More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3934 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3934  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
313 aa  636    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.000018681  normal  0.0208763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1900  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 
301 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000662496  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3568  LysR family transcriptional regulator  95.3 
 
 
301 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000217515  normal  0.28284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3224  LysR family transcriptional regulator  85.57 
 
 
306 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.00000000148321  normal  0.133263 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
319 aa  162  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
297 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
297 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
294 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1337  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
297 aa  152  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.69 
 
 
307 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
296 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
294 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
296 aa  149  7e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 
312 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 
312 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 
317 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  34.01 
 
 
312 aa  145  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
300 aa  145  9e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2896  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
301 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.637701  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
320 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
320 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
298 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
290 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  34.11 
 
 
349 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
349 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 
299 aa  143  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
320 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
303 aa  143  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
294 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
298 aa  142  6e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
326 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
320 aa  142  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 
317 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
299 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
304 aa  142  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
305 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 
298 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 
298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
298 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  36 
 
 
290 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  29.55 
 
 
302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 
300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
300 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
309 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
310 aa  139  7.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
301 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
301 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
303 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
301 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5625  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
335 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
301 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
301 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
335 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 
294 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
301 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 
306 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
301 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.85 
 
 
311 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
296 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
310 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
301 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
311 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0952  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
301 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 
298 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 
302 aa  136  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
306 aa  136  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
304 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4011  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
299 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
310 aa  135  7.000000000000001e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
306 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
295 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
305 aa  135  8e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2478  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
299 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.695229 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
327 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
327 aa  135  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 
297 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>