170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1937 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1937  helicase, putative  100 
 
 
1062 aa  2179    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.00000134724 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3181  helicase domain protein  42.92 
 
 
1088 aa  781    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0445  helicase domain-containing protein  23.55 
 
 
1016 aa  100  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.26899 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1535  helicase domain-containing protein  22.99 
 
 
1086 aa  95.1  6e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0183  helicase domain-containing protein  27.49 
 
 
1122 aa  80.5  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.482568  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3437  helicase domain protein  23.83 
 
 
1124 aa  79.3  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0991  hypothetical protein  22.79 
 
 
1155 aa  77.4  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0490  helicase domain protein  25.16 
 
 
1052 aa  76.3  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3414  helicase domain protein  23.41 
 
 
1127 aa  76.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1602  helicase domain-containing protein  25.08 
 
 
1080 aa  75.9  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.602122  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2539  helicase domain-containing protein  24.83 
 
 
1131 aa  75.9  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0240  helicase domain-containing protein  22.3 
 
 
1072 aa  75.1  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0034  helicase domain protein  26.81 
 
 
1153 aa  75.1  0.000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6770  helicase domain-containing protein  26.08 
 
 
1143 aa  73.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.652865  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0580  helicase-like  26.12 
 
 
1071 aa  72.8  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254655  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3323  helicase domain protein  26.41 
 
 
1153 aa  70.9  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000535173 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1425  helicase domain protein  25.77 
 
 
1051 aa  70.1  0.0000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0783  helicase domain-containing protein  26.86 
 
 
1077 aa  68.9  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.105121 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0152  helicase domain-containing protein  20.26 
 
 
1075 aa  68.9  0.0000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0594133  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2557  helicase domain protein  22.52 
 
 
1117 aa  68.2  0.0000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.231387  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0362  helicase domain protein  24.27 
 
 
1083 aa  67.8  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00230549 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2162  helicase-like protein  22.62 
 
 
1065 aa  66.2  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4597  helicase domain protein  26.4 
 
 
1069 aa  66.6  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1126  helicase domain protein  26.21 
 
 
1064 aa  66.2  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1550  DEAD/DEAH box helicase-like protein  24.63 
 
 
1085 aa  65.1  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3669  helicase domain-containing protein  22.84 
 
 
1109 aa  64.3  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1203  hypothetical protein  27.03 
 
 
1065 aa  63.9  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.666944  normal  0.0115575 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4207  helicase domain-containing protein  25.71 
 
 
1077 aa  63.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124797  normal  0.095515 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0294  non-specific serine/threonine protein kinase  24.68 
 
 
1152 aa  63.2  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.596055  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1830  helicase domain-containing protein  24.2 
 
 
1053 aa  62  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0157  helicase domain-containing protein  21.86 
 
 
1078 aa  61.2  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000046471 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4501  helicase domain protein  22.26 
 
 
1086 aa  60.1  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.304192 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1396  helicase domain protein  25.61 
 
 
1065 aa  60.1  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1748  DEAD/DEAH box helicase-like  27.33 
 
 
1067 aa  59.3  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2177  helicase domain protein  25.1 
 
 
1081 aa  58.9  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0411  helicase domain-containing protein  22.77 
 
 
1086 aa  58.5  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0902  DEAD/DEAH box helicase-like  28.51 
 
 
1006 aa  57.4  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0521  helicase-like protein  21.88 
 
 
1089 aa  57.4  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.036679  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0298  helicase domain-containing protein  25.51 
 
 
1128 aa  57.4  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.189592  normal  0.0770021 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0053  Non-specific serine/threonine protein kinase  26.24 
 
 
1007 aa  57  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1146  helicase domain protein  26.29 
 
 
1082 aa  56.6  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0937503 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2839  SNF2-related  25.19 
 
 
902 aa  56.6  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2718  helicase domain-containing protein  23.35 
 
 
1170 aa  56.2  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349209 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1947  helicase domain protein  21.01 
 
 
1099 aa  55.5  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5364  helicase, putative  25.53 
 
 
918 aa  55.1  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5418  SNF2 family helicase  25.53 
 
 
918 aa  55.1  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5096  helicase  25.53 
 
 
918 aa  55.1  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5487  helicase  25.53 
 
 
918 aa  55.1  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.700848  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4926  SNF2 family helicase  25.53 
 
 
918 aa  55.1  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5336  putative helicase  25.53 
 
 
918 aa  55.1  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0158606 
 
 
-
 
NC_002620  TC0081  SNF2 family helicase  24.07 
 
 
1181 aa  54.7  0.000009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4941  SNF2 family helicase  25.53 
 
 
918 aa  54.7  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5586  putative helicase  24.58 
 
 
918 aa  54.7  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0588585 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0799  helicase domain protein  24 
 
 
1077 aa  54.7  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.356327  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1670  helicase domain protein  25.38 
 
 
1109 aa  53.9  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0541  helicase-like  25.71 
 
 
1090 aa  53.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137746  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2251  helicase domain-containing protein  20.97 
 
 
1100 aa  53.5  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.788605  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3777  non-specific serine/threonine protein kinase  23.43 
 
 
918 aa  53.9  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1867  SNF2-related  22.01 
 
 
886 aa  52.8  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3971  helicase domain protein  23.73 
 
 
1060 aa  53.1  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00406642  normal  0.666286 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5370  putative helicase  24.15 
 
 
918 aa  52.8  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3118  helicase-like  29.03 
 
 
1065 aa  52  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.482312  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4237  helicase-like  29.03 
 
 
1065 aa  52  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00803691  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1109  helicase/SNF2 domain-containing protein  23.17 
 
 
1075 aa  51.6  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1352  helicase-like  25.86 
 
 
928 aa  51.6  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1434  SNF2-related protein  23.41 
 
 
621 aa  50.1  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0748383  normal  0.519779 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0213  SNF2-related protein  30.53 
 
 
554 aa  50.4  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1519  helicase domain protein  22.33 
 
 
1078 aa  50.4  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.00298818  hitchhiker  0.00000196773 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2490  helicase DEAD/DEAH box  23.83 
 
 
1087 aa  50.1  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0540271  normal  0.0731117 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1177  helicase domain-containing protein  28.7 
 
 
1031 aa  50.1  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.304258  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2252  helicase domain-containing protein  24.29 
 
 
1075 aa  50.1  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2911  helicase domain protein  21.43 
 
 
1112 aa  50.1  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0768227  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0592  helicase domain-containing protein  26.34 
 
 
955 aa  49.7  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5039  non-specific serine/threonine protein kinase  24.26 
 
 
918 aa  49.7  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3830  ATP-dependent helicase HepA  46 
 
 
943 aa  49.3  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2756  helicase domain protein  25.38 
 
 
584 aa  48.9  0.0005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2198  helicase domain-containing protein  28.7 
 
 
1046 aa  48.9  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.33194  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3488  type III restriction enzyme, res subunit  23.84 
 
 
696 aa  48.9  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.325873  normal  0.223098 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1013  Non-specific serine/threonine protein kinase  28.33 
 
 
1029 aa  48.9  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.806419  normal  0.0475682 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0430  Non-specific serine/threonine protein kinase  24.68 
 
 
1068 aa  48.9  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218151  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0811  helicase-like protein  26.87 
 
 
1201 aa  48.9  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0827  helicase domain-containing protein  26.87 
 
 
1201 aa  48.9  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3680  SNF2-related:helicase, C-terminal  27.83 
 
 
1045 aa  48.9  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1096  SNF2-related protein  25.68 
 
 
899 aa  48.5  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.87327  normal  0.314656 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0730  ATP-dependent helicase HepA  40.98 
 
 
968 aa  48.5  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000570719  normal  0.719856 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1986  ATP-dependent helicase HepA  51.02 
 
 
982 aa  48.1  0.0009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.819734 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0569  ATP-dependent helicase HepA  39.34 
 
 
967 aa  48.1  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04120  Pol II transcription elongation factor, putative  21.48 
 
 
902 aa  47.4  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0251  helicase  41.18 
 
 
541 aa  47.8  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.432976  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1564  DEAD/DEAH box helicase-like  24.27 
 
 
1068 aa  47.8  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.666232  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0108  ATP-dependent helicase HepA  46.94 
 
 
968 aa  48.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2687  SNF2-related protein  24.79 
 
 
1082 aa  47.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.846523  unclonable  0.000081012 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1235  SNF2-related protein  27.65 
 
 
1007 aa  47.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.224345  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1371  helicase, SNF2/RAD54 family  25.16 
 
 
1381 aa  47.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1479  helicase domain-containing protein  25.48 
 
 
1140 aa  48.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0103  ATP-dependent helicase HepA  43.86 
 
 
944 aa  48.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2069  SNF2-related protein  28.21 
 
 
964 aa  47.8  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0106  ATP-dependent helicase HepA  46.94 
 
 
968 aa  48.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00405197  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0101  ATP-dependent helicase HepA  46.94 
 
 
968 aa  48.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1805  helicase domain-containing protein  26.97 
 
 
1013 aa  47.4  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>