29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1919 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1919    100 
 
 
369 bp  731    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000236854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3795  thymidylate kinase  98.98 
 
 
633 bp  559  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.398765  normal  0.441646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1495  thymidylate kinase  92.49 
 
 
633 bp  406  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845785  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1530  thymidylate kinase  86.67 
 
 
624 bp  264  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4152  thymidylate kinase  82.23 
 
 
633 bp  165  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.898638  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1633  thymidylate kinase  83.67 
 
 
633 bp  153  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2199  thymidylate kinase  82.42 
 
 
633 bp  151  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25740  thymidylate kinase  80.47 
 
 
633 bp  111  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.602436 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3827  thymidylate kinase  79.72 
 
 
633 bp  105  9e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.058171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14970  thymidylate kinase  79.68 
 
 
636 bp  93.7  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1652  thymidylate kinase  79.13 
 
 
633 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.401857  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1145  thymidylate kinase  87.65 
 
 
735 bp  65.9  0.000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.446337  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1543  thymidylate kinase  97.14 
 
 
615 bp  61.9  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145095  normal  0.0739271 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1829  dTMP kinase  91.11 
 
 
657 bp  58  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0023  dTMP kinase  89.13 
 
 
648 bp  52  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0182529 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1766  thymidylate kinase  96.55 
 
 
630 bp  50.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0776889  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1736  thymidylate kinase  96.55 
 
 
630 bp  50.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.603767  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0093  glycine dehydrogenase  96.55 
 
 
3003 bp  50.1  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1661  thymidylate kinase  96.55 
 
 
630 bp  50.1  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.159329  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4613  dihydroorotase  96.55 
 
 
1284 bp  50.1  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.510066  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14010  putative amino acid oxidase  96.43 
 
 
1128 bp  48.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0341908 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05370  lipopolysaccharide biosynthesis protein  93.75 
 
 
1590 bp  48.1  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138893  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1878  dTMP kinase  88.64 
 
 
681 bp  48.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.04271 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4956  hypothetical protein  100 
 
 
462 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4863  hypothetical protein  100 
 
 
462 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4796  hypothetical protein  100 
 
 
492 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.608299 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4950  hypothetical protein  100 
 
 
462 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4897  hypothetical protein  100 
 
 
462 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.166509  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1242  hypothetical protein  100 
 
 
1128 bp  46.1  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>