153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2018 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2018  BNR domain-containing protein  100 
 
 		 319 aa  634    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.108216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3724  hypothetical protein  97.18 
 
 		 346 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1550  hypothetical protein  93.89 
 
 		 342 aa  560  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1578  hypothetical protein  88.36 
 
 		 341 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0613836  normal  0.221478 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1700  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  75.5 
 
 		 369 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.601286  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3230  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  71.34 
 
 		 342 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.448997  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3778  BNR/Asp-box repeat protein  74.66 
 
 		 340 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24310  BNR/Asp-box repeat-containing protein  66.56 
 
 		 365 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2059  hypothetical protein  66.88 
 
 		 361 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0816093  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2936  hypothetical protein  67.33 
 
 		 363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.608835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2065  uncharacterized protein related to photosystem II stability/assembly factor  42.52 
 
 		 382 aa  253  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2810  glycosyl hydrolase  44.33 
 
 		 331 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1364  BNR/Asp-box repeat-containing protein  39.93 
 
 		 359 aa  214  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.27216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2667  hypothetical protein  45.15 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.166994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0132  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  37.57 
 
 		 359 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2164  glycosyl hydrolase  40.35 
 
 		 368 aa  198  7.999999999999999e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0722696 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0966  hypothetical protein  38.92 
 
 		 363 aa  196  6e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.254365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2245  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  35.8 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000222416  hitchhiker  0.00000000000000277962 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1590  BNR repeat-containing protein  37.65 
 
 		 336 aa  186  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4866  hypothetical protein  40.56 
 
 		 329 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3165  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  39.08 
 
 		 299 aa  182  9.000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.401684  normal  0.916816 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3921  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  39.21 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1807  BNR repeat-containing protein  37.91 
 
 		 337 aa  180  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.120061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2970  hypothetical protein  40.4 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1573  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  39.59 
 
 		 324 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2804  BNR repeat-containing protein  39.2 
 
 		 344 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.354775  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2223  BNR repeat-containing protein  39.01 
 
 		 336 aa  175  9e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110156  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4061  glycosyl hydrolase, BNR repeat protein  38.67 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.369281  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1940  BNR repeat-containing protein  38.24 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.242255  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6780  glycosyl hydrolase  41.95 
 
 		 324 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2197  BNR repeat-containing protein  35.39 
 
 		 337 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.284418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2442  BNR repeat-containing protein  37.78 
 
 		 338 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1446  glycosyl hydrolase  40 
 
 		 323 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4028  glycosyl hydrolase, BNR repeat  37.03 
 
 		 355 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0574682  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2555  BNR repeat-containing protein  37.78 
 
 		 338 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0401334  normal  0.0919283 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4326  glycosyl hydrolase, BNR repeat  38.71 
 
 		 323 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.0660823 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4436  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  38.71 
 
 		 323 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.501856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1783  BNR repeat-containing protein  35.58 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0329524  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6866  glycosyl hydrolase  33.75 
 
 		 354 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0347916  normal  0.0962421 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1909  BNR repeat protein  37.14 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00042683  normal  0.120925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1678  BNR repeat-containing protein  35.28 
 
 		 336 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0439463  normal  0.180589 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2435  BNR repeat-containing protein  36.83 
 
 		 338 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.724955  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0646  hypothetical protein  35.48 
 
 		 363 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0104627  normal  0.241315 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2000  BNR repeat-containing protein  36.24 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.177626  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6391  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  37.37 
 
 		 323 aa  159  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1753  BNR repeat-containing protein  35.74 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0888292  normal  0.639516 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2478  BNR repeat-containing protein  34.23 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183941  normal  0.0107385 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2595  BNR repeat-containing protein  34.48 
 
 		 336 aa  156  4e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4345  glycosyl hydrolase BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  37.15 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.60812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2138  BNR repeat-containing protein  36 
 
 		 342 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.154438 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3430  BNR repeat-containing protein  33.15 
 
 		 397 aa  152  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0324966  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6841  hypothetical protein  37.85 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.109659  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1727  BNR repeat-containing protein  36.3 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3143  BNR domain-containing protein  33.69 
 
 		 361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.980109 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3201  BNR domain-containing protein  36.68 
 
 		 353 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.305002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2128  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  33.94 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.437316  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2813  BNR domain-containing protein  34.8 
 
 		 320 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0172684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4357  glycosyl hydrolase BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  37.5 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2748  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  35.27 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000496778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5038  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  36.81 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5822  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  36.81 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2022  hypothetical protein  31.39 
 
 		 897 aa  112  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2003  glycosyl hydrolase, BNR protein  31.54 
 
 		 661 aa  95.5  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.075614  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3229  BNR domain-containing protein  37.44 
 
 		 338 aa  90.1  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2468  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  31.73 
 
 		 371 aa  84.3  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000564935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0944  hypothetical protein  38.78 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4692  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  29.57 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.665458  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2258  hypothetical protein  29.01 
 
 		 329 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.750001  hitchhiker  0.0000258604 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0399  photosystem II stability/assembly factor-like protein  30.59 
 
 		 335 aa  76.3  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1856  Ycf48-like protein  30.62 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1349  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  33.67 
 
 		 366 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  5.86783e-22  decreased coverage  0.0000013848 
 
 
 
NC_007513  Syncc9902_0228  Ycf48-like protein  29.27 
 
 		 333 aa  71.6  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3503  Ycf48-like protein  28.7 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.422454 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25281  Ycf48-like protein  29.82 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0887  hypothetical protein  28.63 
 
 		 350 aa  70.1  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0720354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3779  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  32.8 
 
 		 321 aa  69.7  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00208447  decreased coverage  0.000226347 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4148  Ycf48-like protein  28.38 
 
 		 336 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4188  Ycf48-like protein  28.38 
 
 		 336 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1238  glycosyl hydrolase BNR repeat-containing protein  28.1 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0584  hypothetical protein  30.92 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0424726  hitchhiker  0.000233592 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0816  Ycf48-like protein  26.85 
 
 		 334 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03221  Ycf48-like protein  27.59 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2227  Ycf48-like protein  24.17 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0537914  normal  0.190318 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0201  Ycf48-like protein  27.54 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.345386  normal  0.296046 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1178  Ycf48-like protein  26.7 
 
 		 349 aa  63.5  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03761  Ycf48-like protein  28.12 
 
 		 338 aa  62.8  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.156925 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1662  Ycf48-like protein  28.05 
 
 		 338 aa  62.4  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243445  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5660  hypothetical protein  26.32 
 
 		 742 aa  61.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0298  Ycf48-like protein  32.79 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0609  hypothetical protein  24.38 
 
 		 698 aa  60.1  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.909747  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06820  hypothetical protein  26.97 
 
 		 421 aa  59.3  0.00000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.407586  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03191  Ycf48-like protein  34.96 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2271  hypothetical protein  31.21 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.160712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47413  predicted protein  25.42 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1351  hypothetical protein  28.82 
 
 		 505 aa  57.4  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.554485  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03201  Ycf48-like protein  34.96 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1563  glycosyl hydrolase, BNR repeat-containing protein  27.47 
 
 		 1082 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3425  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  29.63 
 
 		 352 aa  56.2  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000735114  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5778  BNR repeat-containing glycosyl hydrolase  25.8 
 
 		 385 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1572  glycosyl hydrolase, BNR repeat-containing protein  28.51 
 
 		 1078 aa  55.5  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0452612 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>