34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2059 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2059  CsbD family protein  100 
 
 
82 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918021  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3681  CsbD family protein  97.56 
 
 
82 aa  158  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1578  CsbD family protein  93.9 
 
 
82 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0515828  normal  0.510488 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2159  hypothetical protein  79.27 
 
 
82 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.876474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5643  CsbD family protein  40 
 
 
80 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.595165  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1145  CsbD family protein  40.68 
 
 
63 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3352  hypothetical protein  44.9 
 
 
63 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1602  CsbD-like  41.07 
 
 
61 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00164286  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2598  hypothetical protein  34.67 
 
 
90 aa  47.8  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.110866  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1550  CsbD family protein  35 
 
 
62 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0886434  normal  0.217022 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1879  CsbD family protein  35 
 
 
62 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5331  CsbD family protein  33.33 
 
 
65 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0107466 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1689  CsbD family protein  38.89 
 
 
57 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.368224  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0610  hypothetical protein  30.49 
 
 
83 aa  45.4  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0057785 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2645  CsbD-like  40.74 
 
 
61 aa  45.1  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2036  CsbD family protein  36.36 
 
 
62 aa  44.3  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00282933  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4455  CsbD family protein  36.67 
 
 
131 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.845381  normal  0.999867 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2412  CsbD family protein  35.59 
 
 
59 aa  43.9  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.324054  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3274  CsbD-like  36.67 
 
 
69 aa  43.5  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02330  CsbD-like stress response protein  36.36 
 
 
63 aa  43.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0752085  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0367  CsbD family protein  31.67 
 
 
127 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2139  CsbD family protein  38.78 
 
 
109 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.756124  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2184  CsbD family protein  40.43 
 
 
59 aa  42.7  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1759  protein of unknown function DUF883, ElaB  34.25 
 
 
90 aa  42.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000196964 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3006  putative general stress response protein  29.76 
 
 
102 aa  41.6  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.652543  normal  0.570216 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2001  CsbD family protein  37.29 
 
 
82 aa  41.6  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.992025  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2220  hypothetical protein  32.43 
 
 
95 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168065  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3194  CsbD family protein  38.89 
 
 
101 aa  41.6  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.828188  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2126  CsbD family protein  38.78 
 
 
61 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0258887  normal  0.693221 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3147  CsbD family protein  38.89 
 
 
56 aa  41.2  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1052  CsbD family protein  31.67 
 
 
127 aa  40.8  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.250631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0398  CsbD family protein  30 
 
 
127 aa  40.8  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2107  CsbD family protein  41.07 
 
 
126 aa  40.8  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.40182  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3473  CsbD family protein  40.82 
 
 
59 aa  40.4  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300771  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>