More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3003 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3003  3-dehydroquinate dehydratase  100 
 
 		 145 aa  300  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216438  normal  0.0434236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2690  3-dehydroquinate dehydratase  98.62 
 
 		 145 aa  296  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6025  3-dehydroquinate dehydratase  81.43 
 
 		 147 aa  246  5e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212804  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5767  3-dehydroquinate dehydratase  77.46 
 
 		 145 aa  241  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.533207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4434  3-dehydroquinate dehydratase  72.92 
 
 		 145 aa  237  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.433738 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5818  3-dehydroquinate dehydratase  79.85 
 
 		 146 aa  236  9e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.546847 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3996  3-dehydroquinate dehydratase  76.43 
 
 		 148 aa  232  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.588334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1559  3-dehydroquinate dehydratase  76.43 
 
 		 148 aa  232  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0672163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0417  3-dehydroquinate dehydratase  75.35 
 
 		 149 aa  229  7.000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4497  3-dehydroquinate dehydratase  74.65 
 
 		 149 aa  226  8e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81741  normal  0.381959 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2097  3-dehydroquinate dehydratase  68.15 
 
 		 153 aa  201  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2178  3-dehydroquinate dehydratase  65.49 
 
 		 148 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2360  3-dehydroquinate dehydratase  68.7 
 
 		 149 aa  192  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.896861  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4099  3-dehydroquinate dehydratase  79.8 
 
 		 120 aa  170  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0790869  normal  0.677158 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2695  3-dehydroquinate dehydratase, type II  53.62 
 
 		 145 aa  165  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.800528 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0662  3-dehydroquinate dehydratase  56.03 
 
 		 147 aa  160  5.0000000000000005e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1003  3-dehydroquinate dehydratase  56.74 
 
 		 150 aa  157  4e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3940  3-dehydroquinate dehydratase  55.73 
 
 		 141 aa  157  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000739911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1595  3-dehydroquinate dehydratase, type II  54.61 
 
 		 144 aa  156  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2778  3-dehydroquinate dehydratase  52.08 
 
 		 150 aa  155  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1164  3-dehydroquinate dehydratase  50.69 
 
 		 207 aa  155  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1044  3-dehydroquinate dehydratase  51.39 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.983383  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0915  3-dehydroquinate dehydratase  53.57 
 
 		 149 aa  153  6e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.249833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0532  3-dehydroquinate dehydratase  50.69 
 
 		 150 aa  153  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.68766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3499  3-dehydroquinate dehydratase  50.69 
 
 		 207 aa  153  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0508  3-dehydroquinate dehydratase  50.69 
 
 		 150 aa  153  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2657  3-dehydroquinate dehydratase  53.24 
 
 		 149 aa  153  8e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000254633 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0421  3-dehydroquinate dehydratase  50.69 
 
 		 207 aa  153  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2500  3-dehydroquinate dehydratase  50.69 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.263847  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2228  3-dehydroquinate dehydratase, type II  52.11 
 
 		 149 aa  152  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0575  3-dehydroquinate dehydratase  51.39 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000460325 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1280  3-dehydroquinate dehydratase  50.69 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0123  3-dehydroquinate dehydratase  51.39 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3464  3-dehydroquinate dehydratase  50.69 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0606  3-dehydroquinate dehydratase  51.39 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3502  3-dehydroquinate dehydratase  50.69 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.248237  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3284  3-dehydroquinate dehydratase  50.69 
 
 		 150 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0981  3-dehydroquinate dehydratase  54.23 
 
 		 150 aa  151  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00261283  normal  0.0932644 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1698  3-dehydroquinate dehydratase, type II  48.91 
 
 		 145 aa  151  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1050  3-dehydroquinate dehydratase  51.77 
 
 		 147 aa  150  5e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000995076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2022  3-dehydroquinate dehydratase  55.15 
 
 		 150 aa  149  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1559  3-dehydroquinate dehydratase  52.94 
 
 		 149 aa  149  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.897026  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3063  3-dehydroquinate dehydratase  50.71 
 
 		 162 aa  149  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03924  3-dehydroquinate dehydratase (3-dehydroquinase) (Type II DHQase)  50.7 
 
 		 146 aa  148  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.252405  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3425  3-dehydroquinate dehydratase  49.65 
 
 		 151 aa  147  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.0823 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0533  3-dehydroquinate dehydratase  49.65 
 
 		 151 aa  147  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2864  3-dehydroquinate dehydratase  51.06 
 
 		 162 aa  146  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0715  3-dehydroquinate dehydratase  48.61 
 
 		 148 aa  146  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3646  3-dehydroquinate dehydratase  48.61 
 
 		 149 aa  146  9e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231395 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0183  3-dehydroquinate dehydratase  50 
 
 		 172 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0858965 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0845  3-dehydroquinate dehydratase, type II  52.21 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.556565  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3443  3-dehydroquinate dehydratase, type II  47.22 
 
 		 146 aa  145  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2628  3-dehydroquinate dehydratase  48.55 
 
 		 154 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0715  3-dehydroquinate dehydratase  51.82 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0744  3-dehydroquinate dehydratase  51.82 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00682582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0668  3-dehydroquinate dehydratase  50.36 
 
 		 156 aa  144  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1823  3-dehydroquinate dehydratase  51.09 
 
 		 144 aa  144  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000527848  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01135  Catabolic 3-dehydroquinase (EC 4.2.1.10)(3-dehydroquinate dehydratase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P05147]  47.1 
 
 		 153 aa  144  5e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.174731 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3692  3-dehydroquinate dehydratase  47.83 
 
 		 150 aa  144  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.526895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0255  3-dehydroquinate dehydratase, type II  52.48 
 
 		 184 aa  143  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4272  3-dehydroquinate dehydratase  51.8 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4103  3-dehydroquinate dehydratase  51.8 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478145  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3941  3-dehydroquinate dehydratase  51.8 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3952  3-dehydroquinate dehydratase  51.8 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.405359  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2531  3-dehydroquinate dehydratase  48.23 
 
 		 145 aa  142  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0032  3-dehydroquinate dehydratase  51.82 
 
 		 149 aa  142  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4605  3-dehydroquinate dehydratase  47.92 
 
 		 150 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.853087  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4423  3-dehydroquinate dehydratase  51.8 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4219  3-dehydroquinate dehydratase  51.8 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0813  3-dehydroquinate dehydratase  44.44 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4329  3-dehydroquinate dehydratase  51.8 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0599  3-dehydroquinate dehydratase  46.53 
 
 		 151 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0620  3-dehydroquinate dehydratase  47.92 
 
 		 151 aa  142  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0159708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2620  3-dehydroquinate dehydratase  49.64 
 
 		 155 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.535696 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3030  3-dehydroquinate dehydratase  49.64 
 
 		 155 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0605  3-dehydroquinate dehydratase  46.53 
 
 		 151 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0678891 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4859  3-dehydroquinate dehydratase, type II  48.94 
 
 		 150 aa  141  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4399  3-dehydroquinate dehydratase  48.94 
 
 		 150 aa  141  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5566  3-dehydroquinate dehydratase  45.83 
 
 		 147 aa  141  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2664  3-dehydroquinate dehydratase  48.57 
 
 		 150 aa  141  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64090  3-dehydroquinate dehydratase  45.83 
 
 		 147 aa  141  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4052  3-dehydroquinate dehydratase  49.65 
 
 		 146 aa  140  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03007  3-dehydroquinate dehydratase  48.59 
 
 		 148 aa  140  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1924  3-dehydroquinate dehydratase  48.23 
 
 		 142 aa  141  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.132739  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0570  3-dehydroquinate dehydratase  45.32 
 
 		 150 aa  140  6e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0560  3-dehydroquinate dehydratase  46.53 
 
 		 151 aa  140  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1540  3-dehydroquinate dehydratase  49.65 
 
 		 156 aa  139  9e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0606879 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3689  3-dehydroquinate dehydratase  51.39 
 
 		 150 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2283  3-dehydroquinate dehydratase  47.52 
 
 		 145 aa  139  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06970  3-dehydroquinate dehydratase  45.14 
 
 		 147 aa  139  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.554011  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3205  3-dehydroquinate dehydratase  49.28 
 
 		 148 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0087334 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1456  3-dehydroquinate dehydratase  52.21 
 
 		 145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.903143  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0502  3-dehydroquinate dehydratase  55.56 
 
 		 146 aa  138  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.0028378  normal  0.126583 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0088  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 		 161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.2275  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2190  3-dehydroquinate dehydratase, type II  49.64 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.369696  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0211  3-dehydroquinate dehydratase  46.1 
 
 		 149 aa  138  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.324309  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3151  3-dehydroquinate dehydratase  49.25 
 
 		 147 aa  138  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1732  3-dehydroquinate dehydratase  49.29 
 
 		 145 aa  138  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.676815  normal  0.0717581 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06130  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.81 
 
 		 148 aa  138  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0925  3-dehydroquinate dehydratase  50.36 
 
 		 146 aa  138  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>