34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3854 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3854  endolysin  100 
 
 		 179 aa  360  4e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2511  Lysozyme  60 
 
 		 162 aa  174  5e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.634364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0896  Lysozyme  56 
 
 		 161 aa  156  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.667287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0304  phage lysozyme  53.9 
 
 		 158 aa  143  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2276  lysozyme  52.86 
 
 		 158 aa  143  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00766878  hitchhiker  1.42848e-18 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00728  hypothetical protein  53.19 
 
 		 158 aa  140  8e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00935767  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10030  cell lysis protein  53.19 
 
 		 158 aa  140  8e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.011177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1613  lysozyme  53.19 
 
 		 158 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.875614  hitchhiker  0.00136066 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1700  bacteriophage endolysin protein  52.41 
 
 		 163 aa  135  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.210447  normal  0.0709181 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1526  Lysozyme  47.68 
 
 		 163 aa  120  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2416  glycoside hydrolase family protein  47.71 
 
 		 173 aa  119  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2111  Lysozyme  47.02 
 
 		 163 aa  112  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0193492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3045  phage lysozyme  44.74 
 
 		 165 aa  110  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011142 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4330  phage lysozyme  44.74 
 
 		 165 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664244 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1852  glycoside hydrolase family protein  46.94 
 
 		 150 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0259266  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15601  endolysin  35.12 
 
 		 266 aa  88.6  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.719479 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1848  putative bacteriophage endolysin protein  38.46 
 
 		 163 aa  85.9  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.166083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2206  lysozyme  38.17 
 
 		 630 aa  82.8  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0937  muramidase  40.77 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0617276  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0252  lysozyme  54.55 
 
 		 96 aa  78.6  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18641  endolysin  37.93 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.853518 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1047  muramidase  35.48 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0905977  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00141  hypothetical protein  51.95 
 
 		 76 aa  77.4  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.194943  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1036  muramidase  39.23 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1453  muramidase  35.06 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0618214 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3944  muramidase (phage lambda lysozyme)-like  36.24 
 
 		 347 aa  69.7  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0108797 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0209  hypothetical protein  35.46 
 
 		 274 aa  67  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0202291  normal  0.0118376 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00139  endolysin  57.89 
 
 		 99 aa  63.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.10006  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4318  glycoside hydrolase family protein  30.82 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1654  glycoside hydrolase family 24  33.33 
 
 		 227 aa  52  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3701  family 24 glycoside hydrolase  25.88 
 
 		 225 aa  50.4  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.653357  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1543  glycoside hydrolase family 24  30.6 
 
 		 237 aa  49.7  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2297  glycoside hydrolase family 24  27.1 
 
 		 204 aa  41.2  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.607803 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1004  glycoside hydrolase family protein  28.67 
 
 		 244 aa  40.8  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.974196 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>