131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3167 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3167  benzoate transporter  100 
 
 		 423 aa  818    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.267314  normal  0.62461 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2548  benzoate transporter  98.25 
 
 		 399 aa  751    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2682  benzoate transporter  93.03 
 
 		 405 aa  645    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2702  benzoate transporter  89.72 
 
 		 399 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.796248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2960  benzoate membrane transport protein  72.8 
 
 		 399 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2316  benzoate membrane transport protein  53.92 
 
 		 401 aa  428  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.688329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2678  benzoate transporter  50.66 
 
 		 396 aa  379  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0943  benzoate transporter  46.53 
 
 		 402 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.516309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2107  benzoate transporter  49.21 
 
 		 393 aa  355  6.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.07884  normal  0.334527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42070  Benzoate membrane transport protein  49.12 
 
 		 406 aa  355  1e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3317  benzoate membrane transport protein  48.17 
 
 		 406 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3994  benzoate transporter  48.83 
 
 		 395 aa  352  5e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000979992  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0963  benzoate transport protein  45.79 
 
 		 405 aa  352  7e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1722  benzoate transporter  47.37 
 
 		 403 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.982368  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2334  benzoate transporter  47.37 
 
 		 403 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2357  benzoate transporter  47.37 
 
 		 403 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1328  benzoate transport protein  46.23 
 
 		 481 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0713293  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4997  benzoate transporter  46.82 
 
 		 402 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5863  benzoate transporter  46.82 
 
 		 402 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4316  benzoate transporter  47.44 
 
 		 400 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.860854  hitchhiker  0.000181126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3891  benzoate transporter  48.44 
 
 		 396 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.228348 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2373  benzoate transporter  47.19 
 
 		 403 aa  346  5e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3621  putative transporter  48.95 
 
 		 430 aa  346  5e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1820  benzoate transporter  48.18 
 
 		 398 aa  345  8e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0615207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2253  benzoate transporter  47.19 
 
 		 403 aa  345  8e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.763643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1369  benzoate transporter  47.4 
 
 		 398 aa  345  8e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00588057  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1839  benzoate membrane transport protein  47.92 
 
 		 397 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.25228  normal  0.411896 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1014  benzoate transporter  46.53 
 
 		 405 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0851  benzoate transporter  46.53 
 
 		 405 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.399687  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1168  benzoate transporter  46.53 
 
 		 405 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1176  benzoate transporter  46.53 
 
 		 405 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.254375  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0297  benzoate transporter  46.53 
 
 		 405 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0295  benzoate transporter  47.94 
 
 		 388 aa  345  1e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3246  benzoate transporter  46.79 
 
 		 400 aa  345  1e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.334236 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1938  benzoate transport protein  46.29 
 
 		 405 aa  343  2e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.064917  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1398  benzoate transporter  47.92 
 
 		 396 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1428  benzoate transporter  47.4 
 
 		 396 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.110565  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43160  putative transporter  46.32 
 
 		 400 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.243206 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5095  benzoate transporter  46.02 
 
 		 400 aa  341  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.149673  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5676  benzoate membrane transport protein  46.27 
 
 		 403 aa  340  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2303  benzoate transporter  47.24 
 
 		 421 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1229  benzoate transporter  46.19 
 
 		 406 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.803319  normal  0.810178 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5351  benzoate membrane transport protein  47.47 
 
 		 405 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1263  benzoate transporter  45.64 
 
 		 409 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3710  benzoate transporter  45.5 
 
 		 418 aa  336  3.9999999999999995e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0186854 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0985  benzoate transporter  43.96 
 
 		 413 aa  336  5e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1567  benzoate transporter  47.48 
 
 		 404 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.963654 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5243  benzoate transporter  48.44 
 
 		 398 aa  334  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1792  benzoate membrane transport protein  47.4 
 
 		 396 aa  331  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0629  benzoate transporter  45.03 
 
 		 398 aa  330  2e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2103  benzoate transporter  48.56 
 
 		 403 aa  330  3e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36671 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2976  benzoate membrane transport protein  45.99 
 
 		 440 aa  330  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0425  benzoate transporter  44.99 
 
 		 395 aa  329  6e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0329  benzoate transporter  44.99 
 
 		 395 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000780494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4140  benzoate transporter  45.67 
 
 		 411 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2035  benzoate transporter  46.35 
 
 		 404 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3707  benzoate transporter  46.35 
 
 		 404 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1144  benzoate membrane transport protein  46.19 
 
 		 408 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0324  benzoate transporter  44.73 
 
 		 395 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000364152  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0328  benzoate transporter  44.73 
 
 		 395 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1783  benzoate transporter  43.33 
 
 		 398 aa  324  1e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.01116 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0322  benzoate transporter  44.47 
 
 		 395 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000013011  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3137  benzoate transporter  44.16 
 
 		 410 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2321  benzoate transporter  41.65 
 
 		 390 aa  316  5e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3699  benzoate transporter  44.79 
 
 		 398 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00161934  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2541  benzoate transporter  45.48 
 
 		 395 aa  309  5e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.630125 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2362  benzoate membrane transport protein  48.04 
 
 		 392 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0320  benzoate transporter  45.24 
 
 		 396 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0325  benzoate transporter  45.04 
 
 		 386 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.072313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2485  benzoate transporter  42.78 
 
 		 392 aa  297  2e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0546857 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3908  benzoate transporter  42.39 
 
 		 402 aa  297  2e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00157906  normal  0.79315 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2241  benzoate transporter  44.09 
 
 		 407 aa  297  3e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.739572 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0179  benzoate transporter  42.78 
 
 		 390 aa  290  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0927  benzoate transporter  42.09 
 
 		 395 aa  286  5e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4590  benzoate transporter  41.24 
 
 		 394 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1641  benzoate transporter  44.47 
 
 		 392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0221313  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3257  benzoate transporter  42.03 
 
 		 403 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00676766  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4540  benzoate transporter  40.97 
 
 		 395 aa  280  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1612  benzoate transporter  38.9 
 
 		 422 aa  276  6e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.795088  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4269  benzoate transporter  41.32 
 
 		 394 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5995  benzoate transporter  41.79 
 
 		 393 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00202849 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01391  predicted benzoate transporter  40 
 
 		 391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2213  benzoate transporter  40 
 
 		 391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.8089  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01401  hypothetical protein  40 
 
 		 391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1518  benzoate transporter  38.65 
 
 		 422 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2226  benzoate transporter  40 
 
 		 391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.711061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2230  benzoate transporter  42.16 
 
 		 397 aa  269  8e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000339357 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1662  benzoate transporter  34.38 
 
 		 392 aa  263  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.760414  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0431  benzoate transporter  42.16 
 
 		 421 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.586868  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1981  benzoate transporter  39.3 
 
 		 388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3526  benzoate transporter  42.03 
 
 		 477 aa  249  6e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1720  benzoate transporter  38.89 
 
 		 392 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0805  benzoate transporter  37.47 
 
 		 383 aa  238  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2115  benzoate transport protein, putative  37.73 
 
 		 383 aa  237  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.63913  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2031  putative benzoate transport protein  37.73 
 
 		 647 aa  237  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1555  benzoate transporter  38.89 
 
 		 392 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1723  benzoate transporter  38.89 
 
 		 392 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.26811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03312  benzoate transporter  43.6 
 
 		 332 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000811175  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1736  benzoate transporter  38.62 
 
 		 392 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3247  benzoate transport protein  37.82 
 
 		 394 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760281  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>