More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2759 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2994  ABC transporter related  100 
 
 
512 aa  1006    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2759  ribose ABC transporter, ATP-binding protein, putative  100 
 
 
512 aa  1006    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2876  ABC transporter  65.74 
 
 
523 aa  642    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.256251 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43610  ABC transporter  82.9 
 
 
516 aa  775    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00213135  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2995  ribose ABC transporter, ATP-binding protein, putative  64.57 
 
 
522 aa  626  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5167  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  56.31 
 
 
517 aa  551  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6460  ABC transporter related  56.74 
 
 
516 aa  538  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121658  normal  0.108747 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5973  ABC transporter related  56.14 
 
 
516 aa  528  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7217  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4172  ABC transporter related  48 
 
 
504 aa  502  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2366  ABC sugar (ribose) transporter, fused ATPase subunits  50.6 
 
 
502 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1027  ABC transporter related  50.6 
 
 
502 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.8293  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0023  ABC transporter ATP-binding protein  47.03 
 
 
875 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0415  ribose transport ATP-binding protein rbsA  46.82 
 
 
605 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150209  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1512  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  46.82 
 
 
605 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1425  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  47.17 
 
 
601 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148525  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1165  ribose transport ATP-binding protein RbsA  46.82 
 
 
605 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.20892  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0946  ABC transporter related  45.27 
 
 
499 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0298167  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0136  ribose transport ATP-binding protein RbsA  46.64 
 
 
605 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.155752  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2851  ABC transporter related protein  47.37 
 
 
504 aa  405  1e-111  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.291073  normal  0.688126 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1620  ABC transporter related  36.46 
 
 
493 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3310  ABC transporter related  44.53 
 
 
505 aa  398  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.156818  hitchhiker  0.00192862 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1029  ABC transporter-related protein  41.37 
 
 
506 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.724261 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0735  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  37.8 
 
 
494 aa  397  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  39.92 
 
 
497 aa  396  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0796  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  37.8 
 
 
494 aa  395  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0634  ribose ABC transporter ATP-binding protein  38.01 
 
 
494 aa  393  1e-108  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.97602  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0578  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  38.01 
 
 
494 aa  393  1e-108  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0577  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  38.01 
 
 
494 aa  393  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0724  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  38.01 
 
 
494 aa  393  1e-108  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.79429e-30 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4096  sugar transport ATP-binding protein  41.4 
 
 
507 aa  394  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1684  ABC transporter related  45.58 
 
 
519 aa  392  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.200207  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4030  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  41.4 
 
 
507 aa  395  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2458  ABC transporter-related protein  43.64 
 
 
498 aa  389  1e-107  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3003  ABC transporter related  42.8 
 
 
495 aa  389  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00261146  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  39.64 
 
 
503 aa  389  1e-107  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000110391  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0975  ABC transporter related  40.12 
 
 
495 aa  391  1e-107  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220508  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0562  ABC transporter-related protein  37.45 
 
 
496 aa  391  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000997744  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0289  ABC transporter related  41 
 
 
506 aa  392  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.266417 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0581  ABC transporter related  37.32 
 
 
496 aa  389  1e-107  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0125  ABC transporter related  41.2 
 
 
507 aa  392  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5684  ABC transporter related  43.23 
 
 
509 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.878529 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0699  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  37.2 
 
 
494 aa  386  1e-106  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.159606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5601  ribose import ATP-binding protein RbsA  40.92 
 
 
506 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3129  ABC transporter related  41.3 
 
 
504 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149382  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3463  ABC transporter related  44.06 
 
 
516 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.309481 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4639  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  37.2 
 
 
494 aa  385  1e-106  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.202571  unclonable  1.04957e-25 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1399  ABC transporter ATP-binding protein  44.62 
 
 
508 aa  382  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.172278 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1212  ABC transporter related  43.23 
 
 
511 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2725  ABC transporter related  43.37 
 
 
501 aa  383  1e-105  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0873  ABC transporter related  41.55 
 
 
514 aa  383  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.304732  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  38.51 
 
 
496 aa  384  1e-105  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2304  ABC transporter related protein  42.97 
 
 
505 aa  383  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4658  ABC transporter related  42.31 
 
 
497 aa  382  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1035  ABC sugar transporter, ATPase subunit  43.43 
 
 
516 aa  381  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.474314  normal  0.672241 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1088  ABC transporter related  41.83 
 
 
507 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.117363 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3041  ABC transporter related  44.72 
 
 
500 aa  381  1e-104  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3279  ABC transporter related  38.17 
 
 
505 aa  376  1e-103  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2021  xylose transporter ATP-binding subunit  39.33 
 
 
504 aa  379  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1962  ABC transporter-related protein  40.81 
 
 
494 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1254  ABC transporter related  41.62 
 
 
515 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5318  ABC transporter related  40.52 
 
 
508 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.398307  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3599  ABC transporter related  41.77 
 
 
512 aa  378  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190927  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4447  ABC transporter related  41.38 
 
 
513 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00416844 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2905  ABC transporter related  41.78 
 
 
497 aa  377  1e-103  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.077452 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1601  ABC transporter related  38.59 
 
 
525 aa  375  1e-102  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6012  ABC transporter related  40.65 
 
 
861 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0667  ribose ABC transporter ATP-binding protein  38.39 
 
 
461 aa  373  1e-102  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0613  ABC transporter related  38.59 
 
 
497 aa  372  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1350  ABC sugar transporter, fused ATPase subunits  41.21 
 
 
504 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  41.73 
 
 
514 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1228  ABC transporter related  41.45 
 
 
517 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2723  ABC transporter related  44.31 
 
 
515 aa  373  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0411  ABC transporter related  38.57 
 
 
494 aa  372  1e-102  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.046808  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  41.73 
 
 
514 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  41.73 
 
 
514 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2808  ABC transporter related  41.43 
 
 
501 aa  375  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4967  ABC transporter related  40.93 
 
 
513 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01050  monosaccharide ABC transporter ATP-binding protein  44.9 
 
 
540 aa  371  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0116  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  37.78 
 
 
492 aa  372  1e-101  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0624  ABC sugar transporter, ATPase subunit  41.3 
 
 
512 aa  372  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3328  ABC transporter related  40.52 
 
 
512 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5245  ABC transporter related  40.73 
 
 
514 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3706  ABC transporter related  42.03 
 
 
506 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.594267  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1800  ABC-type sugar transport system, ATPase component  37.32 
 
 
492 aa  370  1e-101  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225071  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5039  ABC transporter related  40.52 
 
 
512 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02652  conserved hypothetical protein  37.63 
 
 
499 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0515  D-ribose transporter ATP binding protein  40.73 
 
 
501 aa  367  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4569  ABC sugar transporter, ATPase subunit  38.62 
 
 
527 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06145  D-ribose transporter ATP binding protein  39.68 
 
 
501 aa  367  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1644  ABC transporter related  38.9 
 
 
495 aa  368  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6621  ABC transporter related protein  40.77 
 
 
525 aa  365  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000823555 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5471  ABC transporter related  40.08 
 
 
520 aa  368  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428158  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02613  hypothetical protein  37.63 
 
 
499 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1371  D-ribose transporter ATP binding protein  39.64 
 
 
504 aa  367  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0010  D-ribose transporter ATP binding protein  40.73 
 
 
500 aa  367  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000341  ribose ABC transport system ATP-binding protein RbsA  39.48 
 
 
501 aa  365  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3058  ABC transporter related  40.24 
 
 
502 aa  365  1e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00083367  normal  0.295827 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22700  ABC transporter related  36.9 
 
 
501 aa  365  1e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00201717  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4850  ABC transporter related  41.68 
 
 
503 aa  365  1e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.616228  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2687  ABC transporter related  38.38 
 
 
495 aa  365  1e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>