More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2068 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2068  multidrug efflux MFS membrane fusion protein, putative  100 
 
 		 425 aa  842    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.851411 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3675  secretion protein HlyD family protein  96.59 
 
 		 381 aa  640    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2114  multidrug resistance protein A  54.96 
 
 		 393 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2928  HlyD family secretion protein  52.23 
 
 		 372 aa  295  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48280  putative multidrug resistance efflux pump  53.54 
 
 		 383 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0160418  normal  0.0591644 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4968  secretion protein HlyD  51.94 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3192  secretion protein HlyD family protein  51.94 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4287  secretion protein HlyD family protein  51.94 
 
 		 374 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0584309  normal  0.408904 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2980  secretion protein HlyD family protein  45.74 
 
 		 383 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3279  secretion protein HlyD  47.16 
 
 		 385 aa  259  8e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.119493  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0156  secretion protein HlyD  46.27 
 
 		 390 aa  256  5e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0954  secretion protein HlyD family protein  45.13 
 
 		 413 aa  253  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.702567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4416  secretion protein HlyD family protein  44.63 
 
 		 366 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.401076  normal  0.621386 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0736  major facilitator superfamily multidrug efflux pump membrane fusion protein  43.61 
 
 		 375 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5592  HlyD family multidrug resistance protein  46.36 
 
 		 381 aa  246  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.306614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4682  secretion protein HlyD family protein  42.23 
 
 		 372 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.384444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3793  secretion protein HlyD  46.4 
 
 		 373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167137  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0834  secretion protein HlyD family protein  44.35 
 
 		 396 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.541495 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6488  secretion protein HlyD family protein  46.06 
 
 		 394 aa  242  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2360  secretion protein HlyD family protein  41.45 
 
 		 344 aa  239  5.999999999999999e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1183  secretion protein HlyD family protein  42.36 
 
 		 354 aa  239  8e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3795  secretion protein HlyD family protein  42.89 
 
 		 373 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2319  putative secretion protein  47.08 
 
 		 352 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0810841  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0238  secretion protein HlyD  40.64 
 
 		 375 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5998  secretion protein HlyD family protein  42.78 
 
 		 394 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3454  secretion protein HlyD family protein  41.62 
 
 		 380 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  42.54 
 
 		 350 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3713  secretion protein HlyD family protein  39.89 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.598746 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4651  HlyD family multidrug resistance protein  40.37 
 
 		 380 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.731563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3276  secretion protein HlyD family protein  44.51 
 
 		 372 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27420  putative secretion protein  45.85 
 
 		 354 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204375  normal  0.853032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1815  secretion protein HlyD family protein  43.75 
 
 		 390 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3362  secretion protein HlyD family protein  44.13 
 
 		 382 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.347896  hitchhiker  0.0000000000000309797 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3415  secretion protein HlyD family protein  38.92 
 
 		 406 aa  231  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6769  secretion protein HlyD family protein  42.18 
 
 		 393 aa  230  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4494  secretion protein HlyD family protein  41.91 
 
 		 374 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.001486  normal  0.244602 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5067  secretion protein HlyD family protein  42.86 
 
 		 367 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7473  secretion protein HlyD family protein  43.45 
 
 		 390 aa  227  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0522  secretion protein HlyD family protein  39.82 
 
 		 351 aa  227  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.889598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1624  HlyD family secretion protein  46.15 
 
 		 377 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3509  secretion protein HlyD family protein  39.82 
 
 		 351 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0873  secretion protein HlyD family protein  42.86 
 
 		 353 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  39.78 
 
 		 351 aa  226  6e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0523  secretion protein HlyD family protein  39.51 
 
 		 351 aa  225  9e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  38.89 
 
 		 387 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4283  secretion protein HlyD family protein  41.74 
 
 		 365 aa  225  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.638187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6188  putative multidrug resistance protein A  40.05 
 
 		 456 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.650101  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4975  secretion protein HlyD family protein  43.77 
 
 		 363 aa  225  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1980  secretion protein HlyD  42.31 
 
 		 411 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.539609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1608  secretion protein HlyD family protein  43.39 
 
 		 414 aa  224  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000243495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  38.94 
 
 		 387 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3768  secretion protein HlyD family protein  43.77 
 
 		 364 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20986 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3901  secretion protein HlyD family protein  41.91 
 
 		 374 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3626  secretion protein HlyD family protein  41.91 
 
 		 374 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.382081  normal  0.990317 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4465  secretion protein HlyD  41.91 
 
 		 374 aa  223  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1332  secretion protein HlyD family protein  42.86 
 
 		 342 aa  223  7e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.729441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4608  secretion protein HlyD  43.77 
 
 		 364 aa  223  7e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0499  secretion protein HlyD family protein  37.7 
 
 		 364 aa  223  7e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3755  secretion protein HlyD family protein  43.77 
 
 		 364 aa  223  7e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.178549  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0402  HlyD family secretion protein  41.03 
 
 		 348 aa  222  8e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3991  secretion protein HlyD family protein  44.73 
 
 		 371 aa  222  9e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1272  secretion protein HlyD family protein  43.09 
 
 		 367 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.529481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6561  secretion protein HlyD family protein  43.28 
 
 		 397 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0560581  normal  0.0514365 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4521  secretion protein HlyD family protein  38.25 
 
 		 351 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.170966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4576  secretion protein HlyD family protein  43.7 
 
 		 353 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5486  secretion protein HlyD family protein  43.64 
 
 		 363 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.707329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3406  secretion protein HlyD family protein  42.47 
 
 		 358 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3843  secretion protein HlyD family protein  38.6 
 
 		 352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2344  HlyD family secretion protein  43.54 
 
 		 364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3787  secretion protein HlyD family protein  38.6 
 
 		 352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4453  secretion protein HlyD family protein  42.82 
 
 		 367 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0217211  normal  0.353022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3379  secretion protein HlyD family protein  46.73 
 
 		 360 aa  220  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.316914 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3595  secretion protein HlyD  41.02 
 
 		 404 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.766279  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3990  secretion protein HlyD family protein  40.86 
 
 		 383 aa  219  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302523  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0482  secretion protein HlyD family protein  38.6 
 
 		 352 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3969  secretion protein HlyD family protein  38.6 
 
 		 352 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3632  secretion protein HlyD family protein  43.33 
 
 		 363 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0452  secretion protein HlyD family protein  38.91 
 
 		 352 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  36.97 
 
 		 411 aa  219  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3406  secretion protein HlyD  40.56 
 
 		 419 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0814588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4061  secretion protein HlyD family protein  40.62 
 
 		 422 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0143  secretion protein HlyD  42.94 
 
 		 356 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.723307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2795  secretion protein HlyD family protein  40 
 
 		 402 aa  215  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.758551 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2191  HlyD family secretion protein  41.48 
 
 		 373 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6591  secretion protein HlyD family protein  42.56 
 
 		 378 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2501  secretion protein HlyD family protein  39.94 
 
 		 358 aa  214  2.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.259226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2180  secretion protein HlyD  37.68 
 
 		 408 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4470  secretion protein HlyD family protein  44.28 
 
 		 401 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0744  secretion protein HlyD  40.3 
 
 		 363 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4102  secretion protein HlyD family protein  43.99 
 
 		 401 aa  211  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4584  secretion protein HlyD family protein  42.51 
 
 		 402 aa  210  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  39 
 
 		 344 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  37.5 
 
 		 413 aa  211  3e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2020  secretion protein HlyD family protein  37.81 
 
 		 366 aa  210  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3393  secretion protein HlyD family protein  40.78 
 
 		 350 aa  210  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  39 
 
 		 355 aa  210  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1877  secretion protein HlyD  37.57 
 
 		 349 aa  209  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00461  transport protein  42.39 
 
 		 400 aa  209  9e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.206402  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  41.61 
 
 		 349 aa  208  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  41.61 
 
 		 349 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>