More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3650 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3650  NUDIX hydrolase  100 
 
 
187 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0951104 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2080  NUDIX hydrolase  99.47 
 
 
187 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2258  NUDIX hydrolase  97.33 
 
 
187 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2253  NUDIX hydrolase  94.12 
 
 
187 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3237  NUDIX hydrolase  82.16 
 
 
187 aa  319  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.653435  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2670  mutT/nudix family protein  80.98 
 
 
187 aa  313  7e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0148269  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3444  NUDIX hydrolase  80.85 
 
 
187 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2404  NUDIX hydrolase  79.89 
 
 
187 aa  311  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387956  normal  0.764687 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0747  hypothetical protein  46.2 
 
 
177 aa  171  3.9999999999999995e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0360  MutT/nudix family protein  47.46 
 
 
183 aa  169  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0848637  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2533  NUDIX hydrolase  45.35 
 
 
179 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1733  NUDIX hydrolase  41.86 
 
 
181 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.361555  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2504  putative ADP-ribose pyrophosphatase, NUDIX hydrolase, nudF  41.86 
 
 
181 aa  160  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.589893 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1009  NUDIX hydrolase  44.05 
 
 
183 aa  159  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.454999  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4699  NUDIX hydrolase  41.86 
 
 
181 aa  158  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.367881  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1533  NUDIX hydrolase  41.86 
 
 
181 aa  158  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.692629  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1077  NUDIX hydrolase  41.86 
 
 
181 aa  158  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1557  NUDIX hydrolase  41.86 
 
 
181 aa  158  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.338858  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0391  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  41.28 
 
 
181 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1828  nudix hydrolase  41.28 
 
 
181 aa  157  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.54633  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1250  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  41.28 
 
 
181 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1733  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  41.28 
 
 
181 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1981  mutT/nudix family protein  41.28 
 
 
181 aa  157  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1661  NUDIX hydrolase  40.7 
 
 
181 aa  157  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.753225  normal  0.0347123 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2508  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  41.28 
 
 
181 aa  157  7e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0771  nudix hydrolase  41.28 
 
 
181 aa  157  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.176902  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1363  hypothetical protein  43.45 
 
 
184 aa  157  7e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.352829  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1812  nudix hydrolase  41.28 
 
 
181 aa  157  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1675  NUDIX hydrolase  40.11 
 
 
198 aa  156  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.366016 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1458  NUDIX hydrolase  40.11 
 
 
198 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.644739  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1479  NUDIX hydrolase  40.7 
 
 
181 aa  155  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.277899  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3410  NUDIX hydrolase  42.86 
 
 
184 aa  154  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.564798  normal  0.674483 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2641  NUDIX hydrolase  43.35 
 
 
185 aa  153  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2482  NUDIX hydrolase  41.86 
 
 
182 aa  152  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000632611  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3231  NUDIX hydrolase  41.86 
 
 
182 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1320  NUDIX hydrolase  42.07 
 
 
194 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1410  NUDIX hydrolase  43.23 
 
 
212 aa  145  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3774  NUDIX hydrolase  40 
 
 
181 aa  145  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.288557  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1462  mutT/nudix family protein  39.64 
 
 
183 aa  143  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0744  NUDIX hydrolase  40.85 
 
 
186 aa  143  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1452  NUDIX hydrolase  42.86 
 
 
183 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.396235  normal  0.240783 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1272  NUDIX hydrolase  38.46 
 
 
183 aa  142  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0721  NUDIX hydrolase  42.76 
 
 
157 aa  142  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.267739 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1057  NUDIX hydrolase  42.26 
 
 
185 aa  141  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1217  NUDIX hydrolase  39.63 
 
 
194 aa  141  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0420645  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1601  NUDIX hydrolase  39.02 
 
 
195 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0469554  normal  0.381093 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3595  NUDIX hydrolase  41.99 
 
 
187 aa  140  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00459276  normal  0.106205 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1929  NUDIX hydrolase  39.02 
 
 
195 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.347104  normal  0.0451011 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1618  hypothetical protein  39.02 
 
 
195 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0463  NUDIX hydrolase  41.36 
 
 
187 aa  139  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.627854  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1874  hypothetical protein  38.37 
 
 
181 aa  139  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0897889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4269  NUDIX hydrolase  41.07 
 
 
183 aa  138  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0630119  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1676  NUDIX hydrolase  39.41 
 
 
182 aa  137  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.564236  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4167  NUDIX hydrolase  40.48 
 
 
183 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.39086 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2079  NUDIX hydrolase  39.41 
 
 
182 aa  137  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.912784 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2817  NUDIX hydrolase  39.66 
 
 
201 aa  137  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  hitchhiker  0.00000248326 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2091  NUDIX hydrolase  36.63 
 
 
181 aa  135  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15850  hypothetical protein  42.86 
 
 
184 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0332954 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1841  hypothetical protein  40.85 
 
 
187 aa  135  4e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0240  NUDIX hydrolase  43.29 
 
 
183 aa  135  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.930023  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2117  NUDIX hydrolase  39.31 
 
 
196 aa  135  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.018357 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2127  NUDIX hydrolase  41.46 
 
 
187 aa  135  4e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2472  NUDIX hydrolase  38.29 
 
 
182 aa  134  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0242513  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39630  NUDIX hydrolase  36.9 
 
 
185 aa  134  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2571  NUDIX hydrolase  38.01 
 
 
181 aa  132  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.188087  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2017  NUDIX hydrolase  39.52 
 
 
183 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1077  NUDIX hydrolase  39.63 
 
 
173 aa  131  6e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.167553 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3823  NUDIX hydrolase  38.71 
 
 
198 aa  129  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721473  normal  0.0483324 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1223  NUDIX hydrolase  39.87 
 
 
182 aa  125  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.186298 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2899  NUDIX hydrolase  38.03 
 
 
187 aa  96.7  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0537  NUDIX hydrolase  32.3 
 
 
190 aa  94.7  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.572946  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2385  NUDIX hydrolase  36.73 
 
 
187 aa  93.6  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.189203  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0480  NUDIX hydrolase  33.75 
 
 
184 aa  90.1  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.227834  hitchhiker  0.00765199 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2213  NUDIX hydrolase  35.21 
 
 
200 aa  90.1  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.254598 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0013  NUDIX hydrolase  37.5 
 
 
166 aa  86.7  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.466543  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1988  NUDIX hydrolase  30.61 
 
 
204 aa  84  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104841 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1390  NUDIX hydrolase  34.69 
 
 
178 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.251426 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1690  NUDIX hydrolase  35.14 
 
 
184 aa  82.8  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000764223 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4556  NUDIX hydrolase  34.69 
 
 
178 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.499474  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0930  NUDIX hydrolase  34.69 
 
 
178 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0433868  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1412  NUDIX hydrolase  34.69 
 
 
178 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.533482  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1133  putative phosphatase  31.33 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0118269 
 
 
-
 
NC_002950  PG1735  MutT/nudix family protein  30.34 
 
 
184 aa  80.1  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3323  NUDIX hydrolase  34.03 
 
 
265 aa  79.7  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000568303  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1903  NUDIX hydrolase  32.65 
 
 
178 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.772083  normal  0.185103 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2144  NUDIX hydrolase  32.08 
 
 
171 aa  79  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0775  NUDIX hydrolase  32.56 
 
 
177 aa  78.6  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1331  NUDIX hydrolase  33.33 
 
 
178 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.051474  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1292  NUDIX hydrolase  33.33 
 
 
178 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.387319  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0903  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  34.01 
 
 
183 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.332961  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0635  NUDIX/MutT family protein  31.87 
 
 
170 aa  77  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.318355  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2657  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  33.33 
 
 
184 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1432  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  34.01 
 
 
183 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3725  NUDIX hydrolase  28.57 
 
 
177 aa  77.4  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.962326 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0447  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  34.01 
 
 
209 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1643  NUDIX family hydrolase  34.01 
 
 
183 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0714  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  34.01 
 
 
209 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.429601  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1666  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  34.01 
 
 
183 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1821  MutT/NUDIX NTP pyrophosphatase  34.01 
 
 
209 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1315  putative phosphatase  32.65 
 
 
176 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174362  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>