More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3781 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3781  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein  100 
 
 
471 aa  977    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00490192 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29 
 
 
380 aa  137  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000136099  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12830  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.26 
 
 
385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.402755  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3351  coproporphyrinogen III oxidase  27.27 
 
 
378 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.315269 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0582  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  28.82 
 
 
388 aa  127  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3447  coproporphyrinogen III oxidase  26.75 
 
 
378 aa  126  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.286445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3343  coproporphyrinogen III oxidase  26.75 
 
 
378 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6524  Coproporphyrinogen dehydrogenase  27.49 
 
 
431 aa  126  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3278  coproporphyrinogen III oxidase  26.75 
 
 
378 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.026335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3267  coproporphyrinogen III oxidase  26.49 
 
 
378 aa  124  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3535  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  29.24 
 
 
383 aa  123  8e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000160096  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2293  coproporphyrinogen III oxidase  23.91 
 
 
377 aa  122  9e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3612  coproporphyrinogen III oxidase  28.06 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3097  coproporphyrinogen III oxidase  26.74 
 
 
378 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000345052 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3508  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  32.97 
 
 
381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.230764  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3455  coproporphyrinogen III oxidase  28.46 
 
 
380 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.766268  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3299  coproporphyrinogen III oxidase  26.74 
 
 
378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4035  coproporphyrinogen III oxidase  26.85 
 
 
379 aa  121  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.023291 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2008  coproporphyrinogen III oxidase  23.39 
 
 
377 aa  121  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0740  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.48 
 
 
378 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3387  coproporphyrinogen III oxidase  26.74 
 
 
378 aa  119  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4258  coproporphyrinogen III oxidase  26.48 
 
 
378 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3115  coproporphyrinogen III oxidase  26.74 
 
 
378 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0759  coproporphyrinogen III oxidase  26.74 
 
 
378 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573813 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0658  coproporphyrinogen III oxidase  24.48 
 
 
473 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  28.84 
 
 
399 aa  117  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02785  coproporphyrinogen III oxidase  25.9 
 
 
378 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.179359  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0007  coproporphyrinogen III oxidase  26.5 
 
 
391 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.712639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02748  hypothetical protein  25.9 
 
 
378 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.153415  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0755  coproporphyrinogen III oxidase  26.85 
 
 
379 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0770  coproporphyrinogen III oxidase  26.99 
 
 
378 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.261122  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1109  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  23.8 
 
 
377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.298913  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2082  coproporphyrinogen III oxidase  24.09 
 
 
375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0384  coproporphyrinogen III oxidase  29.31 
 
 
452 aa  114  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0825  coproporphyrinogen III oxidase  25.63 
 
 
376 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.330416  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.03 
 
 
382 aa  114  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0143  coproporphyrinogen III oxidase  25.63 
 
 
376 aa  114  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000483536 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0826  coproporphyrinogen III oxidase  25.63 
 
 
376 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.39 
 
 
388 aa  113  6e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.865362  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1583  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27 
 
 
374 aa  113  6e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0285  coproporphyrinogen III oxidase  24.19 
 
 
475 aa  113  7.000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2963  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.13 
 
 
387 aa  113  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000535992  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1519  coproporphyrinogen III oxidase  26.77 
 
 
437 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.313435  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.69 
 
 
396 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3225  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.36 
 
 
432 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000826969  normal  0.0243619 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1952  coproporphyrinogen III oxidase  23.89 
 
 
473 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0253288  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0740  coproporphyrinogen III oxidase  23.89 
 
 
472 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0364  coproporphyrinogen III oxidase  33.01 
 
 
395 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.250524  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3361  coproporphyrinogen III oxidase  26.17 
 
 
380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679793 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2750  coproporphyrinogen III oxidase  26.52 
 
 
437 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.892772  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0598  coproporphyrinogen III oxidase  24.71 
 
 
475 aa  110  4.0000000000000004e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2374  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.01 
 
 
448 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0208  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.29 
 
 
381 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000567402  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1180  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.1 
 
 
401 aa  110  5e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.219055  hitchhiker  0.00393596 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4159  coproporphyrinogen III oxidase  34.02 
 
 
386 aa  110  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002450  coproporphyrinogen III oxidase, oxygen-independent  24.62 
 
 
392 aa  110  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3814  coproporphyrinogen III oxidase  27.3 
 
 
449 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.156886  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4306  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.21 
 
 
375 aa  110  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0329595  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03584  coproporphyrinogen III oxidase  25.56 
 
 
390 aa  110  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3018  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.73 
 
 
393 aa  110  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0687  coproporphyrinogen III oxidase  24.27 
 
 
452 aa  110  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4335  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.51 
 
 
389 aa  110  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2480  radical SAM domain-containing protein  23.87 
 
 
453 aa  110  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.172452  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1554  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.32 
 
 
376 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000769723  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5151  coproporphyrinogen III oxidase  33.68 
 
 
391 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.294445  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5101  coproporphyrinogen III oxidase  33.68 
 
 
391 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608313  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4398  coproporphyrinogen III oxidase  28.44 
 
 
378 aa  109  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.601746  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1376  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.61 
 
 
384 aa  109  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.822523  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3577  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  31.52 
 
 
381 aa  109  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2234  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.93 
 
 
456 aa  109  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0025864  normal  0.861147 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3651  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  26 
 
 
400 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1360  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  28.94 
 
 
371 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.716239  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0614  coproporphyrinogen III oxidase  24.61 
 
 
472 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.546946  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1957  coproporphyrinogen III oxidase  27.27 
 
 
454 aa  108  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3577  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  31.4 
 
 
390 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0892028  normal  0.365381 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4974  coproporphyrinogen III oxidase  34.03 
 
 
391 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2693  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  22.5 
 
 
387 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3872  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27 
 
 
470 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4064  coproporphyrinogen III oxidase  28.44 
 
 
379 aa  108  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659192  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4339  coproporphyrinogen III oxidase  27.99 
 
 
378 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26628e-29 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4216  coproporphyrinogen III oxidase  28.44 
 
 
379 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5327  coproporphyrinogen III oxidase  32.45 
 
 
401 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4542  coproporphyrinogen III oxidase  28.44 
 
 
378 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.3385  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0603  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.42 
 
 
378 aa  107  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4054  coproporphyrinogen III oxidase  28.44 
 
 
379 aa  107  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.749761  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0876  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  23.37 
 
 
457 aa  107  5e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3288  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.84 
 
 
396 aa  107  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0537  coproporphyrinogen III oxidase  24.75 
 
 
386 aa  107  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0906426  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0110  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  24.03 
 
 
393 aa  107  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000543862  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4450  coproporphyrinogen III oxidase  28.12 
 
 
378 aa  106  9e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000131876  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1224  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.97 
 
 
370 aa  106  9e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.948437  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1579  coproporphyrinogen III oxidase  23.3 
 
 
474 aa  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00577188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0485  coproporphyrinogen III oxidase  33.68 
 
 
384 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1649  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.39 
 
 
374 aa  105  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1325  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  27.12 
 
 
380 aa  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2483  coproporphyrinogen III oxidase  24.93 
 
 
484 aa  106  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00279185  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3043  coproporphyrinogen III oxidase  28.3 
 
 
378 aa  106  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000458873  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.69 
 
 
394 aa  106  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1121  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  23.06 
 
 
378 aa  106  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.002803  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1464  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.91 
 
 
462 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000299867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>