More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3497 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01393  predicted peptidase  70.03 
 
 
653 aa  962    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3166  peptidase U32  86.92 
 
 
669 aa  1207    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.749383  normal  0.18817 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2211  peptidase U32  70.03 
 
 
653 aa  961    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.722535  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1782  peptidase, U32 family  69.2 
 
 
654 aa  931    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3497  U32 family peptidase  100 
 
 
666 aa  1380    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2431  peptidase U32  97.72 
 
 
657 aa  1335    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1614  U32 family peptidase  69.88 
 
 
667 aa  959    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2224  peptidase U32  69.88 
 
 
667 aa  959    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.787396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3086  peptidase U32  54.63 
 
 
669 aa  695    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.193528  normal  0.252382 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1718  peptidase, U32 family  69.2 
 
 
654 aa  930    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.378979  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1983  peptidase U32  70.48 
 
 
654 aa  964    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.156367 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3259  peptidase, U32 family  86.54 
 
 
668 aa  1180    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104421  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01403  hypothetical protein  70.03 
 
 
653 aa  962    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3097  peptidase U32  85.78 
 
 
668 aa  1197    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.241586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1796  peptidase U32  52.97 
 
 
629 aa  659    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.191326 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1033  collagenase  56.83 
 
 
667 aa  709    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.771528  normal  0.0721423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2383  peptidase U32  87.24 
 
 
662 aa  1199    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000437173 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1793  peptidase U32  56.26 
 
 
655 aa  688    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4811  peptidase U32  55.06 
 
 
668 aa  664    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0604959  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1738  peptidase, U32 family  69.04 
 
 
654 aa  928    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1739  U32 family peptidase  69.73 
 
 
653 aa  961    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00264856  hitchhiker  0.0000000000000113195 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0882  peptidase U32  56.31 
 
 
652 aa  687    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18310  Peptidase, U32 family  76.1 
 
 
666 aa  1063    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2040  peptidase, U32 family  69.88 
 
 
667 aa  959    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0020805  hitchhiker  3.90569e-18 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2414  peptidase U32  53.86 
 
 
672 aa  692    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.215421  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0396  peptidase U32  53.56 
 
 
640 aa  686    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2285  peptidase U32  54.38 
 
 
692 aa  666    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.437271  normal  0.0318374 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1721  peptidase, U32 family  69.04 
 
 
654 aa  929    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2870  peptidase U32  95.65 
 
 
666 aa  1328    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.615102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1557  peptidase, U32 family  69.04 
 
 
654 aa  929    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1589  peptidase U32  54.38 
 
 
667 aa  669    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2274  peptidase U32  99.85 
 
 
666 aa  1379    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.9196  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1519  U32 family peptidase  69.88 
 
 
667 aa  959    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0835  peptidase U32  50.95 
 
 
638 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0734  peptidase U32  50.08 
 
 
638 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0818  peptidase U32  49.76 
 
 
637 aa  598  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0828  peptidase U32  50.08 
 
 
638 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00452719  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3582  peptidase U32  50.39 
 
 
638 aa  601  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3514  peptidase U32  50.55 
 
 
638 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.163924 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0677  U32 family peptidase  50.39 
 
 
639 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3705  peptidase U32  50.55 
 
 
638 aa  601  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0800  peptidase U32  49.92 
 
 
638 aa  597  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0847  peptidase U32  50.31 
 
 
638 aa  592  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3138  peptidase U32  50.08 
 
 
638 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0821  peptidase U32  48.51 
 
 
644 aa  593  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3797  U32 family peptidase  49.3 
 
 
638 aa  591  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0726  peptidase U32  48.13 
 
 
667 aa  588  1e-166  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0764  peptidase U32  47.89 
 
 
649 aa  587  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0949  peptidase U32  48.66 
 
 
641 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1744  peptidase U32  41.56 
 
 
622 aa  482  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1338  U32 family protease  39.91 
 
 
621 aa  465  1e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.138533  normal  0.134167 
 
 
-
 
NC_002950  PG0753  protease  39.51 
 
 
635 aa  419  1e-116  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1861  peptidase U32  33.4 
 
 
810 aa  258  2e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2047  peptidase U32  32.05 
 
 
783 aa  253  1e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1637  peptidase U32  30.13 
 
 
847 aa  246  8e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0176  peptidase U32  33.52 
 
 
835 aa  239  9e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1712  peptidase U32  33.39 
 
 
862 aa  236  7e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000390003  normal  0.623925 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1278  peptidase U32  35.6 
 
 
847 aa  234  3e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.615717 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1511  peptidase family protein U32  32.39 
 
 
886 aa  230  5e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2136  U32 family peptidase  32.27 
 
 
783 aa  230  8e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1848  U32 family peptidase  32.65 
 
 
783 aa  230  8e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0229  peptidase U32  31.24 
 
 
872 aa  228  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.277324  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2086  peptidase U32  29.74 
 
 
839 aa  223  9.999999999999999e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2391  peptidase U32  38.53 
 
 
848 aa  222  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.740262  normal  0.817298 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0703  peptidase U32  33.33 
 
 
841 aa  217  4e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1336  peptidase U32  30.31 
 
 
817 aa  218  4e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0126233  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0544  peptidase U32  37.87 
 
 
835 aa  216  9e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.814985  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1374  peptidase U32  31.02 
 
 
838 aa  216  9e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.466002  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1237  putative peptidase U32 family protein  32.9 
 
 
851 aa  213  7.999999999999999e-54  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1649  peptidase U32  34.66 
 
 
852 aa  213  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3761  peptidase U32  31.57 
 
 
835 aa  212  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0962396  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0296  peptidase U32  30.49 
 
 
837 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0917  peptidase U32  33.69 
 
 
835 aa  212  2e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0426  peptidase U32  29.66 
 
 
767 aa  211  3e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1622  proteinase  33.02 
 
 
823 aa  209  1e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0350786 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2966  peptidase U32  32.4 
 
 
877 aa  208  3e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1159  hypothetical protein  30 
 
 
783 aa  206  1e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.904079  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08360  collagenase-like protease  30.37 
 
 
825 aa  206  1e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.593453 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1107  peptidase U32  31.71 
 
 
836 aa  206  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0104488  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02320  collagenase-like protease  32.02 
 
 
828 aa  202  1.9999999999999998e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.265597  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1655  peptidase U32  32.46 
 
 
833 aa  201  3.9999999999999996e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.296071  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1242  putative peptidase U32 family protein  32.51 
 
 
843 aa  199  1.0000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.648851 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0901  peptidase U32  35.92 
 
 
407 aa  199  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.451276  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2268  peptidase U32  30.84 
 
 
826 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2286  peptidase U32  28.46 
 
 
716 aa  198  3e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0699  peptidase U32  26.87 
 
 
722 aa  198  3e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1732  peptidase U32  32.72 
 
 
873 aa  197  6e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1459  peptidase U32  36.1 
 
 
723 aa  195  3e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1084  collagenase  38.87 
 
 
548 aa  194  3e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.795762  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1572  peptidase U32  36.53 
 
 
832 aa  194  3e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.812702  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0587  peptidase U32  38.78 
 
 
840 aa  194  4e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.684095  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0065  peptidase U32  36.93 
 
 
822 aa  194  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1775  peptidase U32  34.84 
 
 
419 aa  193  1e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.768163  normal  0.436207 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3754  peptidase U32  41.2 
 
 
747 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2261  peptidase U32  36.65 
 
 
404 aa  192  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105658 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05840  peptidase U32  33.96 
 
 
406 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000158903  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_10034  predicted protein  29.39 
 
 
826 aa  190  7e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1293  peptidase U32  37.6 
 
 
839 aa  189  1e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.461857  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0943  peptidase U32  36.01 
 
 
411 aa  189  2e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.600634  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1703  peptidase U32  36.88 
 
 
422 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>