More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2056 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2056  sodium:dicarboxylate symporter  100 
 
 		 439 aa  875    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.220852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3162  sodium:dicarboxylate symporter  91.78 
 
 		 438 aa  796    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1575  sodium:dicarboxylate symporter  93.15 
 
 		 438 aa  807    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120491  normal  0.370091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3684  sodium:dicarboxylate symporter  99.54 
 
 		 435 aa  865    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1270  aerobic C4-dicarboxylate transport protein  85.75 
 
 		 435 aa  728    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0982  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.02 
 
 		 452 aa  482  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5339  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.47 
 
 		 465 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4196  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.96 
 
 		 436 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49130  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.72 
 
 		 436 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000308919 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2032  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.63 
 
 		 447 aa  474  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6225  C4-dicarboxylate transport protein  52.3 
 
 		 444 aa  465  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0153  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.55 
 
 		 429 aa  462  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0185  sodium:dicarboxylate symporter  54.72 
 
 		 428 aa  462  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1188  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.38 
 
 		 440 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3731  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.72 
 
 		 428 aa  462  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3836  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.72 
 
 		 428 aa  462  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.275466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1218  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.61 
 
 		 440 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.623958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0381  sodium:dicarboxylate symporter  54.27 
 
 		 437 aa  464  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000240059  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0083  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.54 
 
 		 430 aa  461  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0189  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.72 
 
 		 428 aa  462  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1437  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.69 
 
 		 447 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0432682  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3934  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.72 
 
 		 428 aa  462  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0367  sodium:dicarboxylate symporter  54.48 
 
 		 447 aa  463  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3480  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.65 
 
 		 444 aa  464  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.327392  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4016  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.72 
 
 		 428 aa  462  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3748  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.65 
 
 		 448 aa  461  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4892  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.72 
 
 		 428 aa  462  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.321398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1840  C4-dicarboxylate transporter DctA  56.17 
 
 		 439 aa  462  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.731313  normal  0.395958 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03376  C4-dicarboxylate transport protein  54.72 
 
 		 428 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1682  C4-dicarboxylate transport protein  53.74 
 
 		 460 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.662063  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1200  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.92 
 
 		 440 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03329  hypothetical protein  54.72 
 
 		 428 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0228  C4-dicarboxylate transporter DctA  52.49 
 
 		 429 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0132  sodium:dicarboxylate symporter  51.98 
 
 		 449 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0735159  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0080  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.54 
 
 		 430 aa  458  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3501  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.94 
 
 		 451 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1039  sodium:dicarboxylate symporter  54.94 
 
 		 439 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.681651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4228  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.15 
 
 		 440 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3707  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.74 
 
 		 450 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151684 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4078  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.47 
 
 		 428 aa  455  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3225  sodium:dicarboxylate symporter  54.46 
 
 		 439 aa  457  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.891613  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0356  sodium:dicarboxylate symporter  53.23 
 
 		 442 aa  456  1e-127  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.212213  normal  0.69556 
 
 
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NC_011757  Mchl_3283  sodium:dicarboxylate symporter  50.93 
 
 		 447 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_2717  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.03 
 
 		 443 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009436  Ent638_3925  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.72 
 
 		 428 aa  453  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_4772  sodium:dicarboxylate symporter  51.76 
 
 		 449 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  normal  0.37681 
 
 
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NC_009379  Pnuc_2034  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.72 
 
 		 442 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_3353  sodium:dicarboxylate symporter  53.85 
 
 		 447 aa  451  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007974  Rmet_4299  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.45 
 
 		 452 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709019 
 
 
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NC_010172  Mext_3059  sodium:dicarboxylate symporter  50.93 
 
 		 447 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009620  Smed_4178  C4-dicarboxylate transporter DctA  52.3 
 
 		 454 aa  448  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.174427 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3890  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.72 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3258  sodium:dicarboxylate symporter  51.82 
 
 		 446 aa  451  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  1 
 
 
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NC_011891  A2cp1_1856  sodium:dicarboxylate symporter  53.83 
 
 		 440 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011149  SeAg_B3822  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.45 
 
 		 428 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C3930  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.45 
 
 		 428 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.080438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1777  sodium:dicarboxylate symporter  53.83 
 
 		 440 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007760  Adeh_2100  Sodium/dicarboxylate symporter  54.35 
 
 		 440 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3990  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.45 
 
 		 428 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.142242 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3886  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.45 
 
 		 428 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3809  C4-dicarboxylate transporter DctA  55.45 
 
 		 428 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.708508 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4765  sodium:dicarboxylate symporter  54.74 
 
 		 455 aa  446  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2994  C4-dicarboxylate transporter DctA  52.34 
 
 		 449 aa  443  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.134288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0277  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.07 
 
 		 431 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4236  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.39 
 
 		 444 aa  444  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3547  sodium:dicarboxylate symporter  52.29 
 
 		 454 aa  444  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0280524 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2978  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.28 
 
 		 444 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231883  normal  0.172231 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1456  sodium:dicarboxylate symporter  52.55 
 
 		 446 aa  442  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2259  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.44 
 
 		 430 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2873  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.44 
 
 		 430 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.259802  n/a   
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_2884  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.21 
 
 		 430 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0997591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4064  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.28 
 
 		 429 aa  441  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8666  sodium:dicarboxylate symporter  53.92 
 
 		 466 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0456  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.77 
 
 		 428 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0098  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.28 
 
 		 429 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0640  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.77 
 
 		 444 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367999  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6215  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.21 
 
 		 429 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0399  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.77 
 
 		 444 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4067  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.28 
 
 		 429 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.409819 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02396  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.35 
 
 		 434 aa  439  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91259  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0027  sodium:dicarboxylate symporter  51.52 
 
 		 450 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4340  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.26 
 
 		 447 aa  441  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0476  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.77 
 
 		 428 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.145716  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0430  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.66 
 
 		 429 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0225  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.46 
 
 		 426 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33260  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.75 
 
 		 442 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.36472  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0009  sodium:dicarboxylate symporter  51.52 
 
 		 450 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.767498  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1872  C4-dicarboxylate transporter  56 
 
 		 430 aa  435  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2790  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.41 
 
 		 429 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.712352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2815  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.53 
 
 		 428 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3228  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.53 
 
 		 428 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0192  C4-dicarboxylate transporter DctA  52.8 
 
 		 429 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0620705 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1774  sodium:dicarboxylate symporter  52.66 
 
 		 448 aa  436  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.458594  normal  0.0497 
 
 
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NC_008390  Bamb_2928  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.41 
 
 		 429 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5625  sodium:dicarboxylate symporter  57.04 
 
 		 440 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0953084 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6261  sodium:dicarboxylate symporter  57.66 
 
 		 444 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.85508 
 
 
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NC_010682  Rpic_0186  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.04 
 
 		 429 aa  437  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.436113  normal  0.912792 
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A0204  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.53 
 
 		 428 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A1389  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.53 
 
 		 428 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003295  RSc0330  C4-dicarboxylate transporter DctA  52.31 
 
 		 428 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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