149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2616 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2616  hypothetical protein  100 
 
 		 289 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0188045 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2119  hypothetical protein  97.23 
 
 		 289 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3232  hypothetical protein  86.85 
 
 		 289 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4081  hypothetical protein  83.16 
 
 		 310 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.000110004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2558  hypothetical protein  70.29 
 
 		 282 aa  362  6e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.654353  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2859  hypothetical protein  61.92 
 
 		 290 aa  358  4e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0486796  normal  0.274768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2372  hypothetical protein  63.37 
 
 		 282 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3385  hypothetical protein  69.87 
 
 		 282 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373526  normal  0.718715 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2521  hypothetical protein  38.22 
 
 		 261 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.49989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0022  hypothetical protein  43.1 
 
 		 257 aa  195  6e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.828521  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2799  type IV / VI secretion system protein, DotU family  40.08 
 
 		 258 aa  194  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.514043  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3247  type IV / VI secretion system protein, DotU family  40.17 
 
 		 258 aa  193  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3725  hypothetical protein  40.61 
 
 		 273 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.364927  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1078  type IV / VI secretion system protein, DotU family  38.91 
 
 		 258 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1204  hypothetical protein  35.51 
 
 		 258 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0809723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0394  hypothetical protein  35.06 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0321  hypothetical protein  35.06 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0053  hypothetical protein  37.86 
 
 		 271 aa  172  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0230  hypothetical protein  35.79 
 
 		 253 aa  149  6e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0232  hypothetical protein  38.32 
 
 		 253 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1222  hypothetical protein  37.65 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.619966 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1103  Aec26  37.65 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0238  hypothetical protein  37.21 
 
 		 253 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0103  hypothetical protein  35.92 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42910  hypothetical protein  34.47 
 
 		 289 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.386497 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3604  hypothetical protein  34.47 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5419  hypothetical protein  33.5 
 
 		 291 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0398  hypothetical protein  34.48 
 
 		 438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344138  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1205  hypothetical protein  34.48 
 
 		 438 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.145712  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0253  hypothetical protein  34.48 
 
 		 437 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1592  hypothetical protein  34.48 
 
 		 438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1777  hypothetical protein  34.48 
 
 		 438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2966  hypothetical protein  34.48 
 
 		 438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2841  hypothetical protein  34.48 
 
 		 438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.548037  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0447  hypothetical protein  34.48 
 
 		 438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.554546  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1593  hypothetical protein  34.16 
 
 		 440 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442796  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5578  hypothetical protein  31.55 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1758  IcmH  31.22 
 
 		 257 aa  125  8.000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0429  hypothetical protein  31.22 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1674  type VI secretion system OmpA/MotB family protein  29.63 
 
 		 415 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169962  normal  0.0141986 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2553  hypothetical protein  31.88 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00740521  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26720  hypothetical protein  33.18 
 
 		 430 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2374  OmpA/MotB domain-containing protein  26.1 
 
 		 429 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00251  OmpA family membrane protein  30.74 
 
 		 438 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0515  type IV / VI secretion system protein, DotU family  30.85 
 
 		 442 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00925  hypothetical protein  30.28 
 
 		 449 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0257059  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0212  hypothetical protein  31.87 
 
 		 460 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.468684  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1523  hypothetical protein  26.81 
 
 		 469 aa  112  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.414466  normal  0.78534 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0149  hypothetical protein  29.48 
 
 		 449 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0371837  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1472  hypothetical protein  28.14 
 
 		 452 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0650495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000429  ImpK/VasF outer membrane protein  30 
 
 		 263 aa  110  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05851  hypothetical protein  29.62 
 
 		 263 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4056  hypothetical protein  32.28 
 
 		 460 aa  109  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000056515 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2465  hypothetical protein  29.03 
 
 		 413 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0303  hypothetical protein  31.55 
 
 		 434 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.459512 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0308  hypothetical protein  31.55 
 
 		 434 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.677173  normal  0.0357421 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0314  hypothetical protein  31.55 
 
 		 434 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.497389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0320  hypothetical protein  31.55 
 
 		 434 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.246257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3845  hypothetical protein  28.32 
 
 		 443 aa  105  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00641884  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2089  OmpA/MotB domain-containing protein  30.87 
 
 		 456 aa  103  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.975848  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2317  hypothetical protein  29.01 
 
 		 453 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0027894  hitchhiker  0.000887894 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000015  Flagellar motor rotation protein MotB  23.7 
 
 		 430 aa  102  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1114  putative type VI secretion protein VasF  29.26 
 
 		 275 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7017  hypothetical protein  25.94 
 
 		 429 aa  96.3  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2088  hypothetical protein  26.62 
 
 		 443 aa  92.8  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0126  hypothetical protein  29.44 
 
 		 433 aa  92.4  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6109  hypothetical protein  26.46 
 
 		 447 aa  92  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.480365 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1914  hypothetical protein  28.43 
 
 		 426 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6678  hypothetical protein  25.19 
 
 		 436 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1609  hypothetical protein  29.44 
 
 		 433 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0927  hypothetical protein  28.43 
 
 		 421 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1214  hypothetical protein  28.43 
 
 		 421 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0162  hypothetical protein  29.44 
 
 		 433 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0139  hypothetical protein  29.44 
 
 		 433 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2189  hypothetical protein  28.43 
 
 		 421 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3921  hypothetical protein  26.18 
 
 		 431 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2999  hypothetical protein  30.53 
 
 		 406 aa  90.1  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1690  hypothetical protein  27.94 
 
 		 421 aa  89.7  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.994866  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3484  hypothetical protein  25.75 
 
 		 432 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0805528  normal  0.565487 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0328  hypothetical protein  27.94 
 
 		 421 aa  89.7  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0237  hypothetical protein  27.94 
 
 		 421 aa  89.7  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0991  hypothetical protein  26.59 
 
 		 434 aa  88.2  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3023  hypothetical protein  27.6 
 
 		 434 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0935  hypothetical protein  28 
 
 		 414 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1514  type IV / VI secretion system protein, DotU family  23.74 
 
 		 327 aa  85.9  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568631  normal  0.950361 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1182  putative type VI secretion protein VasF-1  28.48 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.29093  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3047  type IV / VI secretion system protein, DotU family  29.7 
 
 		 489 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1372  OmpA domain-containing protein  29.12 
 
 		 458 aa  79  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6042  OmpA-type porin  24.2 
 
 		 511 aa  79  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1484  type VI secretion system OmpA/MotB family protein  26.2 
 
 		 458 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.287067  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3551  hypothetical protein  30.64 
 
 		 536 aa  75.5  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178777  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3034  OmpA/MotB  29.7 
 
 		 487 aa  75.5  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.047877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3422  hypothetical protein  31.21 
 
 		 536 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2089  hypothetical protein  30.48 
 
 		 571 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0458657  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0804  hypothetical protein  30.48 
 
 		 552 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.624526  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0716  hypothetical protein  30.48 
 
 		 552 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2952  hypothetical protein  31.21 
 
 		 535 aa  72.4  0.000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.314306 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2353  type IV / VI secretion system protein, DotU family  25.77 
 
 		 494 aa  71.6  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.565328 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1179  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B (Asp/Glu-ADT subunit B)  25.66 
 
 		 254 aa  71.6  0.00000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0732  hypothetical protein  29.95 
 
 		 552 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0245739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>