More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3126 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3126  polysaccharide export protein  100 
 
 
185 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2590  polysaccharide export protein  98.38 
 
 
185 aa  367  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2730  polysaccharide export protein  97.3 
 
 
185 aa  363  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2920  polysaccharide export protein  76.76 
 
 
185 aa  292  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.157284 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2582  polysaccharide export protein  36.6 
 
 
205 aa  131  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1444  polysaccharide export protein  36.81 
 
 
252 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2586  polysaccharide export protein  36.26 
 
 
184 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.693737  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1013  hypothetical protein  36.31 
 
 
191 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.528873  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2408  polysaccharide export protein  37.58 
 
 
211 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.175148 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0160  polysaccharide export protein  34.16 
 
 
208 aa  97.8  8e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4235  polysaccharide export protein  34.01 
 
 
205 aa  95.9  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.694304  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1011  polysaccharide export protein  30.67 
 
 
388 aa  92.8  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.192426  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2650  polysaccharide export protein  28.88 
 
 
192 aa  92.4  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.28267  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1369  capsular polysaccharide export protein, putative  32.08 
 
 
362 aa  92  4e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.361316  normal  0.297509 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2618  polysaccharide export protein  34.38 
 
 
193 aa  91.7  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.676482  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2833  polysaccharide export protein  29.28 
 
 
192 aa  91.3  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.173775  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2738  polysaccharide export protein  29.28 
 
 
192 aa  91.3  8e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0211  polysaccharide export protein  31.55 
 
 
201 aa  89.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2392  polysaccharide export protein  31.55 
 
 
210 aa  89.4  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1842  polysaccharide export protein  30.06 
 
 
379 aa  87.8  7e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.185865  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2473  polysaccharide export protein  34.29 
 
 
379 aa  87.4  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0662836  normal  0.109205 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3282  polysaccharide export protein, PEP-CTERM sytem-associated  31.68 
 
 
209 aa  87.4  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.306881  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2397  polysaccharide export protein  31.48 
 
 
207 aa  86.7  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00232374  normal  0.762704 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1928  polysaccharide export protein  30.81 
 
 
218 aa  86.3  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02599  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.57 
 
 
183 aa  86.7  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.357236  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6499  polysaccharide export protein  32.48 
 
 
205 aa  85.9  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3117  polysaccharide export protein  32.92 
 
 
209 aa  85.1  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.222433  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2495  polysaccharide export protein  29.28 
 
 
212 aa  84.3  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1985  polysaccharide export protein  29.81 
 
 
208 aa  83.6  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.560938  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1823  polysaccharide export protein  29.63 
 
 
387 aa  82.8  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0435675  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2243  polysaccharide biosynthesis/export protein  31.03 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2300  polysaccharide biosynthesis/export protein  31.03 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.631767  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2458  polysaccharide biosynthesis/export protein  31.03 
 
 
379 aa  82.4  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0550214 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2351  polysaccharide biosynthesis/export protein  31.03 
 
 
351 aa  82.4  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2344  polysaccharide biosynthesis/export protein  31.03 
 
 
379 aa  82.4  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.675285  normal  0.855008 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1069  polysaccharide export protein  30.73 
 
 
227 aa  82  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1525  polysaccharide export protein  36.76 
 
 
243 aa  81.6  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0281  polysaccharide export outer membrane protein  31.33 
 
 
207 aa  81.3  0.000000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.585377  normal  0.906054 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3509  polysaccharide export protein  29.76 
 
 
213 aa  80.9  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000101119 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4601  polysaccharide export protein  30.36 
 
 
473 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.930879 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0242  polysaccharide export protein  31.94 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1352  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  33.52 
 
 
396 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1536  polysaccharide export protein  28.95 
 
 
207 aa  80.1  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.595422  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0689  polysaccharide export protein, PEP-CTERM sytem-associated  32.3 
 
 
268 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.659999 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2881  polysaccharide export protein  27.17 
 
 
229 aa  79.7  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0658  polysaccharide export protein  29.07 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.308974  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0819  polysaccharide export protein  30.86 
 
 
379 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2963  polysaccharide export protein  31.52 
 
 
213 aa  79.3  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3036  polysaccharide export protein  31.76 
 
 
378 aa  79.3  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1660  polysaccharide export protein  31.48 
 
 
214 aa  79  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.614311  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3192  polysaccharide export protein  29.53 
 
 
227 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0148  capsular polysaccharide export protein, putative  33.16 
 
 
277 aa  78.6  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1669  polysaccharide export protein  32.93 
 
 
347 aa  79  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000178188  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1296  polysaccharide export protein  31.76 
 
 
378 aa  78.6  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.660258  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0132  putative polysaccharide export protein, outer membrane  27.66 
 
 
206 aa  79  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.679141  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2676  polysaccharide export protein  30.46 
 
 
379 aa  79  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.259667 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2529  polysaccharide export protein  30.41 
 
 
208 aa  78.6  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4309  polysaccharide export protein  32.2 
 
 
495 aa  78.2  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1958  polysaccharide export protein  27.86 
 
 
407 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.676148  normal  0.565154 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3865  putative polysaccharide export protein  32.18 
 
 
379 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.255792  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3726  polysaccharide export protein  32.56 
 
 
392 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.489348  normal  0.448229 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2894  polysaccharide export protein  32.94 
 
 
377 aa  77.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0993342  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0428  polysaccharide export protein  29.63 
 
 
202 aa  77.8  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0542078 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5025  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.48 
 
 
211 aa  77.8  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  31.65 
 
 
869 aa  77.4  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2026  polysaccharide export protein  28.4 
 
 
270 aa  77  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2867  polysaccharide export protein  30.59 
 
 
378 aa  77  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  30.59 
 
 
373 aa  76.3  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3071  polysaccharide export protein  30.82 
 
 
268 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0915  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  30.81 
 
 
396 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.138032  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2273  polysaccharide export protein  31.98 
 
 
392 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.534811  normal  0.26202 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2482  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  30.81 
 
 
391 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153813  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2257  putative outer membrane polysaccharide exporter  30.99 
 
 
384 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2620  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  30.81 
 
 
391 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1658  polysaccharide export protein  28.66 
 
 
277 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00056738  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5549  polysaccharide export protein  31.98 
 
 
392 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1538  periplasmic polysaccharide export protein  30 
 
 
268 aa  75.9  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2243  polysaccharide (EPS I) exporter  26.87 
 
 
407 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548899  normal  0.73055 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1728  putative capsular polysaccharide transport outermembrane protein  32.22 
 
 
352 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0503982  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3013  polysaccharide export protein  28.65 
 
 
270 aa  76.3  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1339  polysaccharide biosynthesis/export domain protein  32.39 
 
 
377 aa  75.9  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0546  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  30.81 
 
 
396 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2336  polysaccharide export protein  29.45 
 
 
215 aa  75.5  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.125477  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1170  polysaccharide export protein  26.71 
 
 
211 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01968  lipoprotein required for capsular polysaccharide translocation through the outer membrane  28.82 
 
 
379 aa  75.1  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1595  polysaccharide export protein  28.82 
 
 
379 aa  75.1  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.249253  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3823  polysaccharide export protein  31.98 
 
 
387 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87104  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2997  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.82 
 
 
379 aa  75.1  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0597184 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1000  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.82 
 
 
379 aa  75.1  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2355  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.82 
 
 
379 aa  75.1  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1579  polysaccharide export protein  28.82 
 
 
379 aa  75.1  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.479279  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4540  polysaccharide export protein  31.98 
 
 
387 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1384  polysaccharide export protein  29.94 
 
 
178 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.121569  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1170  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.82 
 
 
379 aa  75.1  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01957  hypothetical protein  28.82 
 
 
379 aa  75.1  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3701  polysaccharide export protein  31.98 
 
 
392 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1712  polysaccharide export protein  33.53 
 
 
386 aa  75.1  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.69321  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6022  polysaccharide export protein  31.91 
 
 
384 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113173  normal  0.244063 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0619  polysaccharide export protein  33.33 
 
 
376 aa  74.7  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112684  normal  0.159669 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1691  polysaccharide export protein  30.49 
 
 
244 aa  74.7  0.0000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000171908  normal  0.0125517 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>