168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2893 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2893  hypothetical protein  100 
 
 
1224 aa  2408    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2750  hypothetical protein  64.38 
 
 
1229 aa  1560    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2479  hypothetical protein  65.12 
 
 
1226 aa  1585    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.502504 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3646  hypothetical protein  67.65 
 
 
1224 aa  1640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0441929 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2396  hypothetical protein  86.87 
 
 
1223 aa  2088    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31690  hypothetical protein  62.54 
 
 
1221 aa  1488    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2011  hypothetical protein  39.59 
 
 
1255 aa  841    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.592581  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28850  hypothetical protein  56.99 
 
 
1232 aa  1313    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2433  hypothetical protein  60.66 
 
 
1226 aa  1397    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.751068 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2797  hypothetical protein  97.91 
 
 
1206 aa  2288    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.149049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2695  hypothetical protein  61.87 
 
 
1221 aa  1474    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2889  hypothetical protein  94.04 
 
 
1224 aa  2239    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.224565  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4775  hypothetical protein  27.9 
 
 
1259 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0823  protein of unknown function DUF490  30.44 
 
 
1249 aa  400  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.11987  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4830  hypothetical protein  27.6 
 
 
1259 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4690  hypothetical protein  27.99 
 
 
1259 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3769  hypothetical protein  28.21 
 
 
1291 aa  395  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4679  hypothetical protein  27.9 
 
 
1259 aa  396  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4809  hypothetical protein  27.99 
 
 
1259 aa  393  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3963  hypothetical protein  27.92 
 
 
1305 aa  392  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3624  hypothetical protein  27.79 
 
 
1312 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4700  hypothetical protein  27.54 
 
 
1259 aa  384  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5739  hypothetical protein  27.47 
 
 
1259 aa  382  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0789  protein of unknown function DUF490  30.28 
 
 
1246 aa  380  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4860  hypothetical protein  27.32 
 
 
1259 aa  380  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4475  hypothetical protein  27.47 
 
 
1259 aa  382  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04092  hypothetical protein  27.31 
 
 
1259 aa  379  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0371692  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3771  protein of unknown function DUF490  27.23 
 
 
1259 aa  379  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3786  hypothetical protein  27.31 
 
 
1259 aa  379  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.88855  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4791  hypothetical protein  27.32 
 
 
1259 aa  380  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0534  hypothetical protein  29.99 
 
 
1283 aa  372  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0817453  normal  0.113617 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3574  protein of unknown function DUF490  30.83 
 
 
1342 aa  370  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3415  hypothetical protein  30.49 
 
 
1340 aa  365  4e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0261  hypothetical protein  26.67 
 
 
1259 aa  363  9e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04056  hypothetical protein  30.36 
 
 
857 aa  362  2e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0496889  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0460  hypothetical protein  29.93 
 
 
1256 aa  361  4e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.524454  normal  0.757907 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0399  hypothetical protein  26.18 
 
 
1258 aa  355  2.9999999999999997e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2125  hypothetical protein  27.4 
 
 
1254 aa  355  4e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1968  hypothetical protein  31.01 
 
 
1174 aa  354  5e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00780  hypothetical protein  25.93 
 
 
1290 aa  341  4e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2688  hypothetical protein  25.65 
 
 
1290 aa  340  9.999999999999999e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.246331  normal  0.948604 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0434  hypothetical protein  25.58 
 
 
1265 aa  337  1e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00651214  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001693  uncharacterized protein YtfN  26.57 
 
 
1254 aa  335  3e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1615  hypothetical protein  27.42 
 
 
1297 aa  327  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.354502 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0371  hypothetical protein  27.01 
 
 
1262 aa  326  2e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1864  hypothetical protein  31.82 
 
 
1319 aa  317  9.999999999999999e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2173  hypothetical protein  27.05 
 
 
1299 aa  313  1e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0467553 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1896  hypothetical protein  29.7 
 
 
1305 aa  303  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.705923  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1935  hypothetical protein  27.66 
 
 
1344 aa  300  1e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.883664  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1928  hypothetical protein  27.57 
 
 
1344 aa  299  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.764751  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2391  protein of unknown function DUF490  27.43 
 
 
1344 aa  297  7e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0970282  normal  0.146937 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2511  hypothetical protein  23.87 
 
 
1319 aa  297  7e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0732118  normal  0.936586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1902  hypothetical protein  27.43 
 
 
1341 aa  295  3e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0447  hypothetical protein  31.63 
 
 
1352 aa  295  5e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1509  hypothetical protein  25.8 
 
 
1664 aa  289  2.9999999999999996e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1443  hypothetical protein  26.03 
 
 
1304 aa  288  5e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0295  protein of unknown function DUF490  31.88 
 
 
1382 aa  287  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.749583  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1688  hypothetical protein  25.48 
 
 
1664 aa  283  2e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1914  hypothetical protein  23.6 
 
 
1328 aa  277  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.131903  normal  0.0193441 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1606  hypothetical protein  26.43 
 
 
1773 aa  275  5.000000000000001e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0503817  hitchhiker  0.0000303134 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2113  hypothetical protein  29.13 
 
 
1385 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2142  hypothetical protein  28.63 
 
 
1398 aa  254  7e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.048277 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1835  hypothetical protein  28.36 
 
 
1402 aa  251  4e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.242519 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1893  hypothetical protein  28.36 
 
 
1449 aa  251  8e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0229632 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04025  hypothetical protein  24.84 
 
 
1302 aa  248  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1504  hypothetical protein  24.75 
 
 
1355 aa  248  6e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2437  hypothetical protein  26.99 
 
 
1353 aa  245  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.240748  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0340  hypothetical protein  26.18 
 
 
1174 aa  241  5.999999999999999e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03725  pathogenicity protein  27.62 
 
 
1285 aa  236  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0569  pathogenicity protein  26.2 
 
 
1273 aa  229  3e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0505  hypothetical protein  26.55 
 
 
1273 aa  226  2e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0834  putative signal peptide protein  26.86 
 
 
1243 aa  216  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0654835  normal  0.24318 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2532  hypothetical protein  27.68 
 
 
1310 aa  211  8e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3980  protein of unknown function DUF490  28.62 
 
 
1285 aa  202  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.556026 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1750  protein of unknown function DUF490  26.49 
 
 
1025 aa  197  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0461  hypothetical protein  25.68 
 
 
1218 aa  171  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0187  hypothetical protein  29.45 
 
 
1308 aa  170  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2809  hypothetical protein  29.54 
 
 
1377 aa  159  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3265  hypothetical protein  26.31 
 
 
1325 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1625  protein of unknown function DUF490  26.7 
 
 
1184 aa  153  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000031551 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1957  hypothetical protein  26.7 
 
 
1184 aa  153  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0607  hypothetical protein  22.17 
 
 
982 aa  151  8e-35  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1088  protein of unknown function DUF490  30.57 
 
 
1485 aa  147  8.000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000343401 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3175  protein of unknown function DUF490  30.08 
 
 
1485 aa  147  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1031  protein of unknown function DUF490  27.22 
 
 
1426 aa  145  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0672  hypothetical protein  24.13 
 
 
1401 aa  145  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2884  protein of unknown function DUF490  27.79 
 
 
1378 aa  136  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.358808  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1770  hypothetical protein  26.54 
 
 
846 aa  136  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2192  protein of unknown function DUF490  25.16 
 
 
1304 aa  133  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.247605 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4471  protein of unknown function DUF490  27.45 
 
 
1359 aa  133  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3561  hypothetical protein  25.98 
 
 
1380 aa  133  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.681268 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1771  hypothetical protein  26.09 
 
 
846 aa  132  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3162  hypothetical protein  29.31 
 
 
1453 aa  127  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.124572 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2383  putative signal peptide protein  24.84 
 
 
1299 aa  127  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00682258 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0856  hypothetical protein  24.85 
 
 
1346 aa  124  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.336201  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2771  hypothetical protein  22.97 
 
 
1392 aa  120  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.105544  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1657  hypothetical protein  26.07 
 
 
1443 aa  119  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2596  protein of unknown function DUF490  25.71 
 
 
1304 aa  119  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.346321 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1821  hypothetical protein  25.05 
 
 
1056 aa  119  5e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2361  hypothetical protein  27.31 
 
 
1453 aa  118  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284497  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>