17 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5984  transposase IS3/IS911 family protein  34.95 
 
 		 115 aa  62.4  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4707  transposase IS3/IS911 family protein  33.93 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.15139  normal  0.0855064 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0712  transposase IS3/IS911 family protein  34.02 
 
 		 114 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0524  hypothetical protein  32.76 
 
 		 331 aa  59.3  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104385  hitchhiker  0.00639859 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6377  helix-turn-helix, Fis-type  46.67 
 
 		 146 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0570  transposase IS3/IS911 family protein  43.08 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0784738 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2457  transposase IS3/IS911 family protein  43.08 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.528659  normal  0.919358 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2918  transposase IS3/IS911 family protein  43.08 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.384593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6579  transposase IS3/IS911 family protein  38.71 
 
 		 159 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.421624  normal  0.0213341 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6838  transposase IS3/IS911 family protein  37.1 
 
 		 159 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2471  transposase IS3/IS911 family protein  32 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4274  ISSfl4 ORF1  46.81 
 
 		 224 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3806  transposase IS3/IS911  38.71 
 
 		 170 aa  53.5  0.0000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6338  transposase IS3/IS911 family protein  30.85 
 
 		 155 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.202859 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2589  putative IS3 transposase, TnpA  50 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.789608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0424  transposase IS3/IS911 family protein  29.75 
 
 		 136 aa  52.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4974  transposase IS3/IS911  44.64 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000160707  normal  0.614281 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1410  transposase IS3/IS911 family protein  40.79 
 
 		 147 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3090  transposase IS3/IS911 family protein  40.79 
 
 		 147 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.234179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0065  IS66 family orf1  35.29 
 
 		 225 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.22402  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0003  IS66 family orf1  35.29 
 
 		 225 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.930174  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0045  IS66 family orf1  35.29 
 
 		 225 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.88778  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3366  IS66 family orf1  35.29 
 
 		 225 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.451568  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4881  IS66 family orf1  35.29 
 
 		 225 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3124  IS66 family transposase orfA  35.29 
 
 		 225 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6339  transposase IS3/IS911  38.03 
 
 		 167 aa  50.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1759  IS66 family orf1  35.29 
 
 		 154 aa  50.8  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0153795  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1487  hypothetical protein  26.04 
 
 		 95 aa  50.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221833 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3324  hypothetical protein  26.04 
 
 		 95 aa  50.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.701643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0063  putative transposase  39.71 
 
 		 155 aa  50.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0080  putative ISPpu14, transposase Orf1  43.33 
 
 		 174 aa  50.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.195214 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2548  putative transposase, ISPpu14 Orf1 like  43.33 
 
 		 160 aa  50.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3738  putative transposase  43.33 
 
 		 160 aa  50.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6181  hypothetical protein  42.42 
 
 		 152 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0276  transposase IS3/IS911 family protein  39.44 
 
 		 126 aa  50.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2291  transposase IS3/IS911 family protein  33.64 
 
 		 147 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.112265  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0063  IS66 family element, orf1  42.55 
 
 		 139 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.854269  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0340  transposase IS3/IS911  46.34 
 
 		 167 aa  47.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394046  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0025  transposase family  42.55 
 
 		 139 aa  47.4  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000603896  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1057  transposase IS3/IS911 family protein  31.17 
 
 		 135 aa  47  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.905137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1090  transposase IS3/IS911 family protein  31.17 
 
 		 135 aa  47  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1364  transposase IS3/IS911 family protein  31.17 
 
 		 135 aa  46.2  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.059427 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1480  transposase IS3/IS911 family protein  31.17 
 
 		 135 aa  47  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.10456 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3137  IS66 family transposase orfA  42.55 
 
 		 141 aa  47  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7466  transposase IS3/IS911 family protein  36.92 
 
 		 154 aa  46.2  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0472  putative transposase IS3/IS911  35.42 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4855  transposase IS3/IS911  48.84 
 
 		 133 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3311  transposase IS3/IS911 family protein  48.84 
 
 		 133 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3182  transposase IS3/IS911 family protein  42.31 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87391  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5516  transposase IS3/IS911 family protein  29.7 
 
 		 156 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6366  transposase IS3/IS911 family protein  29.7 
 
 		 160 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1220  transposase IS3/IS911 family protein  29.7 
 
 		 156 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.40108  normal  0.0481139 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4917  transposase IS3/IS911 family protein  40.91 
 
 		 172 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.999875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0195  IS66 family element, orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0226  IS66 family element, orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1931  transposase  48.84 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.575693  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5537  transposase IS3/IS911  38.98 
 
 		 131 aa  45.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0144  IS66 family element, orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.642742  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6834  transposase IS3/IS911 family protein  48.84 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0021  IS66 family orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0040  IS66 family orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0070  IS66 family element  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0817  IS66 family orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.442103  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1405  IS66 family orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1762  IS66 family orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0423531  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2931  IS66 family orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3345  IS66 family orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3386  IS66 family orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4862  IS66 family orf1  37.14 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5054  transposase IS3/IS911 family protein  48.84 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.880446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5095  transposase IS3/IS911 family protein  48.84 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>