234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3305 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3305  TerC family membrane protein  100 
 
 
327 aa  648    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2440  integral membrane protein TerC  96.32 
 
 
327 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127814  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2606  integral membrane protein TerC  91.74 
 
 
327 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.271005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31610  TerC family protein  67.8 
 
 
347 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0594051 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3347  integral membrane protein TerC  68.01 
 
 
330 aa  430  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2688  hypothetical protein  67.8 
 
 
346 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10570  Integral membrane protein TerC family  71.34 
 
 
334 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33470  Integral membrane protein TerC family  70.81 
 
 
324 aa  422  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3062  integral membrane protein TerC  64.51 
 
 
354 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0416562  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2438  hypothetical protein  64 
 
 
354 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2086  integral membrane protein TerC  63.89 
 
 
354 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3257  integral membrane protein TerC  63.5 
 
 
354 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1747  hypothetical protein  64.98 
 
 
325 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4279  hypothetical protein  64.67 
 
 
325 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2543  integral membrane protein TerC  64.67 
 
 
327 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2610  integral membrane protein TerC  64.67 
 
 
327 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2710  integral membrane protein TerC  64.67 
 
 
325 aa  396  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2793  Integral membrane protein TerC  64.98 
 
 
328 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.611411  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1557  integral membrane protein TerC  64.98 
 
 
328 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1553  integral membrane protein TerC  64.98 
 
 
328 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.729834  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1586  integral membrane protein TerC  64.98 
 
 
328 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1451  integral membrane protein TerC  64.04 
 
 
328 aa  390  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1025  Integral membrane protein TerC  60.5 
 
 
327 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237996  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5359  TerC family protein  61.68 
 
 
325 aa  383  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.114229  hitchhiker  0.00169974 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3199  integral membrane protein TerC  59.38 
 
 
329 aa  375  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2438  integral membrane protein TerC  62.12 
 
 
329 aa  375  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.622946  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0056  integral membrane protein TerC  59.5 
 
 
329 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3680  integral membrane protein TerC  61.34 
 
 
330 aa  365  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0942  integral membrane protein TerC  58.64 
 
 
328 aa  367  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0390  integral membrane protein TerC  59.87 
 
 
354 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0875594  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2993  integral membrane protein TerC  55.18 
 
 
339 aa  358  9e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1926  transporter  58.07 
 
 
352 aa  345  7e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0806  Integral membrane protein TerC  55.69 
 
 
353 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4372  integral membrane protein TerC  56.6 
 
 
341 aa  341  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18139  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0840  Integral membrane protein TerC  54.77 
 
 
341 aa  338  8e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.251976  hitchhiker  0.00983722 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0880  integral membrane protein TerC  54.77 
 
 
341 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.148289 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2008  integral membrane protein TerC  54.6 
 
 
344 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0222851 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4912  Integral membrane protein TerC  55 
 
 
341 aa  317  2e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0595936  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0016  integral membrane protein TerC  50.49 
 
 
328 aa  305  9.000000000000001e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1240  Integral membrane protein TerC  49.36 
 
 
338 aa  288  1e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0237698 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1705  integral membrane protein TerC  44.62 
 
 
320 aa  282  6.000000000000001e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1438  integral membrane protein TerC  47.4 
 
 
329 aa  281  1e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2384  integral membrane protein TerC  47.28 
 
 
359 aa  280  2e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0331794  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0514  integral membrane protein TerC  49.84 
 
 
328 aa  279  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.139671  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1946  Integral membrane protein TerC  44.01 
 
 
337 aa  278  6e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.683729  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0543  Integral membrane protein TerC  49.51 
 
 
328 aa  278  6e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2303  integral membrane protein TerC  51.16 
 
 
314 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2138  hypothetical protein  45.91 
 
 
317 aa  276  4e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2919  Integral membrane protein TerC  45.03 
 
 
331 aa  273  3e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000105664  normal  0.323377 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4156  integral membrane protein TerC  50 
 
 
323 aa  271  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2113  hypothetical protein  45.91 
 
 
317 aa  270  2.9999999999999997e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0265  Integral membrane protein TerC  47.48 
 
 
320 aa  269  4e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3259  integral membrane protein TerC  47.96 
 
 
325 aa  269  4e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1576  Integral membrane protein TerC  47.66 
 
 
325 aa  268  5.9999999999999995e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3632  Integral membrane protein TerC  44.58 
 
 
321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443887  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2416  Integral membrane protein TerC  50 
 
 
313 aa  263  2e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0184  TerC family membrane protein  46.2 
 
 
321 aa  263  3e-69  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.36035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2602  hypothetical protein  47.52 
 
 
325 aa  263  3e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.127831  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1367  TerC family integral membrane protein  43.83 
 
 
311 aa  261  8e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.536325  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0510  hypothetical protein  46.33 
 
 
316 aa  260  2e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0331  integral membrane protein TerC  46.95 
 
 
325 aa  259  4e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0291  integral membrane protein TerC  47.28 
 
 
308 aa  258  9e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0547  Integral membrane protein TerC  48.86 
 
 
328 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386888  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2034  Integral membrane protein TerC  49.18 
 
 
334 aa  258  1e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0168  integral membrane protein TerC  45.21 
 
 
321 aa  256  2e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000120388  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1155  integral membrane protein TerC  43.37 
 
 
311 aa  256  5e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000825766  normal  0.0331018 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0751  Integral membrane protein TerC  45.08 
 
 
317 aa  255  6e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_173  membrane protein, TerC family  45.61 
 
 
308 aa  255  9e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225812  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3507  Integral membrane protein TerC  44.1 
 
 
317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0534  Integral membrane protein TerC  44.44 
 
 
317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03496  export protein  45 
 
 
318 aa  253  3e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4036  Integral membrane protein TerC  45.91 
 
 
320 aa  251  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.640744 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1793  integral membrane protein TerC  46.86 
 
 
318 aa  249  4e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0855  TerC family membrane protein  43.81 
 
 
311 aa  248  1e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0835081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3524  protein Alx  46.37 
 
 
321 aa  248  1e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3555  protein Alx  46.37 
 
 
321 aa  247  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3366  Integral membrane protein TerC  53.81 
 
 
440 aa  246  3e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.404586  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3380  protein Alx  46.06 
 
 
321 aa  246  4e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.568911  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3270  protein Alx  46.06 
 
 
321 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4403  protein Alx  46.06 
 
 
321 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.49414  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02957  predicted inner membrane protein, part of terminus  46.06 
 
 
321 aa  245  6e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0613  Integral membrane protein TerC  46.06 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02907  hypothetical protein  46.06 
 
 
320 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0612  integral membrane protein TerC  46.06 
 
 
321 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0083  Integral membrane protein TerC  46.28 
 
 
344 aa  245  8e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3485  inner membrane protein alx  44.48 
 
 
322 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5098  integral membrane protein TerC  44.48 
 
 
322 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.137745  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5186  integral membrane protein TerC  44.48 
 
 
322 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0800835  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5477  integral membrane protein TerC  44.48 
 
 
322 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.409981  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2343  integral membrane protein TerC  45.02 
 
 
324 aa  244  9.999999999999999e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.912158  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1762  integral membrane protein TerC  44.52 
 
 
319 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.974772  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3448  Integral membrane protein TerC  43.77 
 
 
360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000597859  hitchhiker  0.00065247 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10498  membrane protein, TerC family protein  44.23 
 
 
322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3415  inner membrane protein alx  44.16 
 
 
322 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4318  integral membrane protein TerC  44.1 
 
 
325 aa  242  5e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3581  inner membrane protein alx  44.16 
 
 
322 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.081228 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3519  hypothetical protein  44.16 
 
 
322 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.742561  hitchhiker  0.000693905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3412  inner membrane protein alx  44.16 
 
 
337 aa  242  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2016  integral membrane protein TerC  47.24 
 
 
320 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1829  export protein  43.27 
 
 
320 aa  241  1e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.942389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>