More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3149 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3149  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
349 aa  715    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2565  helix-turn-helix domain-containing protein  99 
 
 
299 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2706  AraC family transcriptional regulator  95.97 
 
 
299 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062854  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2896  AraC family transcriptional regulator  91.95 
 
 
302 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.311951  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2827  AraC family transcriptional regulator  69.9 
 
 
302 aa  425  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0011  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 
338 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0768217 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2599  transcriptional regulator EutR  27.92 
 
 
350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2647  transcriptional regulator EutR  27.92 
 
 
350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2688  transcriptional regulator EutR  27.92 
 
 
350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103736  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2714  transcriptional regulator EutR  27.92 
 
 
350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.944151  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2592  transcriptional regulator EutR  27.94 
 
 
350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2821  transcriptional regulator EutR  27.6 
 
 
350 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2574  transcriptional regulator EutR  27.62 
 
 
350 aa  109  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2723  transcriptional regulator EutR  27.62 
 
 
350 aa  109  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02337  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.62 
 
 
350 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1224  transcriptional regulator, AraC family  27.62 
 
 
350 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02299  hypothetical protein  27.62 
 
 
350 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1242  transcriptional regulator EutR  27.62 
 
 
350 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2809  transcriptional regulator EutR  27.62 
 
 
350 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3667  transcriptional regulator EutR  27.62 
 
 
350 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4528  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 
373 aa  106  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6918  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 
335 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4889  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 
335 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3275  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 
335 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3590  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
332 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4777  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
332 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0963  transcriptional regulator EutR  28.89 
 
 
347 aa  103  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0447536  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0136  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 
344 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.421532  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4352  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 
321 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0126  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 
344 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.223223  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0478  helix-turn-helix domain-containing protein  27.04 
 
 
324 aa  99.8  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0545  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
339 aa  99.4  7e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.042233  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2982  AraC family transcriptional regulator  27.51 
 
 
327 aa  99.4  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0156275  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2757  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 
334 aa  99.4  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.968355 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0937  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 
314 aa  99.4  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0025  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 
349 aa  99.4  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.258502  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5506  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 
312 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4440  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 
352 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4160  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 
312 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.301949  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4684  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 
312 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.738983  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0134  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 
343 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.393032  normal  0.761284 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3824  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 
334 aa  96.3  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000347753 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1533  putative ethanolamine operon transcriptional regulator  29.97 
 
 
312 aa  96.3  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.56366  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2919  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 
351 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0136  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 
351 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0760  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 
327 aa  95.9  9e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0540  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 
337 aa  95.9  9e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3194  helix-turn-helix domain-containing protein  27.51 
 
 
322 aa  95.5  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0150  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 
338 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3248  HTH-type transcriptional regulator eutR  27.72 
 
 
342 aa  93.6  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.869931  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4772  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 
345 aa  92.8  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3316  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 
344 aa  92.8  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0600  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 
320 aa  92.8  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4998  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
318 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681619  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4473  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 
320 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3579  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 
319 aa  92.4  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.586063 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4195  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 
320 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4006  ethanolamine operon transcriptional activator EutR  27.72 
 
 
342 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0584  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 
330 aa  91.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.154846  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1205  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 
339 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1278  AraC family transcription regulator  29.6 
 
 
339 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0834971  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3935  ethanolamine operon transcriptional activator EutR  27.39 
 
 
342 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0344  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 
312 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.7264  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2987  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 
342 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1361  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 
312 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3318  ethanolamine operon transcriptional activator EutR  27.39 
 
 
342 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0135  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 
342 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.935194  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2470  AraC family transcription regulator  30.26 
 
 
312 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0288941  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1550  ethanolamine operon transcriptional activator EutR  27.39 
 
 
342 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0624  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 
312 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79157  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3052  ethanolamine operon transcriptional activator EutR  27.39 
 
 
342 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.680184  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0947  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 
312 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0977731  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5221  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 
320 aa  89.7  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3304  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 
320 aa  89.7  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5197  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 
332 aa  89.7  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5063  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 
320 aa  89.7  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000715  ethanolamine operon regulatory protein  27.6 
 
 
354 aa  89  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3360  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 
334 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6477  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 
314 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6712  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 
314 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.163784 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2624  helix-turn-helix domain-containing protein  26.56 
 
 
347 aa  87.8  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6668  transcriptional regulator, AraC family  50.54 
 
 
324 aa  87  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478308  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6120  AraC family transcriptional regulator  46.74 
 
 
342 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  48.78 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6408  AraC family transcriptional regulator  45.65 
 
 
341 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.565487 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5246  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 
348 aa  83.6  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.251899  normal  0.128445 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0840  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 
330 aa  82.8  0.000000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.916839  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2415  AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 
328 aa  82  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.458311  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2976  transcriptional regulator, AraC family  38.19 
 
 
345 aa  82.4  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3837  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 
319 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  45.56 
 
 
322 aa  81.3  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0275  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  25.62 
 
 
351 aa  79.7  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 
340 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  47.19 
 
 
339 aa  79.3  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  36.42 
 
 
327 aa  79  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0928  transcriptional regulator, AraC family  33.56 
 
 
322 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0048555 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  42.06 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  31.49 
 
 
333 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  30.54 
 
 
333 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  36.99 
 
 
332 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>