82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3923 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3923  phosphoglycerate mutase  100 
 
 		 236 aa  477  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.807091  normal  0.0493015 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1912  phosphoglycerate mutase  97.88 
 
 		 288 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.210112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3557  phosphoglycerate mutase  93.22 
 
 		 236 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.370519  normal  0.395273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3212  phosphoglycerate mutase  86.02 
 
 		 236 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3115  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  67.8 
 
 		 236 aa  343  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.217101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2531  phosphoglycerate mutase  66.95 
 
 		 232 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.186608  normal  0.226457 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40850  hypothetical protein  62.71 
 
 		 236 aa  321  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3465  hypothetical protein  62.71 
 
 		 236 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.940841  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2459  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  59.75 
 
 		 236 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00611929  normal  0.037414 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2726  hypothetical protein  58.9 
 
 		 236 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27570  fructose-2,6-bisphosphatase  54.89 
 
 		 238 aa  257  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1922  phosphoglycerate mutase  35.98 
 
 		 236 aa  152  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.165977  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5438  Phosphoglycerate mutase  38.49 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0736619 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0633  phosphoglycerate mutase  32.49 
 
 		 234 aa  136  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3039  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  38.3 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.192648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5077  phosphoglycerate mutase  37.71 
 
 		 236 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4339  phosphoglycerate mutase  37.87 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3217  phosphoglycerate mutase  38.14 
 
 		 224 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2217  phosphoglycerate mutase  33.92 
 
 		 235 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5020  phosphoglycerate mutase  37.02 
 
 		 224 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.706116  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5840  phosphoglycerate mutase  37.02 
 
 		 224 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5275  phosphoglycerate mutase  37.29 
 
 		 236 aa  122  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2516  phosphoglycerate mutase  35.65 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2201  phosphoglycerate mutase  33.9 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.295745  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4560  phosphoglycerate mutase  36.07 
 
 		 223 aa  116  3e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0470  phosphoglycerate mutase  34.44 
 
 		 244 aa  115  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3124  Phosphoglycerate mutase  34.38 
 
 		 223 aa  115  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3851  phosphoglycerate mutase  34.38 
 
 		 223 aa  115  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0396  phosphoglycerate mutase  34.44 
 
 		 222 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4443  phosphoglycerate mutase  33.04 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769879 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0591  phosphoglycerate mutase  32.59 
 
 		 227 aa  112  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3732  phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 		 222 aa  112  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0365  phosphoglycerate mutase  34.76 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5047  phosphoglycerate mutase  35.98 
 
 		 225 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3612  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  31.76 
 
 		 224 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40878  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4713  Phosphoglycerate mutase  37.23 
 
 		 224 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119868  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3636  Phosphoglycerate mutase  37.23 
 
 		 224 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13480  fructose-2,6-bisphosphatase  33.47 
 
 		 220 aa  108  8.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0522  phosphoglycerate mutase family protein  32.63 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.848966  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2514  phosphoglycerate mutase family protein  32.63 
 
 		 229 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0407111  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0945  phosphoglycerate mutase family protein  32.63 
 
 		 229 aa  105  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1624  phosphoglycerate mutase family protein  32.63 
 
 		 229 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2652  phosphoglycerate mutase family protein  32.63 
 
 		 229 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1427  phosphoglycerate mutase family protein  32.63 
 
 		 229 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0280  phosphoglycerate mutase family protein  32.63 
 
 		 229 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.852489  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0244  phosphoglycerate mutase family protein  32.63 
 
 		 229 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3912  putative phosphoglycerate / bisphosphoglycerate mutase  31.4 
 
 		 224 aa  105  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.554732  normal  0.639977 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2072  phosphoglycerate mutase  28.4 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1791  Phosphoglycerate mutase  32.34 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1187  phosphoglycerate mutase  28.97 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.115538  normal  0.139993 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01060  Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  32.17 
 
 		 222 aa  102  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4246  phosphoglycerate mutase  29.64 
 
 		 271 aa  102  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2859  phosphoglycerate mutase  30.36 
 
 		 224 aa  99.8  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1811  phosphoglycerate mutase  32.51 
 
 		 225 aa  98.2  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1584  Phosphoglycerate mutase  36.02 
 
 		 211 aa  94.7  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0147945 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0109  phosphoglycerate mutase  28.07 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4516  Phosphoglycerate mutase  27.85 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1615  phosphoglycerate mutase  26.29 
 
 		 237 aa  53.9  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.979507  normal  0.794966 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1203  phosphoglycerate mutase  27.56 
 
 		 203 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3372  phosphoglyceromutase  27.75 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3445  phosphoglycerate mutase  26.72 
 
 		 223 aa  51.6  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0141958 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5351  phosphoglycerate mutase  27.68 
 
 		 203 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5604  phosphoglycerate mutase  28 
 
 		 202 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.335394  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5058  phosphoglycerate mutase  27.68 
 
 		 203 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4970  phosphoglycerate mutase  27.68 
 
 		 203 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1599  phosphoglycerate mutase  26.72 
 
 		 223 aa  49.3  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2787  Phosphoglycerate mutase  40.28 
 
 		 220 aa  47.4  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2067  phosphoglyceromutase  37.78 
 
 		 208 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.91358  hitchhiker  0.00883059 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3578  Phosphoglycerate mutase  24.48 
 
 		 225 aa  45.1  0.0009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100767 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4126  phosphoglyceromutase  26.09 
 
 		 211 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0444  phosphoglyceromutase  37.78 
 
 		 208 aa  44.7  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.114535  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1250  phosphoglycerate mutase  25.43 
 
 		 209 aa  44.7  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000119558  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0619  phosphoglycerate mutase family protein  28.77 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0245  phosphoglycerate mutase  24.77 
 
 		 220 aa  44.7  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.044549 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0235  phosphoglyceromutase  26.32 
 
 		 211 aa  44.3  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0808  Phosphoglycerate mutase  43.06 
 
 		 214 aa  43.9  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0275634 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3133  phosphoglyceromutase  33.33 
 
 		 228 aa  43.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.121125  normal  0.825822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4440  phosphoglyceromutase  26.09 
 
 		 211 aa  42.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.846173 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2062  phosphoglycerate mutase  28.05 
 
 		 229 aa  42.7  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.792733 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0234  Phosphoglycerate mutase  29.76 
 
 		 181 aa  42.7  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.953882 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1293  phosphoglycerate mutase family protein  24.14 
 
 		 221 aa  42  0.008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1900  phosphoglycerate mutase  22.49 
 
 		 188 aa  41.6  0.01  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>