More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2379 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2379  electron transport protein SCO1/SenC  100 
 
 		 223 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3316  electron transport protein SCO1/SenC  100 
 
 		 223 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1986  electron transport protein SCO1/SenC  100 
 
 		 202 aa  413  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.963654 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1892  electron transport protein SCO1/SenC  94.55 
 
 		 202 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2285  twin-arginine translocation pathway signal  72.28 
 
 		 201 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.14309  hitchhiker  0.000889852 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2208  electron transport protein SCO1/SenC  71.78 
 
 		 201 aa  275  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2608  Sco1/SenC family protein  71.57 
 
 		 201 aa  275  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00462141  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2851  SCO1/SenC family protein  66.49 
 
 		 188 aa  271  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000861503  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1998  electron transport protein SCO1/SenC  52.73 
 
 		 221 aa  178  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3172  putative lipoprotein  49.19 
 
 		 198 aa  174  8e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0416881  normal  0.34002 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1995  electron transport protein SCO1/SenC  50.31 
 
 		 197 aa  172  3.9999999999999995e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000392946 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3898  electron transport protein SCO1/SenC  46.45 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.88916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0888  electron transport protein SCO1/SenC  45.7 
 
 		 210 aa  164  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3526  electron transport protein SCO1/SenC  42.86 
 
 		 203 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1683  electron transport protein SCO1/SenC  44.85 
 
 		 204 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2849  electron transport protein SCO1/SenC  44.44 
 
 		 187 aa  160  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1690  electron transport protein SCO1/SenC  44.02 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.805804  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4381  electron transport protein SCO1/SenC  45.7 
 
 		 209 aa  155  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.558879  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1255  electron transport protein SCO1/SenC  43.3 
 
 		 209 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1389  electron transport protein SCO1/SenC  43.43 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3791  electron transport protein SCO1/SenC  42.94 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1930  electron transport protein SCO1/SenC  45.41 
 
 		 196 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0628  electron transport protein SCO1/SenC  42.61 
 
 		 191 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000013207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1061  electron transport protein SCO1/SenC  44.02 
 
 		 201 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.099105  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0555  electron transport protein SCO1/SenC  39.9 
 
 		 205 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0945335  normal  0.591506 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1635  electron transport protein SCO1/SenC  42.62 
 
 		 194 aa  142  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.132888  normal  0.682458 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4161  electron transport protein SCO1/SenC  38.89 
 
 		 205 aa  141  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.992536 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0248  electron transport protein SCO1/SenC  45.29 
 
 		 203 aa  141  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0520152 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0287  electron transport protein SCO1/SenC  41.08 
 
 		 205 aa  141  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3829  electron transport protein SCO1/SenC  43.9 
 
 		 211 aa  140  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.707437 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0229  electron transport protein SCO1/SenC  44.71 
 
 		 203 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0324  electron transport protein SCO1/SenC  45.91 
 
 		 231 aa  137  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0373  lipoprotein  45 
 
 		 200 aa  137  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0271  electron transport protein SCO1/SenC  44.65 
 
 		 204 aa  137  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.777659 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2918  electron transport protein SCO1/SenC  43.95 
 
 		 213 aa  136  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00907715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0192  electron transport protein SCO1/SenC  41.21 
 
 		 205 aa  135  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2753  electron transport protein SCO1/SenC  42.08 
 
 		 205 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2836  electron transport protein SCO1/SenC  42.08 
 
 		 205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2223  electron transport protein SCO1/SenC  42.08 
 
 		 205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2847  electron transport protein SCO1/SenC  42.08 
 
 		 191 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2893  electron transport protein SCO1/SenC  42.93 
 
 		 205 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.945666  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0436  SCO1/SenC family protein  40.98 
 
 		 181 aa  132  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.465063  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1472  electron transport protein SCO1/SenC  41.24 
 
 		 192 aa  131  7.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A6166  electron transport protein SCO1/SenC  41.53 
 
 		 205 aa  131  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.527334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2860  SCO1/SenC family protein  38.58 
 
 		 205 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A0159  SCO1/SenC family protein  38.58 
 
 		 205 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.477348  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0500  SCO1/SenC family protein  38.58 
 
 		 205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0518  SCO1/SenC family protein  38.58 
 
 		 205 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.83409  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1433  SCO1/SenC family protein  38.58 
 
 		 205 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3187  SCO1/SenC family protein  40.44 
 
 		 181 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0683  SCO1/SenC family protein  40.44 
 
 		 181 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.744521  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0337  putative SCO1/SenC family protein  39.44 
 
 		 197 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.769347  normal  0.0226866 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0467  electron transport protein SCO1/SenC  41.98 
 
 		 205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2625  electron transport protein SCO1/SenC  42.18 
 
 		 204 aa  125  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00219906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3622  electron transport protein SCO1/SenC  42.86 
 
 		 200 aa  121  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.847452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3960  electron transport protein SCO1/SenC  42.86 
 
 		 200 aa  121  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.105512  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3419  electron transport protein SCO1/SenC  36.27 
 
 		 196 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2426  electron transport protein SCO1/SenC  40.76 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0897177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3768  electron transport protein SCO1/SenC  44.29 
 
 		 197 aa  118  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.197212  normal  0.330218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2379  electron transport protein SCO1/SenC  40.52 
 
 		 204 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.778887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0787  putative electron transport protein  37.65 
 
 		 197 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305145 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3548  electron transport protein SCO1/SenC  35.57 
 
 		 200 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.230336  normal  0.675478 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4631  electron transport protein SCO1/SenC  39.87 
 
 		 193 aa  115  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.154208 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3224  electron transport protein SCO1/SenC  35.57 
 
 		 226 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.533734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3279  electron transport protein SCO1/SenC  34.17 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.508145  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5169  electron transport protein SCO1/SenC  37.91 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0997  electron transport protein SCO1/SenC  37.25 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.995366  normal  0.775153 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0514  electron transport protein SCO1/SenC  34.62 
 
 		 219 aa  112  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5935  electron transport protein SCO1/SenC  43.88 
 
 		 215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1240  electron transport protein SCO1/SenC  36.36 
 
 		 219 aa  112  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.637304 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2862  electron transport protein SCO1/SenC  39.49 
 
 		 197 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.810748  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2982  electron transport protein SCO1/SenC  41.03 
 
 		 197 aa  111  7.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0335697  hitchhiker  0.000767579 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2400  electron transport protein SCO1/SenC  37.82 
 
 		 211 aa  111  8.000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0014  Classical-complement-pathway C3/C5 convertase  37.56 
 
 		 203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.143116  hitchhiker  0.00194121 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0885  electron transport protein SCO1/SenC  37.25 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2758  SCO1/SenC family protein  35.2 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2836  SCO1/SenC family protein  35.2 
 
 		 232 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.683043  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0564  SCO1/SenC family protein  35.2 
 
 		 232 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2445  SCO1/SenC family protein  35.2 
 
 		 232 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1751  SCO1/SenC family protein  35.75 
 
 		 218 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.132366  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1768  SCO1/SenC family protein  35.2 
 
 		 232 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2817  SCO1/SenC family protein  35.2 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.172118  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2912  electron transport protein SCO1/SenC  40.65 
 
 		 197 aa  109  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2882  electron transport protein SCO1/SenC  36.36 
 
 		 204 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.288207 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3360  electron transport protein SCO1/SenC  36.08 
 
 		 210 aa  108  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4652  electron transport protein SCO1/SenC  33.86 
 
 		 197 aa  108  7.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.753044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3429  electron transport protein SCO1/SenC  35.09 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7627  electron transport protein  37.01 
 
 		 219 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.160482  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2820  electron transport protein SCO1/SenC  33.33 
 
 		 206 aa  105  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.439098  normal  0.0955603 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1375  electron transport protein SCO1/SenC  37.66 
 
 		 211 aa  105  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.101668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3956  electron transport protein SCO1/SenC  39.05 
 
 		 208 aa  104  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0454728  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3618  electron transport protein SCO1/SenC  39.05 
 
 		 208 aa  104  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0565663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0857  electron transport protein SCO1/SenC  34.94 
 
 		 208 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1577  electron transport protein SCO1/SenC  36.81 
 
 		 200 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007406  Nwi_0144  electron transport protein SCO1/SenC  35.95 
 
 		 197 aa  104  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.962644  normal  0.838775 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4443  electron transport protein SCO1/SenC  35.11 
 
 		 210 aa  103  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00591291  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_1380  electron transport protein SCO1/SenC  37.91 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.019613  hitchhiker  0.0000640851 
 
 
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NC_007298  Daro_0135  electron transport protein SCO1/SenC  34.13 
 
 		 197 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011757  Mchl_1655  electron transport protein SCO1/SenC  37.91 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.270396  normal  0.565146 
 
 
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NC_012560  Avin_00930  Electron transport protein SCO1/SenC  37.66 
 
 		 211 aa  102  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.330102  n/a   
 
 
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