58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3877 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3877  hypothetical protein  100 
 
 		 490 aa  995    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0282142 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1619  HK97 family phage major capsid protein  63.16 
 
 		 437 aa  529  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314426 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1753  phage major capsid protein, HK97  40.82 
 
 		 435 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.357661 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1622  hypothetical protein  40.63 
 
 		 439 aa  282  1e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.264122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1645  putative phage-related protein  42.51 
 
 		 444 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2686  phage major capsid protein, HK97 family  31.29 
 
 		 466 aa  154  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3652  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  39.42 
 
 		 393 aa  154  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2015  putative phage-related protein  26.28 
 
 		 446 aa  110  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0608266 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1640  hypothetical protein  24.42 
 
 		 431 aa  99.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4080  peptidase U35 phage prohead HK97  24.88 
 
 		 659 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4115  peptidase U35, phage prohead HK97  23.82 
 
 		 649 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5067  peptidase U35 phage prohead HK97  24.53 
 
 		 659 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2238  peptidase U35, phage prohead HK97  23.32 
 
 		 646 aa  81.6  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1284  major capsid protein HK97  28.25 
 
 		 416 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0461297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2892  putative prohead protease  22.47 
 
 		 645 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204536 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2246  putative prohead protease  22.47 
 
 		 645 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000101798 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1539  putative prohead protease  22.47 
 
 		 645 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  22.16 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  23.54 
 
 		 399 aa  67  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  22.14 
 
 		 397 aa  67  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3173  peptidase S49  25.77 
 
 		 781 aa  67  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.792634 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1458  HK97 family major capsid protein  24.73 
 
 		 388 aa  65.5  0.000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.90039  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1998  phage major capsid protein, HK97 family  24.51 
 
 		 438 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1085  HK97 family major capsid protein  23.17 
 
 		 405 aa  65.1  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0562  hypothetical protein  28.51 
 
 		 472 aa  64.3  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.123092  hitchhiker  0.000000108718 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5150  putative phage-related protein  22.53 
 
 		 409 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.788402  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0411  hypothetical protein  27.38 
 
 		 624 aa  63.2  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1150  hypothetical protein  27.38 
 
 		 624 aa  63.2  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1170  peptidase U35 phage prohead HK97  26.59 
 
 		 624 aa  60.5  0.00000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1628  HK97 family phage major capsid protein  21.68 
 
 		 400 aa  59.7  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0958  putative major phage head protein/prohead proteinase  26 
 
 		 357 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0701578 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0369  peptidase U35 phage prohead HK97  25.79 
 
 		 624 aa  58.9  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2852  phage major capsid protein, HK97 family  26.15 
 
 		 466 aa  56.2  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.107077  normal  0.025439 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1485  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  23.48 
 
 		 392 aa  55.1  0.000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  29.93 
 
 		 389 aa  54.7  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3980  phage major capsid protein, HK97 family  27.01 
 
 		 382 aa  54.7  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2954  phage major capsid protein, HK97  24.21 
 
 		 281 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.624972  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3898  major capsid protein HK97  24.25 
 
 		 279 aa  51.6  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  27.97 
 
 		 420 aa  51.6  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2910  phage major capsid protein, HK97  24.21 
 
 		 281 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2974  putative major phage head protein/prohead proteinase  25.25 
 
 		 360 aa  51.2  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.594334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0922  HK97 family phage major capsid protein  25 
 
 		 403 aa  50.8  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.255185 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  24.69 
 
 		 403 aa  50.1  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3078  phage major capsid protein, HK97  23.9 
 
 		 282 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.237973  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4981  HK97 family phage major capsid protein  26 
 
 		 359 aa  50.1  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5360  HK97 family phage major capsid protein  25.46 
 
 		 346 aa  49.7  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1299  peptidase U35, phage prohead HK97  24.48 
 
 		 663 aa  48.9  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.284846 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0852  major capsid protein, HK97 family  26.28 
 
 		 386 aa  48.9  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590991  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0337  phage major capsid protein, HK97  25.19 
 
 		 382 aa  47  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1719  phage major capsid protein, HK97  22.27 
 
 		 384 aa  47  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2025  phage major capsid protein, HK97  25.19 
 
 		 382 aa  47  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848367  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0569  phage major capsid protein, HK97 family  26.02 
 
 		 514 aa  45.8  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.361307  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3155  HK97 family phage major capsid protein  26.12 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0231727  normal  0.0147808 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1415  phage major capsid protein, HK97  29.5 
 
 		 417 aa  45.8  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3313  phage major capsid protein, HK97 family  22.5 
 
 		 562 aa  44.7  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533544 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1167  Phage major capsid protein, HK97  25.82 
 
 		 417 aa  44.7  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1542  Phage major capsid protein, HK97  26.76 
 
 		 419 aa  43.9  0.007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3867  HK97 family phage major capsid protein  24.37 
 
 		 425 aa  43.1  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292858 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>