More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2287 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2287  phage internal core protein  100 
 
 		 1569 aa  3232    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.120406 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4086  Transglycosylase domain protein  24.09 
 
 		 1364 aa  174  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0846  lytic transglycosylase, catalytic  45.69 
 
 		 325 aa  88.6  8e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  45.63 
 
 		 217 aa  88.2  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  42.06 
 
 		 280 aa  87.4  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  41.53 
 
 		 260 aa  87  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  38.21 
 
 		 199 aa  85.5  0.000000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  41.07 
 
 		 206 aa  84.7  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  36.44 
 
 		 228 aa  84.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  39.29 
 
 		 368 aa  82.8  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  41.74 
 
 		 260 aa  82.8  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 		 235 aa  82.4  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  44.55 
 
 		 448 aa  81.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  36.28 
 
 		 243 aa  79  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  42.24 
 
 		 251 aa  79.3  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  38.74 
 
 		 291 aa  78.6  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2342  Lytic transglycosylase catalytic  39.62 
 
 		 327 aa  77.4  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.920192  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  35.4 
 
 		 174 aa  77.4  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  34.17 
 
 		 222 aa  76.6  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  38.62 
 
 		 340 aa  76.3  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  42.22 
 
 		 188 aa  76.3  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  39.05 
 
 		 195 aa  76.3  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  38.18 
 
 		 202 aa  76.3  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  36.28 
 
 		 261 aa  75.5  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  40.68 
 
 		 196 aa  75.1  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1044  lytic transglycosylase, catalytic  39.68 
 
 		 367 aa  74.3  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.093004  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  40.18 
 
 		 198 aa  74.7  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1908  lytic transglycosylase catalytic  37.33 
 
 		 340 aa  74.3  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  34.51 
 
 		 261 aa  73.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  34.51 
 
 		 261 aa  73.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  34.51 
 
 		 261 aa  73.6  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  34.51 
 
 		 261 aa  73.6  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  35.4 
 
 		 261 aa  73.2  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 		 207 aa  73.6  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  41.11 
 
 		 245 aa  73.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0406  Lytic transglycosylase catalytic  42.27 
 
 		 258 aa  73.2  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  0.0556667 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  42.22 
 
 		 261 aa  73.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  34.51 
 
 		 259 aa  72.8  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  34.82 
 
 		 261 aa  72.8  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5561  lytic transglycosylase catalytic  36.67 
 
 		 340 aa  72.8  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  42.11 
 
 		 196 aa  72.8  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  34.91 
 
 		 329 aa  72.4  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  37.29 
 
 		 209 aa  72.4  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  33.63 
 
 		 217 aa  72  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  37.93 
 
 		 209 aa  72  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  34.82 
 
 		 261 aa  71.6  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  33.63 
 
 		 238 aa  71.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  40.71 
 
 		 282 aa  71.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  38.39 
 
 		 215 aa  71.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  37.84 
 
 		 244 aa  71.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  33.33 
 
 		 297 aa  70.9  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  32.77 
 
 		 191 aa  70.9  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  41.11 
 
 		 146 aa  70.5  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 297 aa  70.9  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  40.34 
 
 		 370 aa  70.5  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  35.71 
 
 		 206 aa  70.9  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  36.52 
 
 		 209 aa  70.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  36.52 
 
 		 209 aa  70.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  38.94 
 
 		 258 aa  70.1  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  35.51 
 
 		 362 aa  70.1  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  32.03 
 
 		 197 aa  69.7  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  33.93 
 
 		 261 aa  69.3  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  32.77 
 
 		 200 aa  68.9  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4519  lytic transglycosylase catalytic  38.02 
 
 		 291 aa  68.9  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.821488 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  35.51 
 
 		 362 aa  68.9  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  34.78 
 
 		 208 aa  68.2  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  38.53 
 
 		 214 aa  67  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  34.86 
 
 		 212 aa  67.4  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  35.43 
 
 		 239 aa  67.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  38.64 
 
 		 283 aa  67  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  37.86 
 
 		 318 aa  67.8  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  38.14 
 
 		 291 aa  67.8  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1931  lytic transglycosylase catalytic  31.65 
 
 		 328 aa  66.2  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.338077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  36.67 
 
 		 326 aa  66.6  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  42.86 
 
 		 241 aa  65.5  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  37.78 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  37.36 
 
 		 438 aa  65.1  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3220  lytic transglycosylase, catalytic  35.29 
 
 		 212 aa  64.7  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.301759 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  34.45 
 
 		 189 aa  64.7  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2207  Lytic transglycosylase catalytic  39.67 
 
 		 328 aa  64.7  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 211 aa  65.1  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  37.78 
 
 		 247 aa  64.7  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  32.43 
 
 		 197 aa  63.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  37.19 
 
 		 280 aa  63.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0165  lytic transglycosylase catalytic  37.82 
 
 		 363 aa  63.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  31.78 
 
 		 273 aa  64.3  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1822  Lytic transglycosylase catalytic  38.33 
 
 		 307 aa  64.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  31.78 
 
 		 305 aa  64.7  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  31.03 
 
 		 242 aa  64.7  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4176  lytic transglycosylase, catalytic  33.64 
 
 		 354 aa  64.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0500833  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  31.62 
 
 		 198 aa  64.7  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0083  lytic transglycosylase catalytic  37.82 
 
 		 363 aa  63.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 216 aa  63.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1911  soluble lytic murein transglycosylase  38.78 
 
 		 296 aa  63.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0241391  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  30.91 
 
 		 328 aa  63.5  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  39.56 
 
 		 208 aa  63.5  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  36.67 
 
 		 245 aa  63.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0358  Lytic transglycosylase catalytic  31.93 
 
 		 247 aa  63.2  0.00000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.77747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  32.43 
 
 		 218 aa  63.2  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0561  lytic transglycosylase, catalytic  38.78 
 
 		 296 aa  62.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>